Caracterização funcional e estrutural de elementos transponíveis (hAT) encontrados nos genomas de espécies de drosophila
| Ano de defesa: | 2017 |
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| Autor(a) principal: | |
| Orientador(a): | |
| Banca de defesa: | |
| Tipo de documento: | Tese |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
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| Idioma: | por |
| Instituição de defesa: |
Universidade Federal de Santa Maria
Brasil Bioquímica UFSM Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade Animal Centro de Ciências Naturais e Exatas |
| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
|
| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | http://repositorio.ufsm.br/handle/1/18842 |
Resumo: | Transposable elements (TEs) are DNA sequences present in almost all organisms with the genome sequenced and its main characteristic is the capability of mobilization. This mobilization usaly causes negative effects to host, leading to elimination process as the main defence of hosts. However, the presence of TEs may also represents adaptative advantages, resulting in the maintance into host genomes with biological functions. The hAT superfamily of TEs is widely distributed in plants, animals and fungi. However, even being one of the most studied TEs superfamily, activity and interaction analyses of these TEs with host genomes are still scarce. Thereby, our general objective in this work was to contribute with the knowledge of estructural, functional and evolutive processes of hATs elements (hobo and Herves-like) present in Drosophila species, as well as investigate the role of minissatellites in the D. willistoni howilli1 element. This thesis is divided into three chapters. The first chapter have the specific aim of review the studied TEs in the literature covering issues such as classification, evolution and function of TEs, as well as present the thesis general and specific objectives. The second chapter intended to show our results and it is divided into three articles: the first one shows the analysis of hobo element evolutive scenario in Drosophila species using as markers TPEs repeats; the second article consists in the characterization of minisatellites found in the howilli1 element as potentials generators of miRNAs; the last article analyzes the distribution of Herves-like elements into Drosophila genomes. The third and last chapter consists in general discussions and perspectives. |
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Caracterização funcional e estrutural de elementos transponíveis (hAT) encontrados nos genomas de espécies de drosophilaFunctional and structural characterization of transposable elements (hAT) found in drosophila genomesElementos transponíveisHerves-likeMinissatéliteTransferência horizontalDrosophilaTransposable elementsMinisatelliteHorizontal transfer and drosophilaCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICATransposable elements (TEs) are DNA sequences present in almost all organisms with the genome sequenced and its main characteristic is the capability of mobilization. This mobilization usaly causes negative effects to host, leading to elimination process as the main defence of hosts. However, the presence of TEs may also represents adaptative advantages, resulting in the maintance into host genomes with biological functions. The hAT superfamily of TEs is widely distributed in plants, animals and fungi. However, even being one of the most studied TEs superfamily, activity and interaction analyses of these TEs with host genomes are still scarce. Thereby, our general objective in this work was to contribute with the knowledge of estructural, functional and evolutive processes of hATs elements (hobo and Herves-like) present in Drosophila species, as well as investigate the role of minissatellites in the D. willistoni howilli1 element. This thesis is divided into three chapters. The first chapter have the specific aim of review the studied TEs in the literature covering issues such as classification, evolution and function of TEs, as well as present the thesis general and specific objectives. The second chapter intended to show our results and it is divided into three articles: the first one shows the analysis of hobo element evolutive scenario in Drosophila species using as markers TPEs repeats; the second article consists in the characterization of minisatellites found in the howilli1 element as potentials generators of miRNAs; the last article analyzes the distribution of Herves-like elements into Drosophila genomes. The third and last chapter consists in general discussions and perspectives.Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPqElementos transponíveis (TEs) são sequências de DNA presentes em praticamente todos os organismos com genoma sequenciado que foram avaliados e apresentam como característica marcante a capacidade de se mobilizarem ou serem mobilizados. Essa mobilização normalmente reflete efeitos negativos para os genomas hospedeiros, o que gera uma tendência de que esses elementos sejam eliminados dos genomas. No entanto, a presença de TEs também podem representar vantagens adaptativas e estes podem ser mantidos nos genomas hospedeiros quando assumem alguma função biológica. A superfamília hAT de TEs é amplamente distribuída em plantas, animais e fungos. Apesar de ser uma das superfamílias de TEs mais estudadas, análises que avaliam atividade e interação desses TEs com os genomas onde estão hospedados ainda são escassos. Neste sentido, o objetivo geral desta tese foi contribuir para o entendimento estrutural, funcional e os processos evolutivos dos elementos hATs (hobo e Herves-like) presentes em espécies do gênero Drosophila, bem como investigar a influência dos minissatélites na atividade do elemento howilli1 de D. willistoni. A tese será dividida em três capítulos. O primeiro capítulo tem como objetivo específico contextualizar os TEs estudados utilizando uma revisão bibliográfica que aborde aspectos de classificação, evolução e funcionalidade dos TEs, bem como apresentar os objetivos geral e específicos da tese. O segundo capítulo tem como objetivo apresentar os resultados obtidos ao longo dos estudos e é composto por três artigos: o primeiro fornece uma análise do cenário evolutivo do elemento hobo em espécies de Drosophila utilizando como marcador os TPEs repeats; o segundo consiste na caracterização dos minissatélites encontrados no elemento howilli1 como potenciais formadores de miRNAs; o terceiro artigo consiste na analise de distribuição de elementos Herves-like em genomas de Drosophila. E o terceiro e último capítulo consiste nas discussões gerais e perspectivas.Universidade Federal de Santa MariaBrasilBioquímicaUFSMPrograma de Pós-Graduação em Biodiversidade AnimalCentro de Ciências Naturais e ExatasLoreto, Elgion Lucio da Silvahttp://lattes.cnpq.br/6493669115018157Gaiesky, Vera Lúcia da Silva Valentehttp://lattes.cnpq.br/6961824868832863Deprá, Maríndiahttp://lattes.cnpq.br/8576089809365637Christoff, Ana Paulahttp://lattes.cnpq.br/4260472585693775Schuch, André Passagliahttp://lattes.cnpq.br/4932611269622766Bernardo, Larissa Paim2019-11-07T19:42:21Z2019-11-07T19:42:21Z2017-08-31info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttp://repositorio.ufsm.br/handle/1/18842ark:/26339/001300000tr9tporAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Manancial - Repositório Digital da UFSMinstname:Universidade Federal de Santa Maria (UFSM)instacron:UFSM2022-06-28T18:21:58Zoai:repositorio.ufsm.br:1/18842Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://repositorio.ufsm.br/PUBhttps://repositorio.ufsm.br/oai/requestatendimento.sib@ufsm.br||tedebc@gmail.com||manancial@ufsm.bropendoar:2022-06-28T18:21:58Manancial - Repositório Digital da UFSM - Universidade Federal de Santa Maria (UFSM)false |
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Transposable elements (TEs) are DNA sequences present in almost all organisms with the genome sequenced and its main characteristic is the capability of mobilization. This mobilization usaly causes negative effects to host, leading to elimination process as the main defence of hosts. However, the presence of TEs may also represents adaptative advantages, resulting in the maintance into host genomes with biological functions. The hAT superfamily of TEs is widely distributed in plants, animals and fungi. However, even being one of the most studied TEs superfamily, activity and interaction analyses of these TEs with host genomes are still scarce. Thereby, our general objective in this work was to contribute with the knowledge of estructural, functional and evolutive processes of hATs elements (hobo and Herves-like) present in Drosophila species, as well as investigate the role of minissatellites in the D. willistoni howilli1 element. This thesis is divided into three chapters. The first chapter have the specific aim of review the studied TEs in the literature covering issues such as classification, evolution and function of TEs, as well as present the thesis general and specific objectives. The second chapter intended to show our results and it is divided into three articles: the first one shows the analysis of hobo element evolutive scenario in Drosophila species using as markers TPEs repeats; the second article consists in the characterization of minisatellites found in the howilli1 element as potentials generators of miRNAs; the last article analyzes the distribution of Herves-like elements into Drosophila genomes. The third and last chapter consists in general discussions and perspectives. |
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