Identificação e análise de RNAs não codificantes longos (lncRNAs) expressos no epitélio olfatório de camundongos

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Firmino, Luiz Eduardo Rodrigues
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Expressão gênica; Gene expression; IncRNAs; lncRNAs; Neurônios olfatórios; Non-coding RNAs; Odorant receptors; Olfaction; Olfactory neurons; Olfato; Receptores olfatórios; RNAs não codificadores
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-11042025-112822/

Camundongos apresentam aproximadamente 1000 genes de receptores olfatórios (ORs). Cada neurônio olfatório expressa somente um alelo de um único gene a partir desse numeroso repertório de genes. Não se sabe ao certo o mecanismo através do qual os neurônios olfatórios (OSNs) alcançam esse padrão monogênico e monoalélico de expressão dos genes OR. Sabe-se que o núcleo dos OSNs apresenta uma organização peculiar e que esta se relaciona com a regulação da expressão dos genes OR. RNAs longos não codificantes (lncRNAs) podem estar envolvidos com essa organização nuclear dos OSNs, como já demonstrado em outros tipos celulares. Nesse trabalho, utilizou-se uma abordagem bioinformática para encontrar lncRNAs possivelmente envolvidos com a expressão dos genes OR. Para isso, analisou-se dados anteriormente publicados de lncRNAs, encontrados por machine learning, preferencialmente expressos em tecidos olfatórios. A partir desses 11.436 transcritos, identificou-se 665 lncRNAs que mapeiam a uma distância genômica de até 200 kb em relação a genes OR. O alinhamento desses lncRNAs com lncRNAs curados indicou que eles são similares a lncRNAs como XIST e KCNQ1OT1, que são reportados na literatura como repressores, e dissimilares a outros lncRNAs reportados como ativadores. Análises de RT-PCR indicaram que alguns desses lncRNAs são expressos somente no epitélio olfatório, e não em outros tecidos (rins e cérebro). Nesse trabalho também, padronizou-se um método de fracionamento subcelular de RNA para investigar a localização subcelular desses transcritos e encontrar transcritos preferencialmente expressos no núcleo de OSNs.