Vigilância epidemiológica dos vírus da influenza aviária, da doença de Newcastle e da laringotraqueíte infecciosa das galinhas em propriedades avícolas

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Luciano, Renato Luis
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Avian influenza; Doença de Newcastle; Epidemiological Surveillance; High-throughput sequencing; Infectious laryngotracheitis; Influenza aviária; Laringotraqueíte infecciosa das galinhas; Newcastle disease; Sequenciamento de alto desempenho; Vigilância epidemiológica
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-23032021-101706/

A sanidade avícola é necessária para garantir a posição de destaque mundial da avicultura brasileira. O objetivo deste trabalho foi realizar a vigilância epidemiológica do vírus da IA (VIA) e do vírus da DNC (VDNC) em 2017 e 2018, além de avaliar a circulação de estirpes do vírus de laringotraqueíte infecciosa das galinhas (VLTI) nas granjas de postura comercial em duas regiões quarentemadas (Bastos e Guatapará) entre 2010 e 2018. Diferentes programas vacinais contra a LTI foram implementados na região, com a substituição de vacinas vivas atenuadas por recombinantes em 2012 (Bastos) e 2013 (Guatapará). Para a vigilância de VIA e VDNC foram coletados pools de suabes (traqueais e cloacais, n=220) de aves de subsistências localizadas no entorno de propriedades avícolas de reprodutoras. Essas amostras foram testadas pela reação de transcrição reversa-PCR em tempo real (RRT-PCR). O estudo longitudinal de VLTI coletou amostras de pools de suabes orofaríngeos de aves localizadas em Bastos (n=364) e Guatapará (n=214) para a detecção de VLTI por PCR. O sequenciamento de DNA dos genes ICP4, TK e genomas completos das amostras positivas foram realizados usando sequenciamento Sanger e sequenciamento de última geração (NGS). As bibliotecas de DNA foram preparadas com o kit Nextera DNA Flex Library Prep e sequenciadas com o sequenciador MiSeq. Análise filogenética e as identidades genéticas foram inferidas com as sequências obtidas. Nosso estudo não detectou VIA e do VDNC em nenhuma das amostras no período avaliado. O VLTI foi detectado em 11,85% e 12,6% das amostras testadas de Bastos em 2013 e 2018. A região de Guatapará apresentou a maior taxa de detecção (60,5%) em 2010. A taxa de detecção de amostras testadas da região de Guatapará variou de 12,2% e 21,7% após 2013. Análise filogenética do gene ICP4 agrupou as sequências das amostras de Bastos com vacinas de CEO e outras sequências de Bastos detectadas em anos anteriores, com 99% da identidade genética entre estas sequências. As análises filogenéticas dos genes ICP4, TK e do genoma completo agruparam as amostras de Guatapará separadamente das amostras vacinais. A sequência completa do genoma de uma amostra obtida de aves sintomáticas sem vacinação na região de Guatapará em 2010 (IB8098) teve 152.985 nucleotídeos, com 4755 leituras e 98,2% de cobertura. A análise filogenética agrupou a amostra IB8098 com outras estirpes virulentas, como da Rússia (MF405079). As identidades genéticas apresentaram 99,9%, quando comparadas à estirpe russa e 99,6% em relação às vacinais (CEO e TCO). Nosso estudo mostrou o VLTI ainda está presente nas regiões de Bastos e Guatapará, apesar das medidas de controle e vacinação vigentes. Os programas de vacinação nas regiões quarentenadas diminuíram a circulação do vírus com um leve aumento da detecção do VLTI com a utilização apenas das vacinas recombinantes. Esse é o primeiro relato da obtenção do genoma completo de VLTI no Brasil e sua caracterização genômica desde o início da circulação do vírus na região há pelo menos dez anos. O monitoramento contínuo da área é essencial para auxiliar as ações da defesa agropecuária, avaliar as medidas de vacinação implementadas contribuindo para a melhoria da sanidade avícola.