Detecção de vírus respiratórios e análise molecular do SARS-CoV2 em amostras de voluntários do ensaio clínico da vacina ChadOx1 nCoV-19

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Barbosa, Gabriela Rodrigues [UNIFESP]
• Orientador(a): Bellei, Nancy Cristina Junqueira [UNIFESP]
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• dARK ID: ark:/48912/001300001v7h5
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo
• Palavras-chave em Português: COVID­19; Vacina; Análise molecular; Vírus respiratórios
• Link de acesso: https://hdl.handle.net/11600/71098

Objetivo: Realizar a análise molecular do SARS-CoV-2 e a detecção de outros vírus respiratórios em amostras de participantes do ensaio clínico de fase III da vacina ChadOx nCoV19. Métodos: No período de julho de 2020 a janeiro de 2022, amostras de swab de nasofaringe e orofaringe foram coletadas de participantes sintomáticos do ensaio clínico para detecção de SARS-CoV-2 e vírus respiratórios utilizando a técnica de RT-qPCR. As amostras positivas para SARS-CoV-2 foram selecionadas de acordo com a carga viral, com base no Ct (Cycle Threshold) e sequenciadas para análise filogenética e identificação de mutações. A comparação entre vacinados e não vacinados considerou dados temporais e estatísticos, considerando intervalo de confiança 95% e p<0,05. Resultados: O estudo analisou 876 amostras de 737 participantes, com 37,7% de positividade para SARS-CoV-2 e 16,4% para outros vírus respiratórios, sendo Rinovírus (8,4%) e Vírus Sincicial respiratório (2,4%) os mais detectados. Uma associação da positividade de vírus respiratórios em indivíduos com contato direto com pacientes foi encontrada (p<0.05). Vacinados com doses tiveram 39,1% positividade e não vacinados 42,4% (p<0,016). Nenhuma associação foi encontrada na média da carga viral entre vacinados com uma ou duas doses e não vacinados (p >0,35). O sequenciamento de 221 amostras revelou 21 linhagens de SARS-CoV-2, com predominância das linhagens P.1 e P.2. As regiões da ORF1ab e Spike foram as regiões com maior número de mutação, seguido de ORF3a e proteína N. A análise temporal mostrou as mutações predominantes (D614G, E484K, N501Y e K417T), principalmente nas variantes de preocupação (VOC). A análise filogenética não mostrou diferenças entre vacinados e não vacinados, destacando a predominância da VOC Gamma entre os vacinados. Conclusões: A rápida disseminação do SARS-CoV-2 desafiou profundamente o sistema de saúde e as estratégias de controle epidemiológico do país. Variantes de preocupação e interesse, desempenharam um papel crucial no aumento de casos. Este aumento de casos ocorreu quando a população estava sendo vacinada, impossibilitando a comparação entre vacinados e não vacinados no maior pico de casos. Além disso, a pandemia teve impacto na circulação de outros vírus respiratórios sazonais, indicando mudanças nos padrões de transmissão. Essas conclusões ressaltam a importância de estratégias adaptativas de controle, incluindo vigilância genômica, atualização de vacinação e políticas de saúde pública baseadas em evidências para mitigar os efeitos da COVID-19 e outras doenças respiratórias no Brasil e no mundo, tendo em vista que o vírus continua circulando e com novas variantes emergindo, cenário que continua desafiando antigenicamente as vacinas.