Análise estrutural e dinâmica de redes biológicas

• Ano de defesa: 2015
• Autor(a) principal: Arruda, Henrique Ferraz de
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Complex networks and neural networks; Expressão gênica; Gene expression; Neurônios; Neurons; Redes complexas e rede neuronal
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-03082015-101106/

Diferentes tipos de neurônios possuem formas distintas, um fator importante para a regulação da forma é a expressão gênica. Além disso, esta característica também está relacionada com a conectividade entre as células nervosas, formando redes. Por meio delas ocorrem as dinâmicas, como por exemplo o aprendizado. Neste trabalho foi desenvolvido um arcabouço de modelagem e simulação neuronal, para analisar a integração das etapas desde a expressão gênica, passando pela geração dos neurônios até as dinâmicas, permitindo o estudo do sistema e relacionamento entre as partes. Na etapa de geração, foram utilizados diferentes padrões de expressão gênica. Por meio dos neurônios, foram criadas as redes, caracterizadas utilizando medidas de centralidade. Ademais, foram executadas as dinâmicas integra-e-dispara, que simula a comunicação entre os neurônios, e o desenvolvimento hebiano, que é uma dinâmica aplicada para simular o aprendizado. Para quantificar a influência da expressão gênica, foram utilizadas as medidas de correlação de Pearson e a informação mútua. Por meio destes testes, foi possível observar que a expressão gênica influencia todas as etapas, sendo que nelas, exceto na geração da forma neuronal, os padrões de expressão com que os neurônios foram organizados também são um fator importante. Além disso, na medida de centralidade betweenness centrality, foi possível observar a formação de caminhos, denominados caminhos do betweenness. Para descrever os caminhos, foram feitas comparações entre as redes neuronais e outras redes espaciais. Assim, foi possível observar que estes caminhos são uma característica comum em redes geográficas e estão relacionados com as comunidades da rede.