Análise da diversidade genética em agentes da aspergilose usando marcadores AFLP (Amplified fragment length polymorphism) e microssatélites

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Lopez, Úrsula dos Santos [UNIFESP]
• Orientador(a): Rodrigues, Anderson Messias [UNIFESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• dARK ID: ark:/48912/001300002rcf4
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo
• Palavras-chave em Português: Aspergilose; AFLP; Microssatélites; Epidemiologia; Diversidade genética
• Link de acesso: https://hdl.handle.net/11600/71189

Os fungos saprófitos do gênero Aspergillus são amplamente encontrados no ambiente. Embora a inalação diária de esporos seja natural e inofensiva para indivíduos saudáveis, pacientes com fatores de risco, como neutropenia e imunossupressão, têm maior propensão à aspergilose invasiva pulmonar (IPA). Além desses fatores clássicos, novos riscos, como infecções respiratórias prévias, COVID-19 e condições críticas em UTIs, estão emergindo. Há uma lista de espécies patogênicas em Aspergillus, como A. flavus, A. terreus, A. niger e A. nidulans, que estão em ascensão. Contudo, A. fumigatus destaca-se como o fungo mais comumente isolado em infecções humanas. A compreensão dos dados epidemiológicos locais e a exploração da diversidade interespecífica e intraespecífica são cruciais para orientar abordagens clínicas, dada a falta de um teste único para diagnóstico. Nesse contexto, a tipagem molecular destaca-se como um método essencial para aprimorar o controle de infecções. Assim, este trabalho foi desenvolvido com o propósito de avaliar a técnica de AFLP (do inglês Amplified Fragment Length Polymorphism) como uma ferramenta epidemiológica de tipagem molecular. O objetivo é explorar a diversidade genética e a estrutura populacional dos agentes da aspergilose humana, comparando essa técnica com outros métodos, como sequenciamento e microssatélites. Para otimizar custos e tempo, aplicou-se a técnica AFLP in silico para prever os fragmentos gerados, permitindo a escolha de combinações nucleotídicas mais eficientes na diferenciação dos isolados por espécie. Seis combinações destacaram-se nos estudos in silico, sendo padronizadas in vitro, e três foram selecionadas para prosseguir no estudo com 87 isolados de Aspergillus de diferentes regiões geográficas. De maneira geral, a pesquisa introduziu três marcadores inéditos que se revelaram eficazes na distinção entre os isolados de Aspergillus por seção, além de evidenciarem exploração das estruturas genéticas, tanto em níveis mais abrangentes quanto em níveis mais detalhados. Adicionalmente, comparou-se os resultados obtidos pelo AFLP com os marcadores microssatélites, utilizando um conjunto de nove marcadores STRAf. A forte correlação entre os resultados dos dois ensaios confirma a consistência e confiabilidade das abordagens utilizadas. Importante ressaltar que, apesar de o AFLP e o STRAf apresentarem características distintas e vantagens específicas, ambos demonstraram ser excelentes para a avaliação das relações entre as cepas de Aspergillus.