Homologias em genes relacionados à resistência à mastite em vacas, ovelhas e cabras

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2010
Autor(a) principal: IDALINO, Rita de Cássia de Lima
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
dARK ID: ark:/57462/001300000687x
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal Rural de Pernambuco
Departamento de Estatística e Informática
Brasil
UFRPE
Programa de Pós-Graduação em Biometria e Estatística Aplicada
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Sequências genéticas
Homogeneidade
Modelos ocultos de Markov
Gene sequences
Homogeneity
Hidden Markov Models
CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::PROBABILIDADE E ESTATISTICA
Link de acesso: http://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/handle/tede2/5258
Resumo: Diante da grande massa de dados que é gerada na área da genética molecular, é de suma importância que técnicas que possibilitem a organização e interpretação desses dados sejam desenvolvidas e amplamente divulgadas. Inicialmente, neste trabalho, foi realizada uma análise da composição de três sequências genéticas, das espécies Bovina (Bos taurus), Caprina (Capra hircus) e Ovina (Ovis aries), em seguida aplicamos técnicas de alinhamentos para identificação de similaridades entre estas. Posteriormente, utilizamos a teoria das cadeias de Markov com estados ocultos, HMM’s (Hidden Markov Models), na aplicação do problema de discriminação de regiões homogêneas em sequências de DNA. Utilizamos o algoritmo de Viterbi como uma ferramenta auxiliar para obtenção de regiões homogêneas e em seguida o algoritmo Baum-Welch para maximizar as probabilidades de uma sequência de observações. Foram analisados trechos dos genes HSP70.1 e NRAMP-1 para três espécies diferentes.
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spelling Homologias em genes relacionados à resistência à mastite em vacas, ovelhas e cabrasSequências genéticasHomogeneidadeModelos ocultos de MarkovGene sequencesHomogeneityHidden Markov ModelsCIENCIAS EXATAS E DA TERRA::PROBABILIDADE E ESTATISTICADiante da grande massa de dados que é gerada na área da genética molecular, é de suma importância que técnicas que possibilitem a organização e interpretação desses dados sejam desenvolvidas e amplamente divulgadas. Inicialmente, neste trabalho, foi realizada uma análise da composição de três sequências genéticas, das espécies Bovina (Bos taurus), Caprina (Capra hircus) e Ovina (Ovis aries), em seguida aplicamos técnicas de alinhamentos para identificação de similaridades entre estas. Posteriormente, utilizamos a teoria das cadeias de Markov com estados ocultos, HMM’s (Hidden Markov Models), na aplicação do problema de discriminação de regiões homogêneas em sequências de DNA. Utilizamos o algoritmo de Viterbi como uma ferramenta auxiliar para obtenção de regiões homogêneas e em seguida o algoritmo Baum-Welch para maximizar as probabilidades de uma sequência de observações. Foram analisados trechos dos genes HSP70.1 e NRAMP-1 para três espécies diferentes.Given the large amount of data that is generated in the field of molecular genetics, is of paramount importance that techniques which allow the organization and interpretation of such data be developed and widely disseminated. Initially, we carried out a composition analysis of three gene sequences of the species: ox (Bos taurus), goat (Capra hircus), and sheep (Ovis aries), then we applied alignment techniques for identification of similarities between them. Subsequently, we used the Markov Chain theory with hidden states, i.e. Hidden Markov Models (HMMs, hereafter), in the application of discrimination problem of homogeneous regions in DNA sequences. We used the Viterbi algorithm as an auxiliary tool to obtain homogeneous regions, and then the Baum-Eelch algorithm in order to maximize the probability of a sequence of observations. We analyzed portions of HSP70.1 and NRAMP-1 genes for three different species.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESUniversidade Federal Rural de PernambucoDepartamento de Estatística e InformáticaBrasilUFRPEPrograma de Pós-Graduação em Biometria e Estatística AplicadaSANTORO, Kleber RégisGOMES FILHO, Manoel AdriãoSTOSIC, TatijanaFERREIRA, Tiago Alessandro EspíndolaIDALINO, Rita de Cássia de Lima2016-08-10T13:59:35Z2010-12-20info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfIDALINO, Rita de Cássia de Lima. Homologias em genes relacionados à resistência à mastite em vacas, ovelhas e cabras. 2010. 81 f. Dissertação (Programa de Pós-Graduação em Biometria e Estatística Aplicada) - Universidade Federal Rural de Pernambuco, Recife.http://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/handle/tede2/5258ark:/57462/001300000687xporinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRPEinstname:Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE)instacron:UFRPE2016-08-10T13:59:35Zoai:tede2:tede2/5258Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede/PUBhttp://www.tede2.ufrpe.br:8080/oai/requestbdtd@ufrpe.br ||bdtd@ufrpe.bropendoar:2016-08-10T13:59:35Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRPE - Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE)false
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