Estudos bioquímicos e funcionais de celobiohidrolases oriundas de basidiomicetos de decomposição branca com potencial biotecnológico
| Ano de defesa: | 2024 |
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| Tipo de documento: | Tese |
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Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/97/97140/tde-11122024-160402/ |
Resumo: | Estabelecer fontes alternativas e sustentáveis de energia é uma das grandes demandas mundiais. A lignocelulose é um resíduo industrial que ainda mantém alto teor de carbono passível de ser convertido à etanol e outros produtos. Os coquetéis enzimáticos requeridos para a etapa de sacarificação desse material ainda sofrem com as severas condições industriais e contaminantes no meio reacional. Buscar enzimas de diferentes origens pode trazer vantagens ainda não observadas. Fungos basidiomicetos naturalmente atuam em material lignocelulósico com alto teor de lignina, macromolécula que acarreta efeitos negativos em enzimas no processo industrial. Este trabalho descreve a clonagem e expressão de duas celobiohidrolases (PcCel7C e PcCel7D) do basidiomiceto Phanerochaete chrysosporium em Aspergillus nidulans. A caracterização bioquímica demonstrou que a expressão heteróloga manteve as propriedades intrínsecas das enzimas recombinantes de maior atividade de endo-iniciação e maior velocidade catalítica em celulose em relação à celobiohidrolase (CBH) do ascomiceto Trichoderma reesei. Além das deleções nos loops que formam o túnel catalítico das CBHs, a PcCel7D também mostrou resíduos carregados negativamente nas análises in silico expostos à superfície acarretando uma maior carga eletrostática residual negativa em relação à PcCel7C. Quando na presença de celulose amorfa e de compostos fenólicos solúveis derivados de lignina (LRCs), PcCel7D se mostrou mais tolerante a esses desativadores. Porém, o estudo com outras fontes de enzimas mostrou que enzimas termoestáveis apresentaram elevada tolerância aos LRCs, e a determinação da temperatura de desenovelamento revelou que o mecanismo de interação dos LRCs com as celulases ocorre por desestabilização estrutural e desativação, ao contrário da literatura que sugere inibição. Ensaios de fluorescência intrínseca do triptofano revelaram que os resíduos próximos ao sítio ativo são favorecidos para a interação com os LRCs. Este estudo analisa bioquimicamente as CBHs de basidiomiceto em comparação com de ascomiceto e elucida o tipo de interação que ocorre entre os LRCs e celulases, contribuindo para o desenvolvimento racional de enzimas mais robustas para os processos industriais. |
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Estudos bioquímicos e funcionais de celobiohidrolases oriundas de basidiomicetos de decomposição branca com potencial biotecnológicoBiochemical and functional studies of cellobiohydrolases from white-rot basidiomycetes with biotechnological potentialBasidiomicetosBasidiomycetesCellobiohydrolasesCelobiohidrolasesFenólicos solúveisInteraçãoInteractionLigninLigninaSoluble phenolicsEstabelecer fontes alternativas e sustentáveis de energia é uma das grandes demandas mundiais. A lignocelulose é um resíduo industrial que ainda mantém alto teor de carbono passível de ser convertido à etanol e outros produtos. Os coquetéis enzimáticos requeridos para a etapa de sacarificação desse material ainda sofrem com as severas condições industriais e contaminantes no meio reacional. Buscar enzimas de diferentes origens pode trazer vantagens ainda não observadas. Fungos basidiomicetos naturalmente atuam em material lignocelulósico com alto teor de lignina, macromolécula que acarreta efeitos negativos em enzimas no processo industrial. Este trabalho descreve a clonagem e expressão de duas celobiohidrolases (PcCel7C e PcCel7D) do basidiomiceto Phanerochaete chrysosporium em Aspergillus nidulans. A caracterização bioquímica demonstrou que a expressão heteróloga manteve as propriedades intrínsecas das enzimas recombinantes de maior atividade de endo-iniciação e maior velocidade catalítica em celulose em relação à celobiohidrolase (CBH) do ascomiceto Trichoderma reesei. Além das deleções nos loops que formam o túnel catalítico das CBHs, a PcCel7D também mostrou resíduos carregados negativamente nas análises in silico expostos à superfície acarretando uma maior carga eletrostática residual negativa em relação à PcCel7C. Quando na presença de celulose amorfa e de compostos fenólicos solúveis derivados de lignina (LRCs), PcCel7D se mostrou mais tolerante a esses desativadores. Porém, o estudo com outras fontes de enzimas mostrou que enzimas termoestáveis apresentaram elevada tolerância aos LRCs, e a determinação da temperatura de desenovelamento revelou que o mecanismo de interação dos LRCs com as celulases ocorre por desestabilização estrutural e desativação, ao contrário da literatura que sugere inibição. Ensaios de fluorescência intrínseca do triptofano revelaram que os resíduos próximos ao sítio ativo são favorecidos para a interação com os LRCs. Este estudo analisa bioquimicamente as CBHs de basidiomiceto em comparação com de ascomiceto e elucida o tipo de interação que ocorre entre os LRCs e celulases, contribuindo para o desenvolvimento racional de enzimas mais robustas para os processos industriais.The establishment of alternative and sustainable sources of energy is one of the major global demands. Lignocellulose, an industrial waste, still retains a significant carbon content that can be converted into ethanol and other products. However, the enzymatic cocktails necessary for the saccharification of this material still face challenges related to harsh industrial conditions and impurities in the reaction medium. Exploring enzymes from different sources may yield advantages that have yet to be observed. Basidiomycete fungi naturally degrade lignocellulosic materials with a high lignin content, a macromolecule that has adverse effects on enzymes in industrial processes. This work describes the cloning and expression of two cellobiohydrolases (PcCel7C and PcCel7D) from the basidiomycete Phanerochaete chrysosporium in Aspergillus nidulans. Biochemical characterization demonstrated that heterologous expression maintained the intrinsic properties of the recombinant enzymes, with higher endo-initiation activity and catalytic velocity on cellulose compared to the cellobiohydrolase (CBH) from the ascomycete Trichoderma reesei. In addition to deletions in the loops forming the catalytic tunnel of CBHs, PcCel7D also exhibit negatively charged residues exposed on the surface during the in silico analysis, resulting in a higher negative electrostatic charge compared to PcCel7C. In the presence of amorphous cellulose and soluble lignin-related compounds (LRCs), PcCel7D demonstrated greater tolerance to these deactivators. However, the study with other enzyme sources showed that thermostable enzymes displayed higher tolerance to LRCs, and the determination of the unfolding temperature revealed that the interaction mechanism between LRCs and cellulases involves structural destabilization and deactivation, contrary to what the literature suggests (inhibition). Intrinsic tryptophan fluorescence assays unveiled that residues near the active site are favored for interaction with LRCs. This study provides a biochemical analysis of basidiomycete CBHs in comparison to ascomycete CBHs and elucidate the type of interaction that occurs between LRCs and cellulases. This contributes to the rational development of more robust enzymes for industrial processes.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPFerraz, André LuisSegato, FernandoOliva, Bianca2024-03-14info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/97/97140/tde-11122024-160402/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2024-12-11T18:08:03Zoai:teses.usp.br:tde-11122024-160402Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212024-12-11T18:08:03Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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