Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato.
| Ano de defesa: | 2021 |
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| Tipo de documento: | Dissertação |
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Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-10052024-120022/ |
Resumo: | Burkholderia sacchari, uma bactéria Gram-negativa não patogênica isolada do solo no Brasil, é capaz de utilizar carboidratos acumulando até 75% da biomassa seca de células como grânulos de poli-hidroxialcanoatos (PHA). PHA são poliésteres biodegradáveis e biocompatíveis, amplamente estudados por seu grande potencial para as indústrias farmacêutica e biotecnológica. Quando cultivada sob excesso de fonte de carbono, com limitação de um nutriente essencial (como fósforo ou nitrogênio), Burkholderia sacchari promove um acúmulo expressivo do homopolímero poli-3-hidroxibutirato (P(3HB) e, se fornecido propionato, acumula o copolímero poli-3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato [P(3HB-co-3HV)], que é mais maleável e com maiores aplicações. Apesar das vantagens deste material, o preço elevado do propionato como substrato e a baixa conversão para 3HV representam obstáculos à competitividade deste material no mercado. A baixa conversão natural em 3HV é atribuída à presença de pelo menos duas vias catabólicas de propionato: αoxidação e 2-metilcitrato (2MCC), que preferencialmente o convertem em biomassa, CO2 e H2O. Dentre estas duas vias, apenas a 2MCC foi descrita, enquanto a via de α-oxidação permanece indicada apenas por evidências fenotípicas. O mutante UV LFM177, deficiente no uso de propionato e intermediários da αoxidação para seu crescimento, foi utilizado para estudar os impactos desta via na produção de P(3HB-co-3HV). Foram realizados cultivos em frascos agitados, com xilose (∼15 g/L) e diferentes concentrações de propionato (0,12 a 1,75 g/L) fornecidas durante a fase de acúmulo de PHA. O maior valor do fator de conversão de propionato a 3HV (Y3HV/Prop) obtido foi de 0,49 g/g em LFM177, enquanto em LFM101 (controle) de 0,35 g/g, ambos sob concentrações mais baixas (próximas de 0,12 g/L). O mutante LFM177 foi avaliado sob condições controladas em biorreator, empregando diferentes estratégias de alimentação, possibilitando a obtenção de dados cinéticos, seja apenas com xilose (∼15 g/L) ou xilose (∼10 g/L) e propionato (0,03 a 2,7 g/L). Frente a maiores concentrações de propionato (1,7 e 2,7 g/L), o mutante LFM019 (afetado em 2MCC) foi utilizado como controle, mostrando efeitos inibitórios imediatos, enquanto no mutante LFM177 houve um ativo consumo, aumentando o teor 3HV (mol%) conforme mais propionato fosse suprido. A última etapa do presente trabalho teve foco em buscar evidências moleculares sobre esta via da α-oxidação. A partir de um banco de mutantes de B. sacchari afetados pela ferramenta pBAMD-1,2 (baseada em mini-Tn5), a qual se insere de forma aleatória no cromossomo bacteriano, era esperada a obtenção de clones com diversos fenótipos. Por meio de screening em meio mineral com uma única fonte de carbono (xilose, sacarose, glicose, propionato, acetato, lactato ou piruvato) foram encontrados mutantes fenotipicamente semelhantes a LFM177 quanto ao uso de propionato. Através desta estratégia, foi possível amplificar e sequenciar regiões adjacentes ao local de inserção de pBAMD-1,2, trazendo uma nova possibilidade de encontrar genes relacionados a putativa via da α-oxidação. |
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Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato.Study of Propionate Catabolism in Burkholderia sacchari prp mutants related to Poly(3-hydroxybutyrate-co-3- hydroxyvalerate) production using xylose and propionateα-oxidação de propionatoBurkholderia sacchariBurkholderia saccharicatabolismo de propionatopolihidroxialcanoatoPoly-3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato 3HB-co-3HVPoly-3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate3HB-co3HVpolyhydroxyalkanoatepropionate α-oxidationpropionate catabolismBurkholderia sacchari, uma bactéria Gram-negativa não patogênica isolada do solo no Brasil, é capaz de utilizar carboidratos acumulando até 75% da biomassa seca de células como grânulos de poli-hidroxialcanoatos (PHA). PHA são poliésteres biodegradáveis e biocompatíveis, amplamente estudados por seu grande potencial para as indústrias farmacêutica e biotecnológica. Quando cultivada sob excesso de fonte de carbono, com limitação de um nutriente essencial (como fósforo ou nitrogênio), Burkholderia sacchari promove um acúmulo expressivo do homopolímero poli-3-hidroxibutirato (P(3HB) e, se fornecido propionato, acumula o copolímero poli-3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato [P(3HB-co-3HV)], que é mais maleável e com maiores aplicações. Apesar das vantagens deste material, o preço elevado do propionato como substrato e a baixa conversão para 3HV representam obstáculos à competitividade deste material no mercado. A baixa conversão natural em 3HV é atribuída à presença de pelo menos duas vias catabólicas de propionato: αoxidação e 2-metilcitrato (2MCC), que preferencialmente o convertem em biomassa, CO2 e H2O. Dentre estas duas vias, apenas a 2MCC foi descrita, enquanto a via de α-oxidação permanece indicada apenas por evidências fenotípicas. O mutante UV LFM177, deficiente no uso de propionato e intermediários da αoxidação para seu crescimento, foi utilizado para estudar os impactos desta via na produção de P(3HB-co-3HV). Foram realizados cultivos em frascos agitados, com xilose (∼15 g/L) e diferentes concentrações de propionato (0,12 a 1,75 g/L) fornecidas durante a fase de acúmulo de PHA. O maior valor do fator de conversão de propionato a 3HV (Y3HV/Prop) obtido foi de 0,49 g/g em LFM177, enquanto em LFM101 (controle) de 0,35 g/g, ambos sob concentrações mais baixas (próximas de 0,12 g/L). O mutante LFM177 foi avaliado sob condições controladas em biorreator, empregando diferentes estratégias de alimentação, possibilitando a obtenção de dados cinéticos, seja apenas com xilose (∼15 g/L) ou xilose (∼10 g/L) e propionato (0,03 a 2,7 g/L). Frente a maiores concentrações de propionato (1,7 e 2,7 g/L), o mutante LFM019 (afetado em 2MCC) foi utilizado como controle, mostrando efeitos inibitórios imediatos, enquanto no mutante LFM177 houve um ativo consumo, aumentando o teor 3HV (mol%) conforme mais propionato fosse suprido. A última etapa do presente trabalho teve foco em buscar evidências moleculares sobre esta via da α-oxidação. A partir de um banco de mutantes de B. sacchari afetados pela ferramenta pBAMD-1,2 (baseada em mini-Tn5), a qual se insere de forma aleatória no cromossomo bacteriano, era esperada a obtenção de clones com diversos fenótipos. Por meio de screening em meio mineral com uma única fonte de carbono (xilose, sacarose, glicose, propionato, acetato, lactato ou piruvato) foram encontrados mutantes fenotipicamente semelhantes a LFM177 quanto ao uso de propionato. Através desta estratégia, foi possível amplificar e sequenciar regiões adjacentes ao local de inserção de pBAMD-1,2, trazendo uma nova possibilidade de encontrar genes relacionados a putativa via da α-oxidação.Burkholderia sacchari, a non-pathogenic Gram-negative bacterium isolated from sugarcane soil in Brazil, able to use carbohydrates and accumulate up to 75% of dry cell biomass as polyhydroxyalkanoate (PHA) granules. PHA are biodegradable and biocompatible polyesters, widely studied for their great potential for the pharmaceutical and biotechnology industries. When cultivated under excess of carbon source, with limitation of an essential nutrient (such as phosphorus or nitrogen), B. sacchari promotes an expressive accumulation of the homopolymer poly-3-hydroxybutyrate [P(3HB)] and, if provided with propionate, accumulates the copolymer poly-3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate [P(3HB-co-3HV)], which is more malleable and with wider applications. Despite the advantages of this material, the high cost of propionate as a substrate and the low conversion to 3HV represent obstacles to the competitiveness of this material in the market. The low natural conversion to 3HV is attributed to the presence of at least two propionate catabolic pathways: α-oxidation and 2-methylcitrate (2MCC), which preferentially convert it into biomass, CO2, and H2O. Among these two pathways, only the 2MCC has been described, while the α-oxidation pathway remains indicated only by phenotypic evidence. B. sacchari LFM177 UV mutant, deficient in the use of propionate and α-oxidation intermediates for its growth, was used to study the impacts of this pathway on the production of P(3HB-co-3HV). Cultures were carried out in shaken flasks, with xylose (∼15 g/L) and different propionate concentrations (0.12 to 1.75 g/L) provided during the PHA accumulation phase. The highest yield value (Y3HV/Prop) obtained was 0.49 g/g in LFM177, while in LFM101 (control) 0.35 g/g, both at lower concentrations (close to 0.12 g/L). LFM177 mutant was evaluated under controlled conditions in a bioreactor, employing different feeding strategies, allowing the collection of kinetic data, either with xylose (∼15 g/L) or xylose (∼10 g/L) and propionate (0.03 to 2.7 g/L). Under higher propionate concentrations (1.7 and 2.7 g/L), LFM019 mutant (affected in 2MCC) was used as a control, showing immediate inhibitory effects, while in LFM177, there was active consumption, increasing the 3HV content (mol%) as more propionate was supplied. The last step of this work focused on seeking molecular evidence on this αoxidation pathway. From a bank of B. sacchari mutants affected by the pBAMD-1.2 tool (based on mini-Tn5), which inserts randomly into the bacterial chromosome, clones with different phenotypes were expected. Through screening step in a mineral medium with a single carbon source (xylose, sucrose, glucose, propionate, acetate, lactate, or pyruvate), mutants phenotypically similar to LFM177 regarding the use of propionate were found. Through this strategy, it was possible to amplify and sequence regions adjacent to the pBAMD-1,2 insertion site, bringing a new possibility to find genes related to the putative α-oxidation pathway.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPSilva, Luiziana Ferreira daVéras, Franz Wagner Laurett2021-09-30info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-10052024-120022/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPReter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-10-02T20:15:02Zoai:teses.usp.br:tde-10052024-120022Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-10-02T20:15:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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Estudo do catabolismo de propionato em mutantes prp de Burkholderia sacchari relacionado à produção de Poli(3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato) usando xilose e propionato. Véras, Franz Wagner Laurett α-oxidação de propionato Burkholderia sacchari Burkholderia sacchari catabolismo de propionato polihidroxialcanoato Poly-3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato 3HB-co-3HV Poly-3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate3HB-co3HV polyhydroxyalkanoate propionate α-oxidation propionate catabolism |
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Burkholderia sacchari, uma bactéria Gram-negativa não patogênica isolada do solo no Brasil, é capaz de utilizar carboidratos acumulando até 75% da biomassa seca de células como grânulos de poli-hidroxialcanoatos (PHA). PHA são poliésteres biodegradáveis e biocompatíveis, amplamente estudados por seu grande potencial para as indústrias farmacêutica e biotecnológica. Quando cultivada sob excesso de fonte de carbono, com limitação de um nutriente essencial (como fósforo ou nitrogênio), Burkholderia sacchari promove um acúmulo expressivo do homopolímero poli-3-hidroxibutirato (P(3HB) e, se fornecido propionato, acumula o copolímero poli-3-hidroxibutirato-co-3-hidroxivalerato [P(3HB-co-3HV)], que é mais maleável e com maiores aplicações. Apesar das vantagens deste material, o preço elevado do propionato como substrato e a baixa conversão para 3HV representam obstáculos à competitividade deste material no mercado. A baixa conversão natural em 3HV é atribuída à presença de pelo menos duas vias catabólicas de propionato: αoxidação e 2-metilcitrato (2MCC), que preferencialmente o convertem em biomassa, CO2 e H2O. Dentre estas duas vias, apenas a 2MCC foi descrita, enquanto a via de α-oxidação permanece indicada apenas por evidências fenotípicas. O mutante UV LFM177, deficiente no uso de propionato e intermediários da αoxidação para seu crescimento, foi utilizado para estudar os impactos desta via na produção de P(3HB-co-3HV). Foram realizados cultivos em frascos agitados, com xilose (∼15 g/L) e diferentes concentrações de propionato (0,12 a 1,75 g/L) fornecidas durante a fase de acúmulo de PHA. O maior valor do fator de conversão de propionato a 3HV (Y3HV/Prop) obtido foi de 0,49 g/g em LFM177, enquanto em LFM101 (controle) de 0,35 g/g, ambos sob concentrações mais baixas (próximas de 0,12 g/L). O mutante LFM177 foi avaliado sob condições controladas em biorreator, empregando diferentes estratégias de alimentação, possibilitando a obtenção de dados cinéticos, seja apenas com xilose (∼15 g/L) ou xilose (∼10 g/L) e propionato (0,03 a 2,7 g/L). Frente a maiores concentrações de propionato (1,7 e 2,7 g/L), o mutante LFM019 (afetado em 2MCC) foi utilizado como controle, mostrando efeitos inibitórios imediatos, enquanto no mutante LFM177 houve um ativo consumo, aumentando o teor 3HV (mol%) conforme mais propionato fosse suprido. A última etapa do presente trabalho teve foco em buscar evidências moleculares sobre esta via da α-oxidação. A partir de um banco de mutantes de B. sacchari afetados pela ferramenta pBAMD-1,2 (baseada em mini-Tn5), a qual se insere de forma aleatória no cromossomo bacteriano, era esperada a obtenção de clones com diversos fenótipos. Por meio de screening em meio mineral com uma única fonte de carbono (xilose, sacarose, glicose, propionato, acetato, lactato ou piruvato) foram encontrados mutantes fenotipicamente semelhantes a LFM177 quanto ao uso de propionato. Através desta estratégia, foi possível amplificar e sequenciar regiões adjacentes ao local de inserção de pBAMD-1,2, trazendo uma nova possibilidade de encontrar genes relacionados a putativa via da α-oxidação. |
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