Exportação concluída — 

Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2021
Autor(a) principal: Véras, Franz Wagner Laurett
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-10052024-120022/
Resumo: Burkholderia sacchari, uma bactéria Gram-negativa não patogênica isolada do solo no Brasil, é capaz de utilizar carboidratos acumulando até 75% da biomassa seca de células como grânulos de poli-hidroxialcanoatos (PHA). PHA são poliésteres biodegradáveis e biocompatíveis, amplamente estudados por seu grande potencial para as indústrias farmacêutica e biotecnológica. Quando cultivada sob excesso de fonte de carbono, com limitação de um nutriente essencial (como fósforo ou nitrogênio), Burkholderia sacchari promove um acúmulo expressivo do homopolímero poli-3-hidroxibutirato (P(3HB) e, se fornecido propionato, acumula o copolímero poli-3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato [P(3HB-co-3HV)], que é mais maleável e com maiores aplicações. Apesar das vantagens deste material, o preço elevado do propionato como substrato e a baixa conversão para 3HV representam obstáculos à competitividade deste material no mercado. A baixa conversão natural em 3HV é atribuída à presença de pelo menos duas vias catabólicas de propionato: αoxidação e 2-metilcitrato (2MCC), que preferencialmente o convertem em biomassa, CO2 e H2O. Dentre estas duas vias, apenas a 2MCC foi descrita, enquanto a via de α-oxidação permanece indicada apenas por evidências fenotípicas. O mutante UV LFM177, deficiente no uso de propionato e intermediários da αoxidação para seu crescimento, foi utilizado para estudar os impactos desta via na produção de P(3HB-co-3HV). Foram realizados cultivos em frascos agitados, com xilose (∼15 g/L) e diferentes concentrações de propionato (0,12 a 1,75 g/L) fornecidas durante a fase de acúmulo de PHA. O maior valor do fator de conversão de propionato a 3HV (Y3HV/Prop) obtido foi de 0,49 g/g em LFM177, enquanto em LFM101 (controle) de 0,35 g/g, ambos sob concentrações mais baixas (próximas de 0,12 g/L). O mutante LFM177 foi avaliado sob condições controladas em biorreator, empregando diferentes estratégias de alimentação, possibilitando a obtenção de dados cinéticos, seja apenas com xilose (∼15 g/L) ou xilose (∼10 g/L) e propionato (0,03 a 2,7 g/L). Frente a maiores concentrações de propionato (1,7 e 2,7 g/L), o mutante LFM019 (afetado em 2MCC) foi utilizado como controle, mostrando efeitos inibitórios imediatos, enquanto no mutante LFM177 houve um ativo consumo, aumentando o teor 3HV (mol%) conforme mais propionato fosse suprido. A última etapa do presente trabalho teve foco em buscar evidências moleculares sobre esta via da α-oxidação. A partir de um banco de mutantes de B. sacchari afetados pela ferramenta pBAMD-1,2 (baseada em mini-Tn5), a qual se insere de forma aleatória no cromossomo bacteriano, era esperada a obtenção de clones com diversos fenótipos. Por meio de screening em meio mineral com uma única fonte de carbono (xilose, sacarose, glicose, propionato, acetato, lactato ou piruvato) foram encontrados mutantes fenotipicamente semelhantes a LFM177 quanto ao uso de propionato. Através desta estratégia, foi possível amplificar e sequenciar regiões adjacentes ao local de inserção de pBAMD-1,2, trazendo uma nova possibilidade de encontrar genes relacionados a putativa via da α-oxidação.
id USP_6f1416b6e427fcf333a8b6f4027c3fde
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-10052024-120022
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato.Study of Propionate Catabolism in Burkholderia sacchari prp mutants related to Poly(3-hydroxybutyrate-co-3- hydroxyvalerate) production using xylose and propionateα-oxidação de propionatoBurkholderia sacchariBurkholderia saccharicatabolismo de propionatopolihidroxialcanoatoPoly-3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato 3HB-co-3HVPoly-3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate3HB-co3HVpolyhydroxyalkanoatepropionate α-oxidationpropionate catabolismBurkholderia sacchari, uma bactéria Gram-negativa não patogênica isolada do solo no Brasil, é capaz de utilizar carboidratos acumulando até 75% da biomassa seca de células como grânulos de poli-hidroxialcanoatos (PHA). PHA são poliésteres biodegradáveis e biocompatíveis, amplamente estudados por seu grande potencial para as indústrias farmacêutica e biotecnológica. Quando cultivada sob excesso de fonte de carbono, com limitação de um nutriente essencial (como fósforo ou nitrogênio), Burkholderia sacchari promove um acúmulo expressivo do homopolímero poli-3-hidroxibutirato (P(3HB) e, se fornecido propionato, acumula o copolímero poli-3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato [P(3HB-co-3HV)], que é mais maleável e com maiores aplicações. Apesar das vantagens deste material, o preço elevado do propionato como substrato e a baixa conversão para 3HV representam obstáculos à competitividade deste material no mercado. A baixa conversão natural em 3HV é atribuída à presença de pelo menos duas vias catabólicas de propionato: αoxidação e 2-metilcitrato (2MCC), que preferencialmente o convertem em biomassa, CO2 e H2O. Dentre estas duas vias, apenas a 2MCC foi descrita, enquanto a via de α-oxidação permanece indicada apenas por evidências fenotípicas. O mutante UV LFM177, deficiente no uso de propionato e intermediários da αoxidação para seu crescimento, foi utilizado para estudar os impactos desta via na produção de P(3HB-co-3HV). Foram realizados cultivos em frascos agitados, com xilose (∼15 g/L) e diferentes concentrações de propionato (0,12 a 1,75 g/L) fornecidas durante a fase de acúmulo de PHA. O maior valor do fator de conversão de propionato a 3HV (Y3HV/Prop) obtido foi de 0,49 g/g em LFM177, enquanto em LFM101 (controle) de 0,35 g/g, ambos sob concentrações mais baixas (próximas de 0,12 g/L). O mutante LFM177 foi avaliado sob condições controladas em biorreator, empregando diferentes estratégias de alimentação, possibilitando a obtenção de dados cinéticos, seja apenas com xilose (∼15 g/L) ou xilose (∼10 g/L) e propionato (0,03 a 2,7 g/L). Frente a maiores concentrações de propionato (1,7 e 2,7 g/L), o mutante LFM019 (afetado em 2MCC) foi utilizado como controle, mostrando efeitos inibitórios imediatos, enquanto no mutante LFM177 houve um ativo consumo, aumentando o teor 3HV (mol%) conforme mais propionato fosse suprido. A última etapa do presente trabalho teve foco em buscar evidências moleculares sobre esta via da α-oxidação. A partir de um banco de mutantes de B. sacchari afetados pela ferramenta pBAMD-1,2 (baseada em mini-Tn5), a qual se insere de forma aleatória no cromossomo bacteriano, era esperada a obtenção de clones com diversos fenótipos. Por meio de screening em meio mineral com uma única fonte de carbono (xilose, sacarose, glicose, propionato, acetato, lactato ou piruvato) foram encontrados mutantes fenotipicamente semelhantes a LFM177 quanto ao uso de propionato. Através desta estratégia, foi possível amplificar e sequenciar regiões adjacentes ao local de inserção de pBAMD-1,2, trazendo uma nova possibilidade de encontrar genes relacionados a putativa via da α-oxidação.Burkholderia sacchari, a non-pathogenic Gram-negative bacterium isolated from sugarcane soil in Brazil, able to use carbohydrates and accumulate up to 75% of dry cell biomass as polyhydroxyalkanoate (PHA) granules. PHA are biodegradable and biocompatible polyesters, widely studied for their great potential for the pharmaceutical and biotechnology industries. When cultivated under excess of carbon source, with limitation of an essential nutrient (such as phosphorus or nitrogen), B. sacchari promotes an expressive accumulation of the homopolymer poly-3-hydroxybutyrate [P(3HB)] and, if provided with propionate, accumulates the copolymer poly-3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate [P(3HB-co-3HV)], which is more malleable and with wider applications. Despite the advantages of this material, the high cost of propionate as a substrate and the low conversion to 3HV represent obstacles to the competitiveness of this material in the market. The low natural conversion to 3HV is attributed to the presence of at least two propionate catabolic pathways: α-oxidation and 2-methylcitrate (2MCC), which preferentially convert it into biomass, CO2, and H2O. Among these two pathways, only the 2MCC has been described, while the α-oxidation pathway remains indicated only by phenotypic evidence. B. sacchari LFM177 UV mutant, deficient in the use of propionate and α-oxidation intermediates for its growth, was used to study the impacts of this pathway on the production of P(3HB-co-3HV). Cultures were carried out in shaken flasks, with xylose (∼15 g/L) and different propionate concentrations (0.12 to 1.75 g/L) provided during the PHA accumulation phase. The highest yield value (Y3HV/Prop) obtained was 0.49 g/g in LFM177, while in LFM101 (control) 0.35 g/g, both at lower concentrations (close to 0.12 g/L). LFM177 mutant was evaluated under controlled conditions in a bioreactor, employing different feeding strategies, allowing the collection of kinetic data, either with xylose (∼15 g/L) or xylose (∼10 g/L) and propionate (0.03 to 2.7 g/L). Under higher propionate concentrations (1.7 and 2.7 g/L), LFM019 mutant (affected in 2MCC) was used as a control, showing immediate inhibitory effects, while in LFM177, there was active consumption, increasing the 3HV content (mol%) as more propionate was supplied. The last step of this work focused on seeking molecular evidence on this αoxidation pathway. From a bank of B. sacchari mutants affected by the pBAMD-1.2 tool (based on mini-Tn5), which inserts randomly into the bacterial chromosome, clones with different phenotypes were expected. Through screening step in a mineral medium with a single carbon source (xylose, sucrose, glucose, propionate, acetate, lactate, or pyruvate), mutants phenotypically similar to LFM177 regarding the use of propionate were found. Through this strategy, it was possible to amplify and sequence regions adjacent to the pBAMD-1,2 insertion site, bringing a new possibility to find genes related to the putative α-oxidation pathway.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPSilva, Luiziana Ferreira daVéras, Franz Wagner Laurett2021-09-30info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-10052024-120022/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPReter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-10-02T20:15:02Zoai:teses.usp.br:tde-10052024-120022Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-10-02T20:15:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato.
Study of Propionate Catabolism in Burkholderia sacchari prp mutants related to Poly(3-hydroxybutyrate-co-3- hydroxyvalerate) production using xylose and propionate
title Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato.
spellingShingle Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato.
Véras, Franz Wagner Laurett
α-oxidação de propionato
Burkholderia sacchari
Burkholderia sacchari
catabolismo de propionato
polihidroxialcanoato
Poly-3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato 3HB-co-3HV
Poly-3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate3HB-co3HV
polyhydroxyalkanoate
propionate α-oxidation
propionate catabolism
title_short Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato.
title_full Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato.
title_fullStr Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato.
title_full_unstemmed Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato.
title_sort Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato.
author Véras, Franz Wagner Laurett
author_facet Véras, Franz Wagner Laurett
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Silva, Luiziana Ferreira da
dc.contributor.author.fl_str_mv Véras, Franz Wagner Laurett
dc.subject.por.fl_str_mv α-oxidação de propionato
Burkholderia sacchari
Burkholderia sacchari
catabolismo de propionato
polihidroxialcanoato
Poly-3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato 3HB-co-3HV
Poly-3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate3HB-co3HV
polyhydroxyalkanoate
propionate α-oxidation
propionate catabolism
topic α-oxidação de propionato
Burkholderia sacchari
Burkholderia sacchari
catabolismo de propionato
polihidroxialcanoato
Poly-3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato 3HB-co-3HV
Poly-3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate3HB-co3HV
polyhydroxyalkanoate
propionate α-oxidation
propionate catabolism
description Burkholderia sacchari, uma bactéria Gram-negativa não patogênica isolada do solo no Brasil, é capaz de utilizar carboidratos acumulando até 75% da biomassa seca de células como grânulos de poli-hidroxialcanoatos (PHA). PHA são poliésteres biodegradáveis e biocompatíveis, amplamente estudados por seu grande potencial para as indústrias farmacêutica e biotecnológica. Quando cultivada sob excesso de fonte de carbono, com limitação de um nutriente essencial (como fósforo ou nitrogênio), Burkholderia sacchari promove um acúmulo expressivo do homopolímero poli-3-hidroxibutirato (P(3HB) e, se fornecido propionato, acumula o copolímero poli-3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato [P(3HB-co-3HV)], que é mais maleável e com maiores aplicações. Apesar das vantagens deste material, o preço elevado do propionato como substrato e a baixa conversão para 3HV representam obstáculos à competitividade deste material no mercado. A baixa conversão natural em 3HV é atribuída à presença de pelo menos duas vias catabólicas de propionato: αoxidação e 2-metilcitrato (2MCC), que preferencialmente o convertem em biomassa, CO2 e H2O. Dentre estas duas vias, apenas a 2MCC foi descrita, enquanto a via de α-oxidação permanece indicada apenas por evidências fenotípicas. O mutante UV LFM177, deficiente no uso de propionato e intermediários da αoxidação para seu crescimento, foi utilizado para estudar os impactos desta via na produção de P(3HB-co-3HV). Foram realizados cultivos em frascos agitados, com xilose (∼15 g/L) e diferentes concentrações de propionato (0,12 a 1,75 g/L) fornecidas durante a fase de acúmulo de PHA. O maior valor do fator de conversão de propionato a 3HV (Y3HV/Prop) obtido foi de 0,49 g/g em LFM177, enquanto em LFM101 (controle) de 0,35 g/g, ambos sob concentrações mais baixas (próximas de 0,12 g/L). O mutante LFM177 foi avaliado sob condições controladas em biorreator, empregando diferentes estratégias de alimentação, possibilitando a obtenção de dados cinéticos, seja apenas com xilose (∼15 g/L) ou xilose (∼10 g/L) e propionato (0,03 a 2,7 g/L). Frente a maiores concentrações de propionato (1,7 e 2,7 g/L), o mutante LFM019 (afetado em 2MCC) foi utilizado como controle, mostrando efeitos inibitórios imediatos, enquanto no mutante LFM177 houve um ativo consumo, aumentando o teor 3HV (mol%) conforme mais propionato fosse suprido. A última etapa do presente trabalho teve foco em buscar evidências moleculares sobre esta via da α-oxidação. A partir de um banco de mutantes de B. sacchari afetados pela ferramenta pBAMD-1,2 (baseada em mini-Tn5), a qual se insere de forma aleatória no cromossomo bacteriano, era esperada a obtenção de clones com diversos fenótipos. Por meio de screening em meio mineral com uma única fonte de carbono (xilose, sacarose, glicose, propionato, acetato, lactato ou piruvato) foram encontrados mutantes fenotipicamente semelhantes a LFM177 quanto ao uso de propionato. Através desta estratégia, foi possível amplificar e sequenciar regiões adjacentes ao local de inserção de pBAMD-1,2, trazendo uma nova possibilidade de encontrar genes relacionados a putativa via da α-oxidação.
publishDate 2021
dc.date.none.fl_str_mv 2021-09-30
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-10052024-120022/
url https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-10052024-120022/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Reter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Reter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1865492350229282816