Processos fotoinduzidos em nucleobases modificadas e pares de bases modificados: uma perspectiva estática, estrutural e espectroscópica

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2022
Autor(a) principal: Costa, Gustavo Juliani
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46136/tde-15022023-181219/
Resumo: Empregamos métodos químico-quânticos computacionais (XMS-CASPT2 e ADC2) para investigar a fotoquímica da 7-deazaguanina, 5-aza-7-deazaguanina e também de pares envolvendo estas nucleobases com a citosina, mediados tanto por hidrogênios como por íons de prata. Os estudos foram realizados com os compostos isolados e em solução. Os principais eventos fotoquímicos e fotofísicos foram descritos investigando diversas superfícies de energia potencial, envolvendo a região de Franck-Condon, regiões de energia mínima, cruzamentos em superfícies de energia potencial e caminhos de menor energia. Para as metalo-bases, os espectros de absorção foram explorados através da amostragem de configurações geradas com a distribuição de Wigner. O efeito perturbativo introduzido pelo solvente foi investigado através das estratégias implícita e explícita, utilizando como modelo de solvatação atomístico a estratégia sequencial QM/MM e a dinâmica de Car-Parrinello. Os principais mecanismos fotofísicos das nucleobases 7-deazaguanina e 5-aza-7-deazaguanina indicam que a população eletronicamente excitada retorna ao estado fundamental através de rotas de decaimento eficientes e ultrarrápidas, com o papel decisivo de intersecções cônicas. Em relação aos pares de base, o íon de prata promove uma estabilidade adicional comparada aos héteros-pares mediados por ligação de hidrogênio. Semelhantemente, o íon Ag+1 também afeta a ordem dos estados eletrônicos excitados dos pares de base. Por fim, o espectro eletrônico dos pares de base artificias mediados por ligações de hidrogênio foram estudados em detalhes, sendo os estados singletos de mais baixa energia caraterizados por duas transições locais dos cromóforos e uma de transferência de carga.
id USP_000a71e86ee426be7ed34d467abd3bec
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-15022023-181219
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling Processos fotoinduzidos em nucleobases modificadas e pares de bases modificados: uma perspectiva estática, estrutural e espectroscópicaPhotoinduced Processes in Modified Nucleobases and Pairs of Modified Nucleobases: Static, Structural, and Spectroscopic Points of ViewsArtificial nucleobaseCorrelated methodsDeactivation mechanismsEfeito solventeFotoquímica e fotofísicaMecanismos de desativaçãoMétodos correlacionadosNucleobases artificiaisPhotochemistry and photophysicsSolvent effectsEmpregamos métodos químico-quânticos computacionais (XMS-CASPT2 e ADC2) para investigar a fotoquímica da 7-deazaguanina, 5-aza-7-deazaguanina e também de pares envolvendo estas nucleobases com a citosina, mediados tanto por hidrogênios como por íons de prata. Os estudos foram realizados com os compostos isolados e em solução. Os principais eventos fotoquímicos e fotofísicos foram descritos investigando diversas superfícies de energia potencial, envolvendo a região de Franck-Condon, regiões de energia mínima, cruzamentos em superfícies de energia potencial e caminhos de menor energia. Para as metalo-bases, os espectros de absorção foram explorados através da amostragem de configurações geradas com a distribuição de Wigner. O efeito perturbativo introduzido pelo solvente foi investigado através das estratégias implícita e explícita, utilizando como modelo de solvatação atomístico a estratégia sequencial QM/MM e a dinâmica de Car-Parrinello. Os principais mecanismos fotofísicos das nucleobases 7-deazaguanina e 5-aza-7-deazaguanina indicam que a população eletronicamente excitada retorna ao estado fundamental através de rotas de decaimento eficientes e ultrarrápidas, com o papel decisivo de intersecções cônicas. Em relação aos pares de base, o íon de prata promove uma estabilidade adicional comparada aos héteros-pares mediados por ligação de hidrogênio. Semelhantemente, o íon Ag+1 também afeta a ordem dos estados eletrônicos excitados dos pares de base. Por fim, o espectro eletrônico dos pares de base artificias mediados por ligações de hidrogênio foram estudados em detalhes, sendo os estados singletos de mais baixa energia caraterizados por duas transições locais dos cromóforos e uma de transferência de carga.Computational Quantum Chemistry methods (XMS-CASPT2 and ADC2) were used to investigate the photochemistry of 7-deazaguanine, 5-aza-7-deazaguanine, and their pairs with cytosine by hydrogen bond and silver ions. Studies were carried out with the isolated compounds and in solution. The main photochemical and photophysical events were described by investigating various potential energy surfaces involving the Franck-Condon region, minimum energy regions, intersections of potential energy surfaces, and minimum energy paths. For the metallobases, the absorption spectra were explored by sampling setups generated with the Wigner distribution. Solvent perturbative effect was investigated through implicit and explicit strategies, using the sequential QM/MM and the Car-Parrinello dynamics as atomistic solvation model. The main photophysical mechanisms of the 7-deazaguanine and 5-aza-7-deazaguanine nucleobases indicate that the electronically excited population returns to the ground state through efficient and ultrafast decay paths, with the decisive role of conical intersections. Metal-mediated base pairs with the silver ion provide additional stability over base pairs formed via hydrogen bondmediated hetero pairs. Likewise, the ion Ag+1 also affects the order of the excited electronic states of the base pairs. Finally, the electronic spectrum of artificial base pairs mediated by hydrogen bonds was studied in detail. The lowest energy states consisted of two local chromophore transitions and one charge transfer.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPBorin, Antonio CarlosCosta, Gustavo Juliani2022-10-14info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46136/tde-15022023-181219/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2023-03-20T19:32:35Zoai:teses.usp.br:tde-15022023-181219Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212023-03-20T19:32:35Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Processos fotoinduzidos em nucleobases modificadas e pares de bases modificados: uma perspectiva estática, estrutural e espectroscópica
Photoinduced Processes in Modified Nucleobases and Pairs of Modified Nucleobases: Static, Structural, and Spectroscopic Points of Views
title Processos fotoinduzidos em nucleobases modificadas e pares de bases modificados: uma perspectiva estática, estrutural e espectroscópica
spellingShingle Processos fotoinduzidos em nucleobases modificadas e pares de bases modificados: uma perspectiva estática, estrutural e espectroscópica
Costa, Gustavo Juliani
Artificial nucleobase
Correlated methods
Deactivation mechanisms
Efeito solvente
Fotoquímica e fotofísica
Mecanismos de desativação
Métodos correlacionados
Nucleobases artificiais
Photochemistry and photophysics
Solvent effects
title_short Processos fotoinduzidos em nucleobases modificadas e pares de bases modificados: uma perspectiva estática, estrutural e espectroscópica
title_full Processos fotoinduzidos em nucleobases modificadas e pares de bases modificados: uma perspectiva estática, estrutural e espectroscópica
title_fullStr Processos fotoinduzidos em nucleobases modificadas e pares de bases modificados: uma perspectiva estática, estrutural e espectroscópica
title_full_unstemmed Processos fotoinduzidos em nucleobases modificadas e pares de bases modificados: uma perspectiva estática, estrutural e espectroscópica
title_sort Processos fotoinduzidos em nucleobases modificadas e pares de bases modificados: uma perspectiva estática, estrutural e espectroscópica
author Costa, Gustavo Juliani
author_facet Costa, Gustavo Juliani
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Borin, Antonio Carlos
dc.contributor.author.fl_str_mv Costa, Gustavo Juliani
dc.subject.por.fl_str_mv Artificial nucleobase
Correlated methods
Deactivation mechanisms
Efeito solvente
Fotoquímica e fotofísica
Mecanismos de desativação
Métodos correlacionados
Nucleobases artificiais
Photochemistry and photophysics
Solvent effects
topic Artificial nucleobase
Correlated methods
Deactivation mechanisms
Efeito solvente
Fotoquímica e fotofísica
Mecanismos de desativação
Métodos correlacionados
Nucleobases artificiais
Photochemistry and photophysics
Solvent effects
description Empregamos métodos químico-quânticos computacionais (XMS-CASPT2 e ADC2) para investigar a fotoquímica da 7-deazaguanina, 5-aza-7-deazaguanina e também de pares envolvendo estas nucleobases com a citosina, mediados tanto por hidrogênios como por íons de prata. Os estudos foram realizados com os compostos isolados e em solução. Os principais eventos fotoquímicos e fotofísicos foram descritos investigando diversas superfícies de energia potencial, envolvendo a região de Franck-Condon, regiões de energia mínima, cruzamentos em superfícies de energia potencial e caminhos de menor energia. Para as metalo-bases, os espectros de absorção foram explorados através da amostragem de configurações geradas com a distribuição de Wigner. O efeito perturbativo introduzido pelo solvente foi investigado através das estratégias implícita e explícita, utilizando como modelo de solvatação atomístico a estratégia sequencial QM/MM e a dinâmica de Car-Parrinello. Os principais mecanismos fotofísicos das nucleobases 7-deazaguanina e 5-aza-7-deazaguanina indicam que a população eletronicamente excitada retorna ao estado fundamental através de rotas de decaimento eficientes e ultrarrápidas, com o papel decisivo de intersecções cônicas. Em relação aos pares de base, o íon de prata promove uma estabilidade adicional comparada aos héteros-pares mediados por ligação de hidrogênio. Semelhantemente, o íon Ag+1 também afeta a ordem dos estados eletrônicos excitados dos pares de base. Por fim, o espectro eletrônico dos pares de base artificias mediados por ligações de hidrogênio foram estudados em detalhes, sendo os estados singletos de mais baixa energia caraterizados por duas transições locais dos cromóforos e uma de transferência de carga.
publishDate 2022
dc.date.none.fl_str_mv 2022-10-14
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46136/tde-15022023-181219/
url https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46136/tde-15022023-181219/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1865492068177018880