Avaliação laboratorial e incidência de escape vacinal por SARS-CoV-2 em voluntários vacinados.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2024
Autor(a) principal: Valério, Camila Araújo
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
NGS
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-15082025-155821/
Resumo: Em 2020, a Organização Mundial da Saúde (OMS) declarou uma pandemia causada pela Síndrome Respiratória Aguda Grave - Coronavírus-2 (SARS-CoV-2), responsável pela Doença 2019 do Coronavírus (COVID-19). As vacinas tornaram-se cruciais na gestão da carga gerada pela pandemia. Ainda assim, a imunização não garante proteção completa contra a infecção pelo SARS-CoV-2.Pessoas totalmente vacinadas podem, no entanto, adquirir a doença e espalhar o vírus. A eficácia da vacinação pode ser influenciada por vários elementos, como a variante viral, a carga viral, o período de incubação, a capacidade de transmissão, a patogenicidade, as características imunológicas do hospedeiro e aquelas específicas da vacina aplicada. Neste estudo, foram monitorados casos de escape vacinal por SARS-CoV-2 em profissionais da saúde do Hospital Infantil Menino Jesus e voluntários da comunidade no período de dois anos. As amostras foram divididas em 3 grupos: voluntários do projeto SOCOV (profissionais do HIMJ), voluntários assintomáticos (VA) e voluntários sintomáticos (VS). Este monitoramento teve como objetivo obter informações sobre a viabilidade viral, analisar a incidência levando em conta a faixa etária, quantidade de doses aplicadas e diferença entre vacinas, além de analisar a resposta imune-humoral a essas infecções, por resultados obtidos com a teste de neutralização viral por efeito citopático (VNT-CPE). Por fim, também foi analisada a incidência das linhagens correlacionando com escape vacinal, utilizando a técnica de sequenciamento de nova geração (NGS). Para isso, foram coletadas amostras de voluntários vacinados e mantendo a monitoração, estando eles sintomáticos ou assintomáticos. De um total de 939 voluntários vacinados, 298/939 (31,7%) tiveram escape vacinal, onde 1/298 (0,3%) do total de voluntários positivos tiveram a infeção duas vezes e 16/298 (5,3%) tiveram pelo menos uma re-coleta da mesma infeção para monitoramento, totalizando 395 amostras positivas. Destas 395 amostras positivas, 311/395(78%) foram isoladas em cultura celular e 68/311 (21,8%) amostras foram viáveis, demonstrando uma baixa porcentagem de vírus viável quando comparado com os 71 voluntários não vacinados, onde a porcentagem foi de 74% de viabilidade viral. A partir da segunda dose de qualquer vacina observou-se presença de anticorpos neutralizantes, com três doses os títulos aumentaram similarmente entre a cepa original e a linhagem Alpha. A linhagem Delta apresentou anticorpos neutralizantes semelhantes entre as fases de pré-infecção e fase aguda independente da quantidade de doses. Do sequenciamento de 58/395 (14,6%) amostras positivas, a linhagem mais detectada foi a Omicron com 39/58 (67,2%), Gamma com 10/58 (17,2%), Zeta com 4/58 (6,8%) e Alpha com 3/58 (5,1%) e Delta 2/58 (3,4%). Com os resultados obtidos foi possível concluir que obtivemos um alto índice de casos de escape vacinal, mas com uma diminuição na viabilidade viral após a imunização completa da vacina. A terceira dose desempenha um papel importante na taxa de anticorpos neutralizantes, o que sugere que a aplicação das vacinas no período de maior circulação viral traz benefícios, não só em termos de gravidade mas também em uma diminuição na transmissibilidade.
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A eficácia da vacinação pode ser influenciada por vários elementos, como a variante viral, a carga viral, o período de incubação, a capacidade de transmissão, a patogenicidade, as características imunológicas do hospedeiro e aquelas específicas da vacina aplicada. Neste estudo, foram monitorados casos de escape vacinal por SARS-CoV-2 em profissionais da saúde do Hospital Infantil Menino Jesus e voluntários da comunidade no período de dois anos. As amostras foram divididas em 3 grupos: voluntários do projeto SOCOV (profissionais do HIMJ), voluntários assintomáticos (VA) e voluntários sintomáticos (VS). Este monitoramento teve como objetivo obter informações sobre a viabilidade viral, analisar a incidência levando em conta a faixa etária, quantidade de doses aplicadas e diferença entre vacinas, além de analisar a resposta imune-humoral a essas infecções, por resultados obtidos com a teste de neutralização viral por efeito citopático (VNT-CPE). Por fim, também foi analisada a incidência das linhagens correlacionando com escape vacinal, utilizando a técnica de sequenciamento de nova geração (NGS). Para isso, foram coletadas amostras de voluntários vacinados e mantendo a monitoração, estando eles sintomáticos ou assintomáticos. De um total de 939 voluntários vacinados, 298/939 (31,7%) tiveram escape vacinal, onde 1/298 (0,3%) do total de voluntários positivos tiveram a infeção duas vezes e 16/298 (5,3%) tiveram pelo menos uma re-coleta da mesma infeção para monitoramento, totalizando 395 amostras positivas. Destas 395 amostras positivas, 311/395(78%) foram isoladas em cultura celular e 68/311 (21,8%) amostras foram viáveis, demonstrando uma baixa porcentagem de vírus viável quando comparado com os 71 voluntários não vacinados, onde a porcentagem foi de 74% de viabilidade viral. A partir da segunda dose de qualquer vacina observou-se presença de anticorpos neutralizantes, com três doses os títulos aumentaram similarmente entre a cepa original e a linhagem Alpha. A linhagem Delta apresentou anticorpos neutralizantes semelhantes entre as fases de pré-infecção e fase aguda independente da quantidade de doses. Do sequenciamento de 58/395 (14,6%) amostras positivas, a linhagem mais detectada foi a Omicron com 39/58 (67,2%), Gamma com 10/58 (17,2%), Zeta com 4/58 (6,8%) e Alpha com 3/58 (5,1%) e Delta 2/58 (3,4%). Com os resultados obtidos foi possível concluir que obtivemos um alto índice de casos de escape vacinal, mas com uma diminuição na viabilidade viral após a imunização completa da vacina. A terceira dose desempenha um papel importante na taxa de anticorpos neutralizantes, o que sugere que a aplicação das vacinas no período de maior circulação viral traz benefícios, não só em termos de gravidade mas também em uma diminuição na transmissibilidade.In 2020, the World Health Organization (WHO) declared a pandemic caused by Severe Acute Respiratory Syndrome - Coronavirus-2 (SARS-CoV-2), responsible for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). Vaccines have become crucial in managing the burden generated by the pandemic; still, immunization does not guarantee complete protection against SARS-CoV-2 infection. Fully vaccinated people can nevertheless acquire the disease and spread the virus. The effectiveness of vaccination can be influenced by various elements, such as the viral variant, the viral load, the incubation period, the transmission capacity, the pathogenicity, the immunological characteristics of the host and those specific to the vaccine applied. In this study, cases of SARS-CoV-2 vaccine escape were monitored in health professionals at the Menino Jesus Children\'s Hospital and community volunteers over a two-year period. The samples were divided into 3 groups: SOCOV project volunteers (HIMJ professionals), asymptomatic volunteers (AV) and symptomatic volunteers (SV). This monitoring aimed to obtain information on viral viability, analyze the incidence taking into account the age group, number of doses applied and difference between vaccines, in addition to analyze the immune-humoral response to these infections, by results obtained with the viral neutralization test by cytopathic effect (VNT-CPE). Finally, the incidence of strains correlating with vaccine escape was also analyzed, using the next-generation sequencing (NGS) technique. For this, samples were collected from vaccinated volunteers and monitoring was maintained to determinate whether they were symptomatic or asymptomatic. Of a total of 939 vaccinated volunteers, 298/939 (31.7%) had vaccine escape, whereas 1/298 (0.3%) of the total positive volunteers had the infection twice and 16/298 (5.3%) had at least one recurrence of the same infection for monitoring, totaling 395 positive samples. Of the 395 vaccine-escaped samples, 311/395 (78%) were isolated in cell culture and 68/311 (21.8%) samples were viable, demonstrating a low percentage of viable virus when compared to the 71 unvaccinated volunteers, where the percentage was 74% of viral viability. From the second dose of any vaccine, the presence of neutralizing antibodies was observed, with three doses the titers increased similarly between the original strain and the Alpha lineage. The Delta strain showed similar neutralizing antibodies between the pre-infection and acute phases, regardless of the number of doses. From the sequencing of 58/395 (14.6%) positive samples, the most detected lineage was Omicron with 39/58 (67.2%), Gamma with 10/58 (17.2%), Zeta with 4/58 (6.8%) and Alpha with 3/58 (5.1%) and Delta 2/58 (3.4%). With the results obtained, it was possible to conclude that we acquired a high rate of cases of vaccine escape, but with a decrease in viral viability after complete immunization of the vaccine. The third dose plays an important role in the rate of neutralizing antibodies, which suggests that the application of vaccines in the period of greater viral circulation brings benefits, not only in terms of severity but also in a decrease in transmissibility.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPDurigon, Danielle Bruna Leal de OliveiraValério, Camila Araújo2024-09-06info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-15082025-155821/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPReter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-08-18T15:55:02Zoai:teses.usp.br:tde-15082025-155821Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-08-18T15:55:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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