Polimorfismo da Long Terminal Repeat (LTR) do HIV-1 em amostras do sul do Brasil

• Ano de defesa: 2015
• Autor(a) principal: Silva, Lourenço Moises Pereira da Costa Teixeira da [UNIFESP]
• Orientador(a): Diaz, Ricardo Sobhie [UNIFESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• dARK ID: ark:/48912/001300001md6n
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
• Palavras-chave em Português: Carga viral; Subtipo; Infecções por HIV
• Palavras-chave em Inglês: HIV-1; Nf-kB; Viral load; Subtype
• Link de acesso: https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/46991; https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=3696864

Após entrada na célula, a transcrição reversa do RNA genômico do HIV-1 e entrada no núcleo do complexo pré-integrativo, o DNA viral é então integrado no genoma da célula hospedeira. A transcrição do provírus de HIV-1 regulada por diferentes fatores de transcrição que interagem com elementos regulatórios da região long terminal repeat (LTR) e estão envolvidos na trans-activação da LTR. Há duas LTRs idênticas, localizadas cada uma em uma extremidade do HIV-1 proviral. Cada LTR está dividida em 3 regiões: U3, R e U5A, sendo que a região U3 está dividida em três elementos: promotor, enhancer, e região moduladora, e contém importantes sítios de ligação de proteínas celulares que regulam os níveis de transcrição viral. A região R contém o Tat responsive element (TAR) que funciona como um enhancer durante a ligação com a proteína viral trans-activadora da transcrição ((Tat) - trans-activator of transcription) essencial na produção de transcritos virais viáveis. A região U5 contém outros locais de ligação para factores transcricionais celulares que são importantes para infectividade viral. A alta diversidade genetica do HIV-1 é devida a alta taxa a que o vírus morre e é reposto (viral turnover), à elevada taxa de mutação, a deleções e inserções e a eventos de recombinação. A variabilidade genética em sítios de ligação da LTR foi já descrita em vários subtipos de HIV-1. No HIV-1 do subtipo C há maior possibilidade de duplicação do fator Nf-kB o que se relacionaria com o aumento da transcrição e replicação viral. Assim, a forma que apresenta duplicação de Nf-kB apresenta-se mais infectante do que a forma nativa sem a duplicação. Este estudo possuiu como objetivo confirmar a presença mais frequente de duplicação no HIV-1 de subtipo C e clarificar se a variabilidade na LTR pode relacionar-se com marcadores substitutivos de replicação viral (carga viral) e com o perfil de subtipos virais. Foram utilizadas 15 amostras de um grupo de pacientes da Região Sul do Brasil, provenientes centro de testagem do Rio Grande do Sul apresentando infecção recente. Os fragmentos da LTR, foram determinados por nested PCR e sequenciamento direto, utilizando primers específicos. Após o sequenciamento e edição, as sequências foram analisadas quanto a presença de NF-kB, carga viral e subtipos virais. Encontramos predominantemente os subtipos B (33.4%), BC (13.3%), C(40%) e F(13.3%). A duplicação de Nf-kB aparece predominantemente associada ao subtipo C. Não se verifica relevância estatística quando se comparam sequências com duplicação ou sem duplicação de Nf-kB considerando os dados com a carga viral das mesmas. Relacionando os subtipos com os dados de duplicação de Nf-kB e de carga viral, não foi encontrada uma relação direta, eliminando a possibilidade de inferir acerca de maior ou menor índice de replicação viral de um determinado subtipo.