O microbioma humano como indicador de saúde: correlações e ferramentas analíticas

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Dobbler , Priscila Caroline Thiago
• Orientador(a): Roesch, Luiz Fernando Wurdig
• Banca de defesa: Victoria, Filipe de Carvalho , Colonetti, Karina , Paulino, Luciana Campos
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal do Pampa
• Programa de Pós-Graduação: Doutorado em Ciências Biológicas
• Departamento: Campus São Gabriel
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: 16S; Diversidade microbiana; Sequenciamento de nova geração; Gravidez; Core microbioma; Bioinformática; Microbial diversity; Next Generation sequencing; Pregnancy; Core Microbiome
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
• Link de acesso: https://repositorio.unipampa.edu.br/jspui/handle/riu/7207

Por um tempo, micro-organismos foram considerados danosos para a saúde e o funcionamento normal do corpo humano, e com isso, estudava-se principalmente as patologias associadas a esses organismos. Com a evolução da microbiologia, e mais recentemente, o desenvolvimento e expansão das tecnologias de sequenciamento, os micro-organismos passaram a ser vistos sob novas perspectivas. Com o uso do sequenciamento para catalogar comunidades microbianas, é possível identificar de centenas a milhares de micro-organismos em uma única amostra, e com isso se tornou acentuada a interdependência do ser humano com os diferentes tipos de comunidades microbianas. Sendo assim, pesquisas de microbiomas buscam identificar correlações não somente de micro-organismos isoladamente, mas também a nível comunitário, onde há alterações de correlações, ou coocorrência, que leva a desequilíbrios metabólicos dessa comunidade refletindo no hospedeiro. Além disso, gestantes possuem uma comunidade microbiana vaginal característica e distinta da mulheres não-gestantes. E durante a gestação essa comunidade também passa por transformações importantes numa gestação saudável. Durante o parto vaginal, o bebê passa pelo canal vaginal materno, portanto, também entra em contato com a microbiota do local. Com isso, buscamos entender com a microbiota vaginal materna, ao final da gestação, está associada com a microbiota do recém-nascido. Ao realizar esse estudo, percebemos que as ferramentas existes são insuficientes para lidar com a variabilidade intragrupo, a esparsidade dos dados. Por isso, criamos e validamos uma ferramenta chamada PIME (Prevalence Interval for Microbiome Evaluation, em português, Intervalo de Prevalência para Avaliação de Microbioma), que é capaz de diminuir a variabilidade intragrupo aplicando diferentes níveis de prevalência para filtragem. PIME também é capaz de, utilizando algoritmo Random Forests, classificar as unidades taxonômicas mais importantes para diferenciação entre grupos.