Sequenciamento parcial do Genoma de Eugenia uniflora L. e desenvolvimento de marcadores microssatélites

• Ano de defesa: 2017
• Autor(a) principal: Sarzi, Deise Schröder
• Orientador(a): Stefenon, Valdir Marcos
• Banca de defesa: Roesch, Luiz Fernando Würdig , Victória, Filipe de Carvalho
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal do Pampa
• Programa de Pós-Graduação: Mestrado Acadêmico em Ciências Biológicas
• Departamento: Campus São Gabriel
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: Pitanga; Genética de populações; SSR; Next Generation Sequencing; Brazilian cherry; Population genetics
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
• Link de acesso: https://repositorio.unipampa.edu.br/jspui/handle/riu/7237

A pitangueira (Eugenia uniflora L.) é uma espécie arbórea nativa da Mata Atlântica amplamente explorada para fins farmacológicos e econômicos. Porém, existem poucos estudos sobre sua ecologia, diversidade genética e sobre seu genoma. Para uma espécie nativa ser explorada comercialmente são necessários conhecimentos básicos de ecologia e genética para não comprometer a espécie. O objetivo desse trabalho foi gerar conhecimentos básicos sobre o genoma de E. uniflora e desenvolver marcadores microssatélites que permitam ampliar a realização de estudos de genética de populações para esta espécie. Foi realizado o sequenciamento parcial do genoma de E. uniflora por meio da plataforma Ion Torrent PGM™, além da busca de marcadores microssatélite. Do sequenciamento obtivemos cerca de 1,4x de cobertura do genoma estimado de E. uniflora, com 1836 regiões gênicas preditas (incluindo genes parciais), sendo em sua maioria genes relacionados a atividades essenciais à célula, contudo algumas sequências mostraram estar relacionadas ao metabolismo secundário. Um total de 111 marcadores microssatélites foram caracterizados, sendo destes 12 validados em laboratório e 99 in silico. Os marcadores desenvolvidos e testados em laboratório mostraram ser eficientes na obtenção de dados genéticos de uma população natural testada. Dos marcadores validados in silico, 74 tem grande potencial para estudos de diversidade genética e podem ser testados em laboratório, apenas necessitando de ajustes na temperatura de anelamento. Os marcadores desenvolvidos neste trabalho mostram ser eficientes no fornecimento de dados de diversidade genética, sendo extremamente úteis em trabalhos futuros que visem avaliar a história evolutiva e a dinâmica das populações, permitindo assim a adoção de medidas corretas de manejo e conservação.