Análise genômica dos loci do spliced leader em Trypanosoma cruzi e modelagem de proteínas associadas à transcrição pela maquinaria da RNA polimerase II

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Souza, Brenno Ryan da Silva [UNIFESP]
• Orientador(a): Cunha, Julia Pinheiro Chagas da [UNIFESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• dARK ID: ark:/48912/001300002w62k
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo
• Palavras-chave em Português: Trypanosoma cruzi; RNA rolimerase II
• Palavras-chave em Inglês: Spliced leader; AlphaFold 3
• Link de acesso: https://hdl.handle.net/11600/72940

Agente etiológico da Doença de Chagas, o Trypanosoma cruzi (T. cruzi) é um protozoário unicelular que apresenta quatro formas de vidas, epimastigota, amastigota e tripomastigota sanguíneo e metacíclico. Este parasita apresenta diversas peculiaridades em comparação aos demais organismos eucarióticos, especialmente no que se refere à regulação da expressão gênica. Este trabalho teve como enfoque estudar dois aspectos associados à essas peculiaridades, o gene do Spliced Leader (SL) responsável pelo trans-splicing e a RNA polimerase II (RNAPII), complexo macromolecular fundamental para a transcrição do SL, de genes codificantes de proteínas e algumas snRNAs. Com isso objetivou-se analisar os loci codificadores do SL quanto ao número de cópias e sua distribuição em contigs/cromossomos de diversas cepas de T. cruzi; identificar e realizar a predição estrutural das subunidades do complexo da RNAPII. Diversas ferramentas e plataformas de bioinformática foram utilizadas (MEME-ChIP, BLAST Two Sequence, AlphaFold 3, entre outros), assim como informações disponíveis em bancos de dados do VEuPathDB para sete cepas e dez diferentes montagens do genoma de T. cruzi (CL Brener e seus haplótipos Esmeraldo-Like e Não Esmeraldo-like, TCC, DM28c 2018, Y clone 6, Brazil A4, Berenice, Sylvio X10/1 e Sylvio X10/1 2012). O capítulo 01 refere-se às análises do SL, em que foi verificado que há conservação do SL entre as cepas estudadas, porém há variação significativa quanto ao número de cópias de SL por genoma assim como quanto aos números de cromossomos e contigs que contêm estas sequências. No capítulo 02 descreve-se as análises da RNAPII de T. cruzi. As doze subunidades da RNAPII não estão anotadas em todas as cepas, exceto nas cepas TCC, Brazil A4 e Y clone 6. As análises de predição tridimensional deste complexo, resultaram na identificação de diversos domínios e regiões importantes da RNAPII, como o centro ativo de transcrição, o clamp, lobe, jaw, wall, linker, dock, pore 1, funnel, cleft, external 1, protrusion, fork, external 2, anchor e os domínios das subunidades RPB 3-12, que estão conservados estruturalmente em comparação com organismos modelos. Ademais, a RNAPII de T. cruzi apresenta conservação estrutural com outras espécies que aumenta progressivamente à medida que se avaliam suas regiões centrais associadas mais diretamente à interação com os ácidos nucléicos. Os resultados obtidos neste trabalho contribuem para um melhor entendimento da biologia fundamental deste parasito e em potenciais alvos farmacológicos que poderiam focar em mecanismos essenciais e específicos deste organismo, visando o tratamento desta enfermidade.