Mapa de ligação e mapeamento de QTL para a resposta do feijoeiro-comum ao Meloidogyne incognita
| Ano de defesa: | 2025 |
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| Autor(a) principal: | |
| Orientador(a): | |
| Banca de defesa: | |
| Tipo de documento: | Dissertação |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
| Idioma: | por |
| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-06052025-111838/ |
Resumo: | O feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris, 2n = 22) possui grande importância na alimentação mundial, sendo a principal fonte de nutrientes e aminoácidos para países em desenvolvimento. Entre os patógenos que acometem a cultura, o nematoide das galhas (Meloidogyne incognita) infecta as raízes do feijoeiro e causa danos significativos, afetando o desenvolvimento da planta e o rendimento de grãos. A busca por fontes de resistência ao nematoide das galhas é essencial tanto para o controle eficiente do patógeno, quanto para o entendimento dos mecanismos moleculares e genéticos envolvidos na resposta de defesa. O presente estudo investigou as regiões genômicas que controlam a resposta a M. incognita em uma população F2 biparental contrastante, derivada do cruzamento entre as cultivares de feijoeiro preto Puebla-152 (moderadamente resistente-MR) e Jamapa-CNF-1671 (suscetível-S) via mapeamento de QTL. A análise fenotípica de 192 indivíduos da população F2 foi realizada usando um protocolo de alto rendimento em uma câmara de crescimento. Os caracteres número de massas de ovos (NMO) e índice de galhas (IG) foram avaliados aos 30 dias após a infecção. Para o mapeamento de QTLs, os indivíduos foram genotipados via GBS (Genotyping by sequencing). O mapa de ligação consistiu em 717 marcadores SNPs distribuídos em 13 grupos de ligação, e comprimento total de 1.112,88 cM. Os mapeamentos de QTL por Intervalo (IM) e por intervalo composto (CIM) identificaram um QTL no cromossomo Pv01 para o caráter NMO, com LOD score de 6,76 e R2 de 11,44%. O intervalo genômico do QTL mapeado no Pv01 abriga 196 genes que codificam proteínas com domínios comumente conhecidos de resposta a nematoides. Desses, três genes estão envolvidos no desenvolvimento da parede celular e no ciclo celular. Esses resultados contribuem para a compreensão do controle genético da resistência do feijoeiro comum a M. incognitae indicam genes candidatos que poderão ser validados em futuros programas de melhoramento assistido por marcadores. |
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Mapa de ligação e mapeamento de QTL para a resposta do feijoeiro-comum ao Meloidogyne incognitaLinkage map and QTL mapping for the common bean response to Meloidogyne incognitaMeloidogyne incognitaMeloidogyne incógnitaPhaseolus vulgarisPhaseolus vulgarisGenes de resistênciaLinkage mapMapa de ligaçãoMapeamento QTLQTL mappingResistance genesO feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris, 2n = 22) possui grande importância na alimentação mundial, sendo a principal fonte de nutrientes e aminoácidos para países em desenvolvimento. Entre os patógenos que acometem a cultura, o nematoide das galhas (Meloidogyne incognita) infecta as raízes do feijoeiro e causa danos significativos, afetando o desenvolvimento da planta e o rendimento de grãos. A busca por fontes de resistência ao nematoide das galhas é essencial tanto para o controle eficiente do patógeno, quanto para o entendimento dos mecanismos moleculares e genéticos envolvidos na resposta de defesa. O presente estudo investigou as regiões genômicas que controlam a resposta a M. incognita em uma população F2 biparental contrastante, derivada do cruzamento entre as cultivares de feijoeiro preto Puebla-152 (moderadamente resistente-MR) e Jamapa-CNF-1671 (suscetível-S) via mapeamento de QTL. A análise fenotípica de 192 indivíduos da população F2 foi realizada usando um protocolo de alto rendimento em uma câmara de crescimento. Os caracteres número de massas de ovos (NMO) e índice de galhas (IG) foram avaliados aos 30 dias após a infecção. Para o mapeamento de QTLs, os indivíduos foram genotipados via GBS (Genotyping by sequencing). O mapa de ligação consistiu em 717 marcadores SNPs distribuídos em 13 grupos de ligação, e comprimento total de 1.112,88 cM. Os mapeamentos de QTL por Intervalo (IM) e por intervalo composto (CIM) identificaram um QTL no cromossomo Pv01 para o caráter NMO, com LOD score de 6,76 e R2 de 11,44%. O intervalo genômico do QTL mapeado no Pv01 abriga 196 genes que codificam proteínas com domínios comumente conhecidos de resposta a nematoides. Desses, três genes estão envolvidos no desenvolvimento da parede celular e no ciclo celular. Esses resultados contribuem para a compreensão do controle genético da resistência do feijoeiro comum a M. incognitae indicam genes candidatos que poderão ser validados em futuros programas de melhoramento assistido por marcadores.The common bean (Phaseolus vulgaris, 2n = 22) is of great importance in global food security, as a primary source of nutrients and amino acids for developing countries. Among pathogens affecting this crop, the root-knot nematode (Meloidogyne incognita) infects the roots of the common bean plant and causes significant damage, impacting plant development and grain yield. The search for sources of resistance to root-knot nematodes is vital, for efficient pathogen control and understanding the molecular and genetic mechanisms involved in the defense response. This study investigates the genomic regions that control the response to M. incognita in a contrasting biparental F2 population, derived from a cross between the black bean cultivars Puebla-152 (moderately resistant-MR) and Jamapa-CNF-1671 (susceptible-S) using QTL mapping. The phenotypic analysis of 192 F2 individuals was carried out using a high-throughput protocol in a growth chamber. The traits number of egg masses (NEM) and gall index (GI) were assessed 30 days after infection. For QTL mapping, the individuals were genotyped using GBS (Genotyping by Sequencing). The linkage map consisted of 718 SNP markers distributed across 13 linkage groups, with a total length of 1,112.88 cm. Interval Mapping (IM) and Composite Interval Mapping (CIM) identified a QTL on chromosome Pv01 for the NEM trait, with an LOD score of 6.76 and an R2 of 11.44%. The genomic interval of the mapped QTL on Pv01 contains 196 genes that encode proteins with domains commonly associated with nematode response. Of these, three genes are involved in cell wall development and the cell cycle. These results contributed to our understanding of the genetic control of common bean resistance to M. incognita and highlight candidate genes to be evaluated in future marker-assisted breeding programs.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPVieira, Maria Lucia CarneiroMoreno, Bruna Marques2025-02-04info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-06052025-111838/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-05-07T12:57:02Zoai:teses.usp.br:tde-06052025-111838Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-05-07T12:57:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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O feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris, 2n = 22) possui grande importância na alimentação mundial, sendo a principal fonte de nutrientes e aminoácidos para países em desenvolvimento. Entre os patógenos que acometem a cultura, o nematoide das galhas (Meloidogyne incognita) infecta as raízes do feijoeiro e causa danos significativos, afetando o desenvolvimento da planta e o rendimento de grãos. A busca por fontes de resistência ao nematoide das galhas é essencial tanto para o controle eficiente do patógeno, quanto para o entendimento dos mecanismos moleculares e genéticos envolvidos na resposta de defesa. O presente estudo investigou as regiões genômicas que controlam a resposta a M. incognita em uma população F2 biparental contrastante, derivada do cruzamento entre as cultivares de feijoeiro preto Puebla-152 (moderadamente resistente-MR) e Jamapa-CNF-1671 (suscetível-S) via mapeamento de QTL. A análise fenotípica de 192 indivíduos da população F2 foi realizada usando um protocolo de alto rendimento em uma câmara de crescimento. Os caracteres número de massas de ovos (NMO) e índice de galhas (IG) foram avaliados aos 30 dias após a infecção. Para o mapeamento de QTLs, os indivíduos foram genotipados via GBS (Genotyping by sequencing). O mapa de ligação consistiu em 717 marcadores SNPs distribuídos em 13 grupos de ligação, e comprimento total de 1.112,88 cM. Os mapeamentos de QTL por Intervalo (IM) e por intervalo composto (CIM) identificaram um QTL no cromossomo Pv01 para o caráter NMO, com LOD score de 6,76 e R2 de 11,44%. O intervalo genômico do QTL mapeado no Pv01 abriga 196 genes que codificam proteínas com domínios comumente conhecidos de resposta a nematoides. Desses, três genes estão envolvidos no desenvolvimento da parede celular e no ciclo celular. Esses resultados contribuem para a compreensão do controle genético da resistência do feijoeiro comum a M. incognitae indicam genes candidatos que poderão ser validados em futuros programas de melhoramento assistido por marcadores. |
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