Alterações epigenéticas em pacientes infectados pelo vírus da imunodeficiência humana-1

• Ano de defesa: 2016
• Autor(a) principal: Pena, Nathalia Mantovani [UNIFESP]
• Orientador(a): Komninakis, Shirley Cavalcante Vasconcelos [UNIFESP]
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• dARK ID: ark:/48912/001300001mfpx
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
• Palavras-chave em Português: HIV-1; Metilação; Epigenética; Sequenciamento de nova geração
• Link de acesso: https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=3890539; http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/48584

Introdução: A metilação do DNA é um dos principais mecanismos que regulam a transcrição de genes na célula. Fatores exógenos, como a infecção viral, podem comprometer essa regulação e desestabilizar o ambiente celular. Diante disso, notou-se a necessidade de analisar o perfil de metilação de citosinas no DNA de pacientes infectados pelo HIV-1 e tentar correlacionar os genes diferencialmente metilados com alterações nos níveis de expressão. Métodos: Foi realizada análise de metilação em 28 indivíduos, sendo seis controles e 22 pacientes com diferentes tipos de progressão da doença. Para o Metil-seq, as bibliotecas foram preparadas utilizando o kit SureSelect Methyl-seq Target Enrichment System For Illumina Multiplexed Sequencing e sequenciadas no aparelho Hiseq 1000 da plataforma Illumina. O transcriptoma foi analisado em 15 indivíduos sendo seis controles e 9 pacientes. Para a preparação das bibliotecas de RNA-seq, foi utilizado o kit Truseq Stranded mRNA Sample Prep e as bibliotecas foram sequenciadas no aparelho Hiseq 2500 da plataforma Illumina. Resultados: Foi possível observar 5.471 regiões diferencialmente metiladas que estavam próximas ou contidas em genes. O gene da HDAC4 apresentou uma região hipermetilada nos pacientes, variando significantemente entre os grupos estudados. Os indivíduos que controlam a infecção de forma natural apresentaram menor nível de metilação no gene da HDAC4 comparados com aqueles que controlam a infecção através do uso de antirretrovirais. Os genes HIST1H3J e eEF2 estavam significantemente hipometilados nos pacientes. Discussão: A HDAC4 desempenha um papel importante na deacetilação de histonas, e pode participar do processo de silenciamento do vírus e ter relação com a persistência da infecção. A proteína eEF2 é essencial no processo de elongação da tradução e possivelmente participa do processo de inibição da formação de grânulos de estresse promovida pelo vírus. No entanto, esses genes não foram encontrados diferencialmente expressos nas amostras analisadas. Conclusão: De acordo com os resultados obtidos, foi possível concluir que houve alteração no perfil de metilação em genes celulares específicos que pode ser promovida diretamente pelo vírus e/ou pela célula em resposta à infecção viral, podendo comprometer importantes processos celulares.