Compreendendo o papel da arginilação de proteínas na saúde e na doença por meio de abordagens analíticas e biológicas.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2025
Autor(a) principal: Silva, Janaína Macêdo da
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-16122025-184258/
Resumo: Modificações pós-traducionais (PTMs) são essenciais para regular as propriedades físico-químicas e biológicas das proteínas, influenciando suas funções na saúde e na doença. Entre as numerosas PTMs reportadas, a arginilação se destaca como um mecanismo pouco explorado mediado pela enzima Arginil-tRNA-proteína transferase 1 (ATE1). Em 2002, foi demonstrado que o knockout do gene ATE1 levou a anormalidades em processos biológicos importantes, incluindo angiogênese e morfogênese tecidual em mamíferos. Desde então, o papel da arginilação de proteínas tem sido cada vez mais reconhecido, revelando suas funções críticas na biologia do câncer, resposta ao estresse, morte celular e progressão de doenças neurodegenerativas e cardiovasculares. Apesar dos avanços recentes, o impacto da arginilação em vários processos biológicos permanece insuficientemente elucidado, necessitando não apenas de mais investigação, mas também de uma compreensão mais profunda de seus mecanismos conhecidos. Paralelamente, o desenvolvimento de métodos para elucidar o proteoma arginilado continua essencial. Nesta tese, uma abordagem multidisciplinar combinando técnicas biológicas e analíticas foi empregada para melhorar nossa compreensão da biologia subjacente à arginilação de proteínas e otimizar metodologias analíticas para explorar o arginiloma em amostras complexas. O Capítulo 1 fornece uma introdução aos PTMs, com foco na história e implicações biológicas da arginilação de proteínas. O Capítulo 2 foca na otimização do preparo de amostras e protocolos de N-terminomica para investigar o arginiloma em amostras complexas. Além disso, explora o interactoma de ATE1 pela aplicação da técnica de imunoprecipitação (IP). O Capítulo 3 apresenta e discute resultados sobre a modulação da via de arginilação de proteínas e suas implicações em processos infecciosos relevantes, incluindo infecções fúngicas (Aspergillus fumigatus), virais (SARS-CoV-2), e parasitárias (Trypanosoma cruzi). O Capítulo 4 examina a modulação da via de arginilação de proteínas e seus papéis na biologia de cânceres cerebrais, incluindo glioblastoma (GBM) e meningiomas. O Capítulo 5 investiga o papel da arginilação na formação de agregados de proteínas e seu envolvimento na progressão da esclerose lateral amiotrófica (ELA), uma doença neurodegenerativa. O Capítulo 6 resume as principais descobertas, conclusões gerais e perspectivas do estudo. Finalmente, o Capítulo 7 apresenta uma lista de publicações concluídas e prêmios. Em conjunto, este trabalho avança a compreensão do impacto da arginilação de proteínas em processos biológicos críticos, ampliando nosso conhecimento de seu papel em doenças complexas e oferecendo novas perspectivas para o desenvolvimento de terapias futuras. As abordagens adotadas não apenas aprofundam a compreensão dos mecanismos moleculares subjacentes à arginilação, mas também propõem ferramentas analíticas que podem ser aplicadas em várias áreas da biologia, com implicações diretas para o tratamento de doenças neurodegenerativas e infecciosas, cânceres e outras condições associadas a disfunções proteicas.
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Em 2002, foi demonstrado que o knockout do gene ATE1 levou a anormalidades em processos biológicos importantes, incluindo angiogênese e morfogênese tecidual em mamíferos. Desde então, o papel da arginilação de proteínas tem sido cada vez mais reconhecido, revelando suas funções críticas na biologia do câncer, resposta ao estresse, morte celular e progressão de doenças neurodegenerativas e cardiovasculares. Apesar dos avanços recentes, o impacto da arginilação em vários processos biológicos permanece insuficientemente elucidado, necessitando não apenas de mais investigação, mas também de uma compreensão mais profunda de seus mecanismos conhecidos. Paralelamente, o desenvolvimento de métodos para elucidar o proteoma arginilado continua essencial. Nesta tese, uma abordagem multidisciplinar combinando técnicas biológicas e analíticas foi empregada para melhorar nossa compreensão da biologia subjacente à arginilação de proteínas e otimizar metodologias analíticas para explorar o arginiloma em amostras complexas. O Capítulo 1 fornece uma introdução aos PTMs, com foco na história e implicações biológicas da arginilação de proteínas. O Capítulo 2 foca na otimização do preparo de amostras e protocolos de N-terminomica para investigar o arginiloma em amostras complexas. Além disso, explora o interactoma de ATE1 pela aplicação da técnica de imunoprecipitação (IP). O Capítulo 3 apresenta e discute resultados sobre a modulação da via de arginilação de proteínas e suas implicações em processos infecciosos relevantes, incluindo infecções fúngicas (Aspergillus fumigatus), virais (SARS-CoV-2), e parasitárias (Trypanosoma cruzi). O Capítulo 4 examina a modulação da via de arginilação de proteínas e seus papéis na biologia de cânceres cerebrais, incluindo glioblastoma (GBM) e meningiomas. O Capítulo 5 investiga o papel da arginilação na formação de agregados de proteínas e seu envolvimento na progressão da esclerose lateral amiotrófica (ELA), uma doença neurodegenerativa. O Capítulo 6 resume as principais descobertas, conclusões gerais e perspectivas do estudo. Finalmente, o Capítulo 7 apresenta uma lista de publicações concluídas e prêmios. Em conjunto, este trabalho avança a compreensão do impacto da arginilação de proteínas em processos biológicos críticos, ampliando nosso conhecimento de seu papel em doenças complexas e oferecendo novas perspectivas para o desenvolvimento de terapias futuras. As abordagens adotadas não apenas aprofundam a compreensão dos mecanismos moleculares subjacentes à arginilação, mas também propõem ferramentas analíticas que podem ser aplicadas em várias áreas da biologia, com implicações diretas para o tratamento de doenças neurodegenerativas e infecciosas, cânceres e outras condições associadas a disfunções proteicas.Post-translational modifications (PTMs) are essential for regulating the physicochemical and biological properties of proteins, thereby influencing their functions in health and disease. Among the numerous known PTMs, arginylation stands out as a poorly explored mechanism mediated by the enzyme Arginyl-tRNA-protein transferase 1 (ATE1). In 2002, it was demonstrated that the knockout of the ATE1 gene led to abnormalities in key biological processes, including angiogenesis and tissue morphogenesis in mammals. Since then, the role of protein arginylation has been increasingly recognized, revealing its critical functions in cancer biology, stress response, cell death, and the progression of neurodegenerative and cardiovascular diseases. Despite recent advances, the impact of arginylation on various biological processes remains insufficiently elucidated, necessitating not only further investigation but also a deeper understanding of its established mechanisms. In parallel, the development of methods to elucidate the arginylated proteome remains essential. In this thesis, a multidisciplinary approach combining biological and analytical techniques was employed to enhance our understanding of the biology underlying protein arginylation and to optimize analytical methodologies for exploring the arginylome in complex samples. Chapter 1 provides an introduction to PTMs, with a focus on the history and biological implications of protein arginylation. Chapter 2 focuses on optimizing sample preparation and N-terminomics protocols to investigate the arginylome in complex samples. Additionally, it explores the ATE1 interactome through the application of the immunoprecipitation (IP) technique. Chapter 3 presents and discusses results on the modulation of the protein arginylation pathway and its implications in relevant infectious processes, including fungal (Aspergillus fumigatus), viral (SARS-CoV-2), and parasitic (Trypanosoma cruzi) infections. Chapter 4 examines the modulation of the protein arginylation pathway and its roles in the biology of brain cancers, including glioblastoma (GBM) and meningiomas. Chapter 5 investigates the role of protein arginylation in the formation of protein aggregates and its involvement in the progression of amyotrophic lateral sclerosis (ALS), a neurodegenerative disease. Chapter 6 summarizes the key findings, conclusions, and general perspectives of the study. Finally, Chapter 7 presents a list of completed publications and awards. Taken together, this work advances the understanding of the impact of protein arginylation on critical biological processes, broadening our knowledge of its role in complex diseases and offering new perspectives for the development of future therapies. The approaches adopted not only deepen the understanding of the molecular mechanisms underlying arginylation but also propose analytical tools that can be applied across various areas of biology, with direct implications for the treatment of neurodegenerative and infectious diseases, cancers, and other conditions associated with protein dysfunctions.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPPalmisano, GiuseppeSilva, Janaína Macêdo da2025-04-14info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-16122025-184258/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPReter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2026-01-12T15:49:02Zoai:teses.usp.br:tde-16122025-184258Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212026-01-12T15:49:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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