Análise da diversidade genética em agentes da esporotricose usando marcadores AFLP (Amplified fragment length polymorphism)

• Ano de defesa: 2020
• Autor(a) principal: Carvalho, Jamile Ambrosio de [UNIFESP]
• Orientador(a): Camargo, Zoilo Pires de [UNIFESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• dARK ID: ark:/48912/001300001k7vz
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
• Palavras-chave em Português: Sporothrix; Esporotricose; Diversidade genética; AFLP; Epidemiologia; Análise do polimorfismo de comprimento de fragmentos amplificados
• Palavras-chave em Inglês: Sporothrix; Sporotrichosis; Genetic diversity; AFLP; Epidemiology; Amplified fragment length polymorphism analysis
• Link de acesso: https://hdl.handle.net/11600/64305; https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=9326630

O Sporothrix é um fungo termodimórfico encontrado na natureza e que causa a esporotricose, micose subcutânea que pode ser transmitida para o ser hu*-mano diretamente do solo ou plantas contaminadas por meio de inóculo traumático de propágulos fúngicos ou por meio de mordidas e arranhaduras de gatos contaminados com a doença. O gênero é dividido em dois clados, um clado clínico representado por S. brasiliensis, S. schenckii, S. globosa e S. luriei, e um clado ambiental, representado por espécies raramente descritas como patógenos de humanos. Considerando a epidemia em curso ocorrendo no Brasil, em sua maioria causada por S. brasiliensis, se torna necessária a utilização de técnicas para explorar diversidade dentro da espécie. Tendo em vista que as técnicas existentes para esse tipo de estudo possuem custos elevados, objetivamos padronizar a técnica AFLP para aplicação em Sporothrix. O AFLP é baseado na digestão do DNA genômico por uma ou mais enzimas de restrição e amplificação seletiva dos fragmentos gerados utilizando iniciadores moleculares seletivos com a adição de um ou mais nucleotídeos a região 3‟ desses iniciadores. A técnica vem sendo empregada para diversos microorganismos e apresenta vantagens como não necessitar do conhecimento da sequência dos isolados. Para diminuir custos e tempo, primeiramente foi realizada a técnica AFLP in silico a fim de prever os fragmentos que seriam gerados e assim optar por combinações de nucleotídeos que apresentassem mais eficiência para separar os isolados por espécie. Para isso utilizamos dois softwares: AFLPinSilico e ISIF. Os dois softwares foram compatíveis entre si e ambos revelaram seis combinações que apresentaram bons resultados para estudos em Sporothrix. Essas combinações foram testadas in vitro e todas obtiveram bons resultados, mas foram escolhidas apenas três para a continuação do estudo com 188 isolados de Sporothrix de diferentes regiões geográficas. Em geral, o estudo apresentou três novos marcadores que se demonstraram eficientes em separar os isolados de Sporothrix por espécie e acessar diversidade intraespecífica nas espécies do clado clínico, elucidando questões da expansão de S. brasiliensis.