Desenvolvimento, caracterização e aplicação de marcadores microssatélites para estudos populacionais em Scaptotrigona bipunctata</i (Hymenoptera, Apidae, Meliponina)
| Ano de defesa: | 2012 |
|---|---|
| Autor(a) principal: | |
| Orientador(a): | |
| Banca de defesa: | |
| Tipo de documento: | Tese |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
| Idioma: | por |
| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
|
| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
|
| Departamento: |
Não Informado pela instituição
|
| País: |
Não Informado pela instituição
|
| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59131/tde-16042025-114346/ |
Resumo: | As abelhas da tribo Meliponini, conhecidas como abelhas indígenas sem ferrão, são encontradas em áreas tropicais e subtropicais e estão entre os principais polinizadores da flora brasileira. Todas são abelhas generalistas. A maioria das espécies está ameaçada de extinção devido à fragmentação dos ecossistemas onde vivem, causada principalmente pelo desmatamento para as monoculturas e criação de gado. Scaptotrigona bipunctata vive em troncos ocos de árvores vivas ou mortas, compõe colônias populosas e estoca grande quantidade de alimento. As abelhas são pretas e de um porte pequeno. São encontradas nos estados do sul e sudeste brasileiros, principalmente. O uso de marcadores moleculares em estudos de genética de populações cresceu muito em produtividade com o advento da manipulação do DNA. Os microssatélites foram descobertos na década de 1980 e, graças às suas características, são próprios para o emprego em uma série de estudos populacionais. O objetivo desse trabalho foi desenvolver um conjunto de locos microssatélites de S. bipunctata para ser utilizado em futuros estudos populacionais, de manejo e conservação da espécie. Paralelamente, procuramos caracterizar os locos microssatélites quanto ao número de alelos, heterozigose esperada e observada; testar a possibilidade de transferência dos locos microssatélites desenvolvidos para S. bipunctata para outras espécies de abelha indígena sem ferrão; caracterizar a distribuição das frequências alélicas dos microssatélites aqui desenvolvidos em S. bipunctata e usá-los para inferir a estruturação populacional da espécie. Foi produzido um conjunto de 13 pares de primers microssatélites, utilizando a técnica de biblioteca genômica enriquecida. Esses primers foram caracterizados utilizando 20 abelhas não relacionadas de 20 ninhos naturais coletados em Muzambinho (MG), Ribeirão Preto (SP), Franca (SP), Apucarana (PR), Rio Bonito do Iguaçu (PR), Campo Alegre (SC), Rio do Sul (SC) e Porto Alegre (RS). Todos os 13 pares de primers desenhados e sintetizados tiveram sucesso na amplificação. O número de alelos por loco variou de 2 a 11 (média de 4,5). A heterozigose esperada variou de 0,14 a 0,85 e a heterozigose observada variou de 0,15 a 0,70. Os valores de Conteúdo de Informação de Polimorfismo variaram de 0,180 até 0,804. Não foram detectados indícios significativos de ligação entre os locos desenvolvidos. O teste de possibilidade de transferência dos primers de S. bipunctata para outras espécies de meliponíneos demonstrou que as sequências que flanqueiam as regiões microssatélites são conservadas, uma vez que a maioria dos pares de primers amplificou em outras espécies testadas (11 espécies). Foi detectada estruturação intrapopulacional, interpopulacional e entre clusters de S. bipunctata. Os resultados obtidos neste trabalho mostram que os primers desenvolvidos para S. bipunctata são bem informativos e adequados para futuros estudos de diversidade genética, estrutura populacional, agregação de ninhos, conservação e manejo, filogeografia e parentesco. |
| id |
USP_1df4094a92ea05d292b72a93c7bda4f4 |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:teses.usp.br:tde-16042025-114346 |
| network_acronym_str |
USP |
| network_name_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
| repository_id_str |
|
| spelling |
Desenvolvimento, caracterização e aplicação de marcadores microssatélites para estudos populacionais em Scaptotrigona bipunctata</i (Hymenoptera, Apidae, Meliponina)Development, characterization and application of microsatellite markers for population studies on Scaptotrigona bipunctata (Hymenoptera, Apidae, Meliponina)Scaptotrigona bipunctataScaptotrigona bipunctataBiblioteca enriquecida de DNAEnriched libraryEstrutura populacionalGenética de populaçõesMeliponinaMeliponinaMeliponíneosMeliponinesMicrosatelliteMicrossatélitesPopulation geneticsPopulation structureSSRSSRAs abelhas da tribo Meliponini, conhecidas como abelhas indígenas sem ferrão, são encontradas em áreas tropicais e subtropicais e estão entre os principais polinizadores da flora brasileira. Todas são abelhas generalistas. A maioria das espécies está ameaçada de extinção devido à fragmentação dos ecossistemas onde vivem, causada principalmente pelo desmatamento para as monoculturas e criação de gado. Scaptotrigona bipunctata vive em troncos ocos de árvores vivas ou mortas, compõe colônias populosas e estoca grande quantidade de alimento. As abelhas são pretas e de um porte pequeno. São encontradas nos estados do sul e sudeste brasileiros, principalmente. O uso de marcadores moleculares em estudos de genética de populações cresceu muito em produtividade com o advento da manipulação do DNA. Os microssatélites foram descobertos na década de 1980 e, graças às suas características, são próprios para o emprego em uma série de estudos populacionais. O objetivo desse trabalho foi desenvolver um conjunto de locos microssatélites de S. bipunctata para ser utilizado em futuros estudos populacionais, de manejo e conservação da espécie. Paralelamente, procuramos caracterizar os locos microssatélites quanto ao número de alelos, heterozigose esperada e observada; testar a possibilidade de transferência dos locos microssatélites desenvolvidos para S. bipunctata para outras espécies de abelha indígena sem ferrão; caracterizar a distribuição das frequências alélicas dos microssatélites aqui desenvolvidos em S. bipunctata e usá-los para inferir a estruturação populacional da espécie. Foi produzido um conjunto de 13 pares de primers microssatélites, utilizando a técnica de biblioteca genômica enriquecida. Esses primers foram caracterizados utilizando 20 abelhas não relacionadas de 20 ninhos naturais coletados em Muzambinho (MG), Ribeirão Preto (SP), Franca (SP), Apucarana (PR), Rio Bonito do Iguaçu (PR), Campo Alegre (SC), Rio do Sul (SC) e Porto Alegre (RS). Todos os 13 pares de primers desenhados e sintetizados tiveram sucesso na amplificação. O número de alelos por loco variou de 2 a 11 (média de 4,5). A heterozigose esperada variou de 0,14 a 0,85 e a heterozigose observada variou de 0,15 a 0,70. Os valores de Conteúdo de Informação de Polimorfismo variaram de 0,180 até 0,804. Não foram detectados indícios significativos de ligação entre os locos desenvolvidos. O teste de possibilidade de transferência dos primers de S. bipunctata para outras espécies de meliponíneos demonstrou que as sequências que flanqueiam as regiões microssatélites são conservadas, uma vez que a maioria dos pares de primers amplificou em outras espécies testadas (11 espécies). Foi detectada estruturação intrapopulacional, interpopulacional e entre clusters de S. bipunctata. Os resultados obtidos neste trabalho mostram que os primers desenvolvidos para S. bipunctata são bem informativos e adequados para futuros estudos de diversidade genética, estrutura populacional, agregação de ninhos, conservação e manejo, filogeografia e parentesco.Bees of the Meliponini tribe are known as stingless bees. They are found in tropical and some subtropical areas throughout the world and are among the most important Brazilian flora pollinators. AII of those bees are generalists. Many species are extinction threatened due to fragmentation of their habitats, mainly caused by great extent deforestation. Scaptotrigona bipunctata nests in hollowed trees and constitutes highly populated colonies with great amounts of stocked food. The workers are small-sized and have a matte black color. ln Brazil they are found at southern and southeastern states. The techniques to manipulate the DNA greatly increased the answers obtained by the studies of population genetics using molecular markers. The microsatellite markers were discovered in the 1980\'s, and due to its characteristics are employed on a series of population studies. This work aimed to develop and characterize a set of S. bipunctata microsatellite loci to be used for population structure inference, which could also be used on a series of population studies aiming conservation. lt was developed a set of 13 pairs of primers for microsatellite loci through the construction of an enriched genomic library. The primers were characterized in 20 unrelated bees from 20 natural nests sampled in Muzambinho - MG; Ribeirão Preto - SP; Franca - SP; Apucarana - PR; Rio Bonito do Iguaçu - PR; Campo Alegre - SC; Rio do Sul - SC; Porto Alegre - RS. AII of the primer pairs designed and synthesized were successful in amplification. The allele number per locus varied from 2 to 11 (mean=4.5). The expected heterozygosity ranged from 0.14 to 0.85 and observed heterozygosity from 0.15 to 0.70. The Polymorphism lnformation Content ranged from 0.180 to 0.804. lt was not detected significant evidences of linkage disequilibrium between the developed loci. The primer transferability tests showed that the sequences flanking the microsatellite regions are conserved since most of the primers amplified the other species DNA tested (11 species screened). lt was detected intrapopulational, interpopulational and between clusters strutructure. The results obtained showed that the primers developed for S. bipunctata are very informative and suitable for further studies on the distribution of genetic diversity, population structure, nest aggregations, conservation and management studies, phylogeography and kinship studies.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPSoares, Ademilson Espencer EgeaAlvarenga, Paulo Emílio Ferreira e2012-07-10info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59131/tde-16042025-114346/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-04-16T15:02:02Zoai:teses.usp.br:tde-16042025-114346Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-04-16T15:02:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
| dc.title.none.fl_str_mv |
Desenvolvimento, caracterização e aplicação de marcadores microssatélites para estudos populacionais em Scaptotrigona bipunctata</i (Hymenoptera, Apidae, Meliponina) Development, characterization and application of microsatellite markers for population studies on Scaptotrigona bipunctata (Hymenoptera, Apidae, Meliponina) |
| title |
Desenvolvimento, caracterização e aplicação de marcadores microssatélites para estudos populacionais em Scaptotrigona bipunctata</i (Hymenoptera, Apidae, Meliponina) |
| spellingShingle |
Desenvolvimento, caracterização e aplicação de marcadores microssatélites para estudos populacionais em Scaptotrigona bipunctata</i (Hymenoptera, Apidae, Meliponina) Alvarenga, Paulo Emílio Ferreira e Scaptotrigona bipunctata Scaptotrigona bipunctata Biblioteca enriquecida de DNA Enriched library Estrutura populacional Genética de populações Meliponina Meliponina Meliponíneos Meliponines Microsatellite Microssatélites Population genetics Population structure SSR SSR |
| title_short |
Desenvolvimento, caracterização e aplicação de marcadores microssatélites para estudos populacionais em Scaptotrigona bipunctata</i (Hymenoptera, Apidae, Meliponina) |
| title_full |
Desenvolvimento, caracterização e aplicação de marcadores microssatélites para estudos populacionais em Scaptotrigona bipunctata</i (Hymenoptera, Apidae, Meliponina) |
| title_fullStr |
Desenvolvimento, caracterização e aplicação de marcadores microssatélites para estudos populacionais em Scaptotrigona bipunctata</i (Hymenoptera, Apidae, Meliponina) |
| title_full_unstemmed |
Desenvolvimento, caracterização e aplicação de marcadores microssatélites para estudos populacionais em Scaptotrigona bipunctata</i (Hymenoptera, Apidae, Meliponina) |
| title_sort |
Desenvolvimento, caracterização e aplicação de marcadores microssatélites para estudos populacionais em Scaptotrigona bipunctata</i (Hymenoptera, Apidae, Meliponina) |
| author |
Alvarenga, Paulo Emílio Ferreira e |
| author_facet |
Alvarenga, Paulo Emílio Ferreira e |
| author_role |
author |
| dc.contributor.none.fl_str_mv |
Soares, Ademilson Espencer Egea |
| dc.contributor.author.fl_str_mv |
Alvarenga, Paulo Emílio Ferreira e |
| dc.subject.por.fl_str_mv |
Scaptotrigona bipunctata Scaptotrigona bipunctata Biblioteca enriquecida de DNA Enriched library Estrutura populacional Genética de populações Meliponina Meliponina Meliponíneos Meliponines Microsatellite Microssatélites Population genetics Population structure SSR SSR |
| topic |
Scaptotrigona bipunctata Scaptotrigona bipunctata Biblioteca enriquecida de DNA Enriched library Estrutura populacional Genética de populações Meliponina Meliponina Meliponíneos Meliponines Microsatellite Microssatélites Population genetics Population structure SSR SSR |
| description |
As abelhas da tribo Meliponini, conhecidas como abelhas indígenas sem ferrão, são encontradas em áreas tropicais e subtropicais e estão entre os principais polinizadores da flora brasileira. Todas são abelhas generalistas. A maioria das espécies está ameaçada de extinção devido à fragmentação dos ecossistemas onde vivem, causada principalmente pelo desmatamento para as monoculturas e criação de gado. Scaptotrigona bipunctata vive em troncos ocos de árvores vivas ou mortas, compõe colônias populosas e estoca grande quantidade de alimento. As abelhas são pretas e de um porte pequeno. São encontradas nos estados do sul e sudeste brasileiros, principalmente. O uso de marcadores moleculares em estudos de genética de populações cresceu muito em produtividade com o advento da manipulação do DNA. Os microssatélites foram descobertos na década de 1980 e, graças às suas características, são próprios para o emprego em uma série de estudos populacionais. O objetivo desse trabalho foi desenvolver um conjunto de locos microssatélites de S. bipunctata para ser utilizado em futuros estudos populacionais, de manejo e conservação da espécie. Paralelamente, procuramos caracterizar os locos microssatélites quanto ao número de alelos, heterozigose esperada e observada; testar a possibilidade de transferência dos locos microssatélites desenvolvidos para S. bipunctata para outras espécies de abelha indígena sem ferrão; caracterizar a distribuição das frequências alélicas dos microssatélites aqui desenvolvidos em S. bipunctata e usá-los para inferir a estruturação populacional da espécie. Foi produzido um conjunto de 13 pares de primers microssatélites, utilizando a técnica de biblioteca genômica enriquecida. Esses primers foram caracterizados utilizando 20 abelhas não relacionadas de 20 ninhos naturais coletados em Muzambinho (MG), Ribeirão Preto (SP), Franca (SP), Apucarana (PR), Rio Bonito do Iguaçu (PR), Campo Alegre (SC), Rio do Sul (SC) e Porto Alegre (RS). Todos os 13 pares de primers desenhados e sintetizados tiveram sucesso na amplificação. O número de alelos por loco variou de 2 a 11 (média de 4,5). A heterozigose esperada variou de 0,14 a 0,85 e a heterozigose observada variou de 0,15 a 0,70. Os valores de Conteúdo de Informação de Polimorfismo variaram de 0,180 até 0,804. Não foram detectados indícios significativos de ligação entre os locos desenvolvidos. O teste de possibilidade de transferência dos primers de S. bipunctata para outras espécies de meliponíneos demonstrou que as sequências que flanqueiam as regiões microssatélites são conservadas, uma vez que a maioria dos pares de primers amplificou em outras espécies testadas (11 espécies). Foi detectada estruturação intrapopulacional, interpopulacional e entre clusters de S. bipunctata. Os resultados obtidos neste trabalho mostram que os primers desenvolvidos para S. bipunctata são bem informativos e adequados para futuros estudos de diversidade genética, estrutura populacional, agregação de ninhos, conservação e manejo, filogeografia e parentesco. |
| publishDate |
2012 |
| dc.date.none.fl_str_mv |
2012-07-10 |
| dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| format |
doctoralThesis |
| status_str |
publishedVersion |
| dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59131/tde-16042025-114346/ |
| url |
https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59131/tde-16042025-114346/ |
| dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
| language |
por |
| dc.relation.none.fl_str_mv |
|
| dc.rights.driver.fl_str_mv |
Liberar o conteúdo para acesso público. info:eu-repo/semantics/openAccess |
| rights_invalid_str_mv |
Liberar o conteúdo para acesso público. |
| eu_rights_str_mv |
openAccess |
| dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
| dc.coverage.none.fl_str_mv |
|
| dc.publisher.none.fl_str_mv |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
| publisher.none.fl_str_mv |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
| dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP instname:Universidade de São Paulo (USP) instacron:USP |
| instname_str |
Universidade de São Paulo (USP) |
| instacron_str |
USP |
| institution |
USP |
| reponame_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
| collection |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
| repository.name.fl_str_mv |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP) |
| repository.mail.fl_str_mv |
virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br |
| _version_ |
1839839146991943680 |