Simulação computacional e análise de um modelo de recombinação retroviral

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2017
Autor(a) principal: Santos, Diogo Castro dos [UNIFESP]
Orientador(a): Janini, Luiz Mario Ramos [UNIFESP]
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
dARK ID: ark:/48912/001300001w3xt
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Evolução viral
Simulação computacional
Recombinação viral
Quasispecies
Palavras-chave em Inglês:
Viral evolution
Computational simulation
Viral recombination
Retroviruses
Quasispecies
Link de acesso: https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=5026522
https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/50657
Resumo: Os retrovírus são causadores de importantes doenças em humanos, como a Síndrome da Imunodeficiência Humana Adquirida (AIDS) causada pelo HIV-1, responsável por 2,1 milhões de novos casos somente em 2015, e o linfoma de células T, causada pelo HTLV-1. Uma das características marcantes dos retrovírus é a alta frequência de recombinação genética durante a replicação, associada à alta taxa mutacional, considerada uma das mais altas da natureza, as quais contribuem para a geração de expressiva diversidade genética na população viral, impactando fortemente a virulência, o escape ao sistema imunológico, a resistência ao tratamento antiviral, o diagnóstico da infecção, e o desenvolvimento de vacinas eficazes. Com o propósito de guiar estudos experimentais e investigar cenários que ainda não podem ser abordados experimentalmente, além de fornecer suporte para a elaboração de novas predições científicas, propõe-se neste trabalho um modelo para estudo das taxas mutacionais e recombinação genética em retrovírus. Também é desenvolvido um software personalizado para o modelo, realizada a simulação computacional e a análise visando entender como as taxas mutacionais e a recombinação genética afetam a evolução da população de retrovírus no organismo hospedeiro em quatro fases da infecção: o tempo de recuperação, o equilíbrio mutação-seleção, o limiar da extinção, e a mutagênese letal.
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Também é desenvolvido um software personalizado para o modelo, realizada a simulação computacional e a análise visando entender como as taxas mutacionais e a recombinação genética afetam a evolução da população de retrovírus no organismo hospedeiro em quatro fases da infecção: o tempo de recuperação, o equilíbrio mutação-seleção, o limiar da extinção, e a mutagênese letal.Retroviruses cause major diseases in humans, such as Acquired Human Immunodeficiency Syndrome (AIDS), caused by HIV-1, which accounts for 2.1 million new cases in 2015 alone, and T-cell lymphoma, caused by HTLV-1. One of the hallmarks of retroviruses is the high frequency of genetic recombination during replication, associated with a high mutational rate, considered one of the highest in nature. These characteristics contribute to the generation of expressive genetic diversity in the viral population, strongly impacting its virulence, facilitating evasion from detection by the immune system, increasing resistance to antiviral treatment, hindering diagnosis, and the development of effective vaccines. With the purpose of guiding experimental studies and investigating scenarios that cannot yet be approached experimentally, in addition to providing support to elaborate new scientific predictions, we propose, in this work, a model to study mutational rates and genetic recombination in retroviruses. Custom software for the model was also developed. It performs computational simulations and analysis to understand how mutational rates and genetic recombination affect the evolution of the retrovirus population, in the host organism, during four stages of infection: recovery time, mutation-selection equilibrium, extinction threshold, and lethal mutagenesis.Dados abertos - Sucupira - Teses e dissertações (2017)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)133 f.https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=5026522https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/50657ark:/48912/001300001w3xtporUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)info:eu-repo/semantics/openAccessEvolução viralSimulação computacionalRecombinação viralQuasispeciesViral evolutionComputational simulationViral recombinationRetrovirusesQuasispeciesSimulação computacional e análise de um modelo de recombinação retroviralComputer simulation and analysis of a model of retroviral recombinationinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionreponame:Repositório Institucional da UNIFESPinstname:Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)instacron:UNIFESPEscola Paulista de Medicina (EPM)InfectologiaEpidemiologia de Doenças InfecciosasOtimização de Estratégias de Controle em Doenças InfecciosasORIGINALDiogo Castro dos Santos PDF A.pdfDiogo Castro dos Santos PDF A.pdfTese de doutoradoapplication/pdf5325416https://repositorio.unifesp.br/bitstreams/d07df6b0-a4b8-4a2d-badd-6dd05592c04c/download0f0036d7c1e7dd4c5bd3183f175ffd94MD52TEXTDiogo Castro dos Santos PDF A.pdf.txtDiogo Castro dos Santos PDF A.pdf.txtExtracted texttext/plain103770https://repositorio.unifesp.br/bitstreams/3d65743f-8e9e-473a-869c-dbd8b3ef489e/download3e4efea65678dbc4c46060f0cca3cf22MD53THUMBNAILDiogo Castro dos Santos PDF A.pdf.jpgDiogo Castro dos Santos PDF A.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg2617https://repositorio.unifesp.br/bitstreams/6ed271ac-e632-4c6a-a10d-d53621f60120/download96b9a2b814c72df6ef3db9855e611b65MD5411600/506572024-08-02 19:24:41.036oai:repositorio.unifesp.br:11600/50657https://repositorio.unifesp.brRepositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.unifesp.br/oai/requestbiblioteca.csp@unifesp.bropendoar:34652024-08-02T19:24:41Repositório Institucional da UNIFESP - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)false
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