Variabilidade genômica dos elementos transponíveis em espécies do grupo mesophragmatica do gênero Drosophila

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2005
Autor(a) principal: Germanos, Erika
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
dARK ID: ark:/26339/001300000vvnb
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Santa Maria
BR
Ciências Biológicas
UFSM
Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade Animal
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: http://repositorio.ufsm.br/handle/1/5248
Resumo: The mesophragmatica group belongs to the radiation virilis-repleta of the Drosophila subgenus, it was established by Brncic and Koref in 1957. The species of this group present some characteristics of isolated endemic species in some places in Andes. The common ancestral of the species of the group seems to have acquired, for selective pressure, genetics structures better adjusted to each region. Although there is just a few studies involving these species and still have to be done in relation to the presence and evolution of transposable elements in its genomes. In this context, the transposable elements of the families, hobo, Tom/17.6, I, mariner, P, micropia and gypsy had been analyzed in species of Drosophila of the mesophragmatica group using, Dot Blot and PCR. The genomic DNA of species D.viracochi, and one of the D. gasici had presented hybridization for the micropia element when analyzed by Dot Blot. Analysis the presence of the TEs of the families Tom, 17.6, hobo was made by PCR. However, they had not been gotten amplicons for none of these elements. However homologous sequences to element P are found in D. gasici and D. pavani. Using probe of the elements I and mariner they had been carried through Dot Blot not presenting hybridization with genomic DNA of species D. pavani, D. brncici, D. viracochi, D. gasici (three different populations). Genomic DNA of species D. pavani, D. brncici, D. viracochi, D. gasici (three different populations) hybridized with probe of the element gypsy also having amplification for PCR for all the analyzed species. The purify products of PCR had been sequenced. Phylogenetic analysis s confirmed the idea that it has incongruence between the phylogeny of the species and of its TEs due to a standard of complex evolution that involves mechanisms as: random losses, vertical and horizontal transference, ancestral polymorphism, different taxes of evolution. Those mechanisms might be not mutually excludable and probably occur simultaneously.
id UFSM_1d0653f21e553302c048f24d8dceef53
oai_identifier_str oai:repositorio.ufsm.br:1/5248
network_acronym_str UFSM
network_name_str Manancial - Repositório Digital da UFSM
repository_id_str
spelling Variabilidade genômica dos elementos transponíveis em espécies do grupo mesophragmatica do gênero DrosophilaGenomic variability of transposable elements in mesophragmatica group species of genus DrosophilaDrosophilaMesophragamaticaEvolução complexaElementos transponíveisDrosophilaMesophragamaticaComplex evolutionTransposable elementsCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERALThe mesophragmatica group belongs to the radiation virilis-repleta of the Drosophila subgenus, it was established by Brncic and Koref in 1957. The species of this group present some characteristics of isolated endemic species in some places in Andes. The common ancestral of the species of the group seems to have acquired, for selective pressure, genetics structures better adjusted to each region. Although there is just a few studies involving these species and still have to be done in relation to the presence and evolution of transposable elements in its genomes. In this context, the transposable elements of the families, hobo, Tom/17.6, I, mariner, P, micropia and gypsy had been analyzed in species of Drosophila of the mesophragmatica group using, Dot Blot and PCR. The genomic DNA of species D.viracochi, and one of the D. gasici had presented hybridization for the micropia element when analyzed by Dot Blot. Analysis the presence of the TEs of the families Tom, 17.6, hobo was made by PCR. However, they had not been gotten amplicons for none of these elements. However homologous sequences to element P are found in D. gasici and D. pavani. Using probe of the elements I and mariner they had been carried through Dot Blot not presenting hybridization with genomic DNA of species D. pavani, D. brncici, D. viracochi, D. gasici (three different populations). Genomic DNA of species D. pavani, D. brncici, D. viracochi, D. gasici (three different populations) hybridized with probe of the element gypsy also having amplification for PCR for all the analyzed species. The purify products of PCR had been sequenced. Phylogenetic analysis s confirmed the idea that it has incongruence between the phylogeny of the species and of its TEs due to a standard of complex evolution that involves mechanisms as: random losses, vertical and horizontal transference, ancestral polymorphism, different taxes of evolution. Those mechanisms might be not mutually excludable and probably occur simultaneously.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorO grupo mesophragmatica pertence à radiação virilis-repleta do sub-gênero Drosophila, foi estabelecido por Brncic & Koref em 1957. As espécies deste grupo apresentam algumas características de espécies endêmicas isoladas em vários locais nos Andes. O ancestral comum das espécies do grupo parece ter adquirido, por pressão seletiva, estruturas gênicas melhor ajustadas a cada região. Embora existam alguns estudos envolvendo estas espécies pouco se sabe em relação à presença e evolução de elementos transponíveis em seus genomas. Neste contexto, os elementos transponíveis das famílias, hobo, Tom/17.6, I, mariner, P, micropia e gypsy foram analisados em espécies de Drosophila do grupo mesophragmatica usando, Dot Blot e PCR. O DNA genômico das espécies D.viracochi, e uma das linhagens de D. gasici apresentaram hibridização para o elemento micropia quando analisadas por Dot Blot. Análise da presença dos TEs das famílias Tom, 17.6, hobo foi feita por PCR. Porém, não foram obtidos amplicons para nenhum destes elementos. No entanto seqüências homólogas ao elemento P estão presentes em D. gasici e D. pavani. Utilizando sonda dos elementos I e mariner foram realizados Dot Blots não apresentando hibridização com DNA genômico das espécies D. pavani, D. brncici, D. viracochi, D. gasici (três linhagens diferentes). DNA genômico das espécies D. pavani, D. brncici, D. viracochi, D. gasici (três linhagens diferentes) hibridizaram com sonda do elemento gypsy havendo também amplificação por PCR para todos as espécies analisadas. Os produtos de PCR purificados foram seqüenciados. Análise filogenética a partir destas seqüências reforçou a idéia de que haja incongruências entre a filogenia das espécies e de seus TEs devido a um padrão de evolução complexa que envolva mecanismos como: perdas estocásticas, transferência vertical e horizontal, polimorfismo ancestral, diferentes taxas de evolução sendo não mutuamente excludentes e provavelmente ocorram simultaneamente.Universidade Federal de Santa MariaBRCiências BiológicasUFSMPrograma de Pós-Graduação em Biodiversidade AnimalLoreto, Elgion Lucio da Silvahttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4785575A7Germanos, Erika2007-12-032007-12-032005-04-25info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfapplication/pdfGERMANOS, Erika. Genomic Variability of transposable elements in mesophragmatica group species of Genus Drosophila. 2005. 64 f. Dissertação (Mestrado em Ciencias Biológicas) - Universidade Federal de Santa Maria, Santa Maria, 2005.http://repositorio.ufsm.br/handle/1/5248ark:/26339/001300000vvnbporinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Manancial - Repositório Digital da UFSMinstname:Universidade Federal de Santa Maria (UFSM)instacron:UFSM2021-10-05T19:22:07Zoai:repositorio.ufsm.br:1/5248Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://repositorio.ufsm.br/PUBhttps://repositorio.ufsm.br/oai/requestatendimento.sib@ufsm.br||tedebc@gmail.com||manancial@ufsm.bropendoar:2021-10-05T19:22:07Manancial - Repositório Digital da UFSM - Universidade Federal de Santa Maria (UFSM)false
dc.title.none.fl_str_mv Variabilidade genômica dos elementos transponíveis em espécies do grupo mesophragmatica do gênero Drosophila
Genomic variability of transposable elements in mesophragmatica group species of genus Drosophila
title Variabilidade genômica dos elementos transponíveis em espécies do grupo mesophragmatica do gênero Drosophila
spellingShingle Variabilidade genômica dos elementos transponíveis em espécies do grupo mesophragmatica do gênero Drosophila
Germanos, Erika
Drosophila
Mesophragamatica
Evolução complexa
Elementos transponíveis
Drosophila
Mesophragamatica
Complex evolution
Transposable elements
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
title_short Variabilidade genômica dos elementos transponíveis em espécies do grupo mesophragmatica do gênero Drosophila
title_full Variabilidade genômica dos elementos transponíveis em espécies do grupo mesophragmatica do gênero Drosophila
title_fullStr Variabilidade genômica dos elementos transponíveis em espécies do grupo mesophragmatica do gênero Drosophila
title_full_unstemmed Variabilidade genômica dos elementos transponíveis em espécies do grupo mesophragmatica do gênero Drosophila
title_sort Variabilidade genômica dos elementos transponíveis em espécies do grupo mesophragmatica do gênero Drosophila
author Germanos, Erika
author_facet Germanos, Erika
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Loreto, Elgion Lucio da Silva
http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4785575A7
dc.contributor.author.fl_str_mv Germanos, Erika
dc.subject.por.fl_str_mv Drosophila
Mesophragamatica
Evolução complexa
Elementos transponíveis
Drosophila
Mesophragamatica
Complex evolution
Transposable elements
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
topic Drosophila
Mesophragamatica
Evolução complexa
Elementos transponíveis
Drosophila
Mesophragamatica
Complex evolution
Transposable elements
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
description The mesophragmatica group belongs to the radiation virilis-repleta of the Drosophila subgenus, it was established by Brncic and Koref in 1957. The species of this group present some characteristics of isolated endemic species in some places in Andes. The common ancestral of the species of the group seems to have acquired, for selective pressure, genetics structures better adjusted to each region. Although there is just a few studies involving these species and still have to be done in relation to the presence and evolution of transposable elements in its genomes. In this context, the transposable elements of the families, hobo, Tom/17.6, I, mariner, P, micropia and gypsy had been analyzed in species of Drosophila of the mesophragmatica group using, Dot Blot and PCR. The genomic DNA of species D.viracochi, and one of the D. gasici had presented hybridization for the micropia element when analyzed by Dot Blot. Analysis the presence of the TEs of the families Tom, 17.6, hobo was made by PCR. However, they had not been gotten amplicons for none of these elements. However homologous sequences to element P are found in D. gasici and D. pavani. Using probe of the elements I and mariner they had been carried through Dot Blot not presenting hybridization with genomic DNA of species D. pavani, D. brncici, D. viracochi, D. gasici (three different populations). Genomic DNA of species D. pavani, D. brncici, D. viracochi, D. gasici (three different populations) hybridized with probe of the element gypsy also having amplification for PCR for all the analyzed species. The purify products of PCR had been sequenced. Phylogenetic analysis s confirmed the idea that it has incongruence between the phylogeny of the species and of its TEs due to a standard of complex evolution that involves mechanisms as: random losses, vertical and horizontal transference, ancestral polymorphism, different taxes of evolution. Those mechanisms might be not mutually excludable and probably occur simultaneously.
publishDate 2005
dc.date.none.fl_str_mv 2005-04-25
2007-12-03
2007-12-03
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv GERMANOS, Erika. Genomic Variability of transposable elements in mesophragmatica group species of Genus Drosophila. 2005. 64 f. Dissertação (Mestrado em Ciencias Biológicas) - Universidade Federal de Santa Maria, Santa Maria, 2005.
http://repositorio.ufsm.br/handle/1/5248
dc.identifier.dark.fl_str_mv ark:/26339/001300000vvnb
identifier_str_mv GERMANOS, Erika. Genomic Variability of transposable elements in mesophragmatica group species of Genus Drosophila. 2005. 64 f. Dissertação (Mestrado em Ciencias Biológicas) - Universidade Federal de Santa Maria, Santa Maria, 2005.
ark:/26339/001300000vvnb
url http://repositorio.ufsm.br/handle/1/5248
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Santa Maria
BR
Ciências Biológicas
UFSM
Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade Animal
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Santa Maria
BR
Ciências Biológicas
UFSM
Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade Animal
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Manancial - Repositório Digital da UFSM
instname:Universidade Federal de Santa Maria (UFSM)
instacron:UFSM
instname_str Universidade Federal de Santa Maria (UFSM)
instacron_str UFSM
institution UFSM
reponame_str Manancial - Repositório Digital da UFSM
collection Manancial - Repositório Digital da UFSM
repository.name.fl_str_mv Manancial - Repositório Digital da UFSM - Universidade Federal de Santa Maria (UFSM)
repository.mail.fl_str_mv atendimento.sib@ufsm.br||tedebc@gmail.com||manancial@ufsm.br
_version_ 1847153453733773312