A evolução genética do HIV-1 entre indivíduos em tratamento antirretroviral

• Ano de defesa: 2017
• Autor(a) principal: Giron, Leila Bertoni [UNIFESP]
• Orientador(a): Diaz, Ricardo Sobhie [UNIFESP]
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• dARK ID: ark:/48912/00130000274sz
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
• Palavras-chave em Português: Evolução viral; HIV; Quase-espécies; Diversidade viral
• Palavras-chave em Inglês: HIV; Quasispecies
• Link de acesso: https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=5003548; http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/50667

Resumo Introdução: Embora a terapia antirretroviral (TARV) suprima o HIV a níveis indetectáveis no plasma, não está claro se o tratamento é completamente supressor, abolindo replicação residual. Pretendemos determinar se a TARVT atual é completamente supressora investigando a diversificação genética do HIV durante a terapia como evidência de replicação viral em curso. Métodos: Sangue periférico de 34 indivíduos infectados pelo HIV foi avaliado imediatamente antes o início da terapia e após quatro anos de TARV contínua com cargas virais indetectáveis. Foi realizado sequenciamento paralelo massivo das regiões gp41 e C2V3 da gp160 do HIV. As variantes virais de baixa frequência foram filtradas com base em uma taxa de erro de 0,5% derivada da incorporação de nucleotídeos errados no plasmídeo HIV BAL, que foi amplificado e sequenciado com as amostras. A divergência e a diversidade do HIV em cada ponto de tempo foram calculadas usando a distância média par a par. Análises de compartimentação genética entre pontos de tempo baseados em topologias de árvore e distância em pares também foram realizadas. As correlações entre a divergência genética e o tempo decorrido entre os pontos de amostragem foram avaliadas utilizando regressão linear, implementada utilizando o software TempEst (root-to-tip). Resultado: Não houve correlação entre o número de leituras (reads) e o número de variantes virais encontradas. As variantes das sequencias de gp41 e C2V3 após quatro anos de TARV demonstraram aumentos significativos na divergência genética viral a partir da sequência do ancestral comum mais recente quando comparados com variantes do ponto pré-tratamento do mesmo indíviduo (p = 0,0003 e p <0,0001 respectivamente). Os valores de divergência viral apresentaram tendência para correlações negativas com a relação CD4/CD8 tanto na gp41 quanto no C2V3 (p = 0,07 e 0,09 respectivamente). Não foi observada diferença na diversidade genética entre os pontos de tempo. Análise dos testes de compartimentação indicou a presença de populações virais diferentes emergindo em cada ponto de tempo em ambos os testes em 61% dos indivíduos na gp41 e em 59% de indivíduo em C2V3. Análises de Root-to-tip resultaram em valores de R2 variando de 0,01 a 0,96 em ambas as regiões, indicando alta correlação entre divergência genética e tempo. Conclusão: A evolução genética viral em curso foi detectada na maioria dos indivíduos em TARV contínua. Estes resultados sugerem que os esquemas de TARV atuais não suprimem completamente a replicação viral. O vírus fruto de replicação residual pode reabastecer o reservatório proviral e hipoteticamente sustentar respostas inflamatórias em santuários.