Avaliação do impacto da inclusão de informação genômica na estrutura dos grupos de pais desconhecidos em bovinos da raça Nelore

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Valderrama, Alisson Stefany Acero
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Avaliação genética; Beef cattle; BLUP; Bovinos de corte; Genetic evaluation; Single-step; SNP; UPG
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-01082022-134636/

A utilização de reprodutores múltiplos é o sistema de manejo mais comum na produção extensiva brasileira de bovinos de corte, onde vários touros são mantidos no piquete para se acasalar com vacas durante a estação de monta. No rebanho comercial do Brasil, o percentual de animais com incerteza de paternidade pode chegar a 40%. Nesse contexto, os grupos de pais desconhecidos (UPG) foram idealizados para solucionar problemas de falta de dados no pedigree no modelo animal. Nenhuma abordagem foi aceita de forma geral, pois cada um deles tem implicações diferentes. Portanto, o objetivo geral deste projeto consiste em avaliar a aplicação dos modelos de Melhor Predição Linear Não Viesada (Best Linear Unbiased Prediction - BLUP) e BLUP genômico de \"passo único\" (single-step Genomic Best Linear Unbiased Prediction - ssGBLUP), incluindo UPG e considerando ou não a informação genômica em avaliações genéticas de rebanhos comerciais de bovinos da raça Nelore. Incialmente, foram utilizados dados fenotípicos e genotípicos simulados para uma característica de baixa e moderada herdabilidade (0,10 e 0,35, respectivamente) por meio do programa QMSIM com 5 réplicas, testando os cenários de 30%, 50% e 70% de informação faltante do pai no pedigree. Os UPG foram definidos com informação de geração (UPGY, ssUGPY), e a combinação da geração e o sexo do animal (UPGS, ssUPGS). Eles foram adicionados somente na matriz de parentesco baseada nas informações de pedigree (A) ou na matriz de parentesco combinada (H). Na segunda abordagem, foram utilizados dados reais, pertencentes à Agro-Pecuária CFM que participa do programa de avaliação genética realizado pelo Grupo de Melhoramento Animal e Biotecnologia (GMAB) da Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos (FZEA/USP). No total, a informação fenotípica de 500.000 animais (253.000 machos e 247.000 fêmeas) e um pedigree contendo 642.000 animais foram processadas. No banco de dados foram encontrados 3.174 pais e 240.733 mães com 171.406 e 584.547 progênies, respectivamente. Um total de 243.907 indivíduos com progênie e 171.115 animais sem registros de pai e mãe e 344.564 animais com paternidade desconhecida, para as características de peso á desmama (PD), ganho de peso da desmama ao sobreano ajustado aos 550 dias de idade (GDPSOB), perímetro escrotal (PE), escore de musculosidade (MUSC) e peso aos 18 meses (PES18). A estrutura de análise para os dados reais foi similar à utilizada com os dados simulados, apenas trocando a geração simulada pelo ano de nascimento. Todas as rotinas de análises foram realizadas utilizando os programas da família BLUPF90. Os resultados encontrados sugerem que os modelos com UPG e informação genômica geraram GEBVs com maior acurácia, menos viesados e mais estáveis em comparação com a utilização dos UPG sem informação genômica. Ressalta-se que os UPG devem ser definidos e atribuídos com cuidado.