Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteína

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2023
Autor(a) principal: Perles, João Vitor Santos [UNESP]
Orientador(a): Drigo Filho, Elso [UNESP]
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Fokker-Planck
Hierarquia de hamiltonianos
Gram-Schmidt
Potencial biestável
Enovelamento de proteína
Palavras-chave em Inglês:
Fokker-Planck
Hamiltonian hierarchy
Gram-Schmidt
Bistable potential
Protein folding
Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/250619
Resumo: Esta dissertação explora o uso da hierarquia hamiltoniana e do processo de ortogonalização de Gram-Schmidt, combinados com o método de fatorização, para resolver a equação de Fokker-Planck. O objetivo é obter as distribuições de probabilidade, tempos de transição entre estados e constantes de relaxação para potenciais chamados de biestáveis. Nesse trabalho, os potenciais são modelados por funções do tipo polinomial. Primeiramente, é apresentada a solução da equação de Fokker-Planck para um potencial biestável polinomial, assimétrico e genérico, com o objetivo de demonstrar a aplicação dos dois formalismos distintos. Em seguida, a mesma equação é resolvida para um perfil de energia livre, que descreve unidimensionalmente os estados na dinâmica de enovelamento de proteína, obtido a partir de simulação computacional.
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Em seguida, a mesma equação é resolvida para um perfil de energia livre, que descreve unidimensionalmente os estados na dinâmica de enovelamento de proteína, obtido a partir de simulação computacional.This dissertation explores the use of Hamiltonian hierarchy and the Gram-Schmidt orthogonalization process, combined with the factorization method, to solve the Fokker-Planck equation. The goal is to obtain probability distributions, transition times between states, and relaxation constants for potentials called bistable potentials. In this work, the potentials are modeled by polynomial functions. Firstly, the solution to the Fokker-Planck equation is presented for a polynomial bistable potential, which is asymmetric and generic, aiming to demonstrate the application of the two distinct formalisms. Then, the same equation is solved for a free energy profile, which describes the protein folding dynamics states in a one-dimensional manner, obtained from computational simulation.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)88887.641424/2021-00porUniversidade Estadual Paulista (Unesp)Fokker-PlanckHierarquia de hamiltonianosGram-SchmidtPotencial biestávelEnovelamento de proteínaFokker-PlanckHamiltonian hierarchyGram-SchmidtBistable potentialProtein foldingMétodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteínaSolution methods of the Fokker-Planck equation applied to the protein folding probleminfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPBiofísica Molecular - IBILCEBiofísica molecularFísica biológica teóricaUniversidade Estadual Paulista (UNESP), Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas, São José do Rio PretoOnlineBanca públicaPublication43c38943-bd6f-4fb6-a9a5-8482a1f632c0virtual::295787-143c38943-bd6f-4fb6-a9a5-8482a1f632c0virtual::295787-15fd779aa-d3ec-4c8d-8834-8c88dba98a9fvirtual::306085-15fd779aa-d3ec-4c8d-8834-8c88dba98a9fvirtual::306085-1TEXTperles_jvs-me_sjrp.pdf.txtWritten by FormatFilter org.dspace.app.mediafilter.TikaTextExtractionFilter on 2023-12-09T06:17:48Z (GMT).Extracted texttext/plain105083https://repositorio.unesp.br/bitstreams/81ec45a2-4491-481f-8c14-9205e9e5dd47/download4011e65a1229005ff74f9aaab415c0ddMD54falseAnonymousREADTHUMBNAILperles_jvs-me_sjrp.pdf.jpgWritten by FormatFilter org.dspace.app.mediafilter.PDFBoxThumbnail on 2023-12-09T06:17:48Z (GMT).Generated Thumbnailimage/jpeg3004https://repositorio.unesp.br/bitstreams/44b45dbd-4b08-4e05-bd31-d61f8ecfe115/download6b8fb07eb0b43dda12c31f2e81a7288eMD55falseAnonymousREADORIGINALperles_jvs-me_sjrp.pdfperles_jvs-me_sjrp.pdfapplication/pdf1197371https://repositorio.unesp.br/bitstreams/188f6139-8249-4f0f-b59e-85a0d6f15120/downloadf269172ad672bbbd16a66db23ea18b5dMD53trueAnonymousREADLICENSElicense.txtWritten by org.dspace.content.LicenseUtilstext/plain; 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