Descoberta de potenciais biomarcadores da doença de Chagas em urina utilizando técnicas de espectrometria de massas.
| Ano de defesa: | 2023 |
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Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-30032026-160811/ |
Resumo: | A tripanossomíase americana, também conhecida como doença de Chagas (DC), continua sendo um importante problema de saúde pública na América Latina. A doença de Chagas é causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi (T. cruzi), e se apresenta em duas fases clínicas: aguda e crônica. A fase aguda é caracterizada por sintomas como febre, dor de cabeça e aumento do fígado, baço e gânglios linfáticos. Esses sintomas são frequentemente confundidos com outras doenças. Da fase aguda, 70-80% são assintomáticos (fase indeterminada), enquanto 20-30% desenvolvem sintomas durante a fase crônica da doença, que afetam o coração e o aparelho digestivo (megaesôfago e megacólon). As ferramentas diagnósticas disponíveis hoje para a fase aguda são baseadas principalmente em métodos parasitológicos. No entanto, devido aos sintomas inespecíficos, vários casos não são diagnosticados. Na fase crônica, os níveis do parasita circulante são baixos, e métodos sorológicos e moleculares têm sido propostos. Em países endêmicos, uma combinação de dois métodos sorológicos foi sugerida pela Organização Pan-Americana da Saúde para obter um diagnóstico conclusivo de DC. No entanto, ainda existem limitações na especificidade, sensibilidade e precisão. Devido a isso, novos marcadores são necessários para melhorar o diagnóstico atual da DC. Esta tese apresenta uma abordagem proteômica baseada em espectrometria de massa para identificar biomarcadores urinários de DC. Em particular, esta tese está dividida em dois capítulos principais: 1) a análise do proteoma da urina coletada de camundongos infectados com Trypanosoma cruzi durante as fases aguda, aguda tardia e crônica e 2) a análise do glicoproteoma da urina coletada de camundongos infectados com T. cruzi durante a fase aguda e aguda tardia. Cada capítulo é dividido em desenvolvimento e otimização do método seguido de aplicação na infecção por T. cruzi. O Capítulo I apresenta uma plataforma translacional para coletar urina de camundongos infectados e estudar o proteoma urinário. Este método foi aplicado para quantificar a abundância de proteínas urinárias de camundongos durante a infecção por T. cruzi nas fases aguda, aguda tardia e crônica. Nas fases aguda e tardia da infecção, ocorrem alterações nas proteínas do hospedeiro relacionadas à resposta inflamatória e do sistema imunológico e alterações na matriz extracelular dependente de colágeno. A ligação ao receptor, a atividade inibidora do receptor de acetilcolina e a atividade da endoprotease foram enriquecidas nas proteínas urinárias diferencialmente abundantes detectadas nas fases aguda e aguda tardia. Vários processos enriquecidos foram semelhantes na fase crônica, exceto para a ligação do receptor de partículas de HDL e ligação de esteroides/esterol. Outro resultado desse projeto foi a identificação de proteínas do T. cruzi secretadas na urina de camundongos infectados, como a proteína não caracterizada Q4E543, que passou na validação manual e poderá ser mais estudada como um potencial biomarcador. O Capítulo II apresenta a aplicação do método desenvolvido no Capítulo I e estende-o à análise do glicoproteoma urinário, olhando especificamente para os peptídeos De-N-glicosilados e N-glicopeptídeos intactos. Foram utilizados dois métodos de enriquecimento de glicopeptídeos, os métodos HILIC e TiO2. As glicoproteínas pertencentes aos componentes da matriz extracelular e de ligação aos glicosaminoglicanos foram enriquecidas conforme regulado na urina de camundongos infectados. Além disso, processos relacionados ao trato urinário, como o processo de filtração glomerular, foram identificados na análise de N-glicopeptídeos intactos, demonstrando a desregulação do rim . As tirosina quinases também foram identificadas na análise de N-glicopeptídeos intactos, destacando um importante papel dessas moléculas sinalizadoras durante a infecção por T. cruzi. Resultados anteriores mostraram que as tirosina quinases estão envolvidas no aumento da eficiência da invasão de células neuronais pelo T. cruzi. Outro achado interessante foi a identificação de duas glicoproteínas, proteína de adesão celular vascular 1 (Vcam-1) e Alfa-1-Microglobulina/Precursor da Bicunina (Ambp), respectivamente. Em particular, o Vcam-1 tem sido associado à infecção por T. cruzi na fase crônica, e o Ambp/bicunina está relacionado a processos inflamatórios associados a doenças renais e vasculares. Essas glicoproteínas foram identificadas nos conjuntos de dados de peptídeos De-N-glicosilados e N-glicopeptídeos intactos. Os resultados obtidos nesta tese ajudam a identificar processos biológicos alterados durante a infecção por T. cruzi e possíveis (glico)biomarcadores urinários da doença de Chagas. |
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Descoberta de potenciais biomarcadores da doença de Chagas em urina utilizando técnicas de espectrometria de massas.Discovery of Potential Chagas Disease Biomarkers in Urine Using Mass Spectrometry Techniques.Espectrometria de massas; Proteômica; Glicoproteômica; Urina; Trypanosoma cruziMass spectrometry; Proteomics; Glycoproteomics; Urine; Trypanosoma cruziA tripanossomíase americana, também conhecida como doença de Chagas (DC), continua sendo um importante problema de saúde pública na América Latina. A doença de Chagas é causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi (T. cruzi), e se apresenta em duas fases clínicas: aguda e crônica. A fase aguda é caracterizada por sintomas como febre, dor de cabeça e aumento do fígado, baço e gânglios linfáticos. Esses sintomas são frequentemente confundidos com outras doenças. Da fase aguda, 70-80% são assintomáticos (fase indeterminada), enquanto 20-30% desenvolvem sintomas durante a fase crônica da doença, que afetam o coração e o aparelho digestivo (megaesôfago e megacólon). As ferramentas diagnósticas disponíveis hoje para a fase aguda são baseadas principalmente em métodos parasitológicos. No entanto, devido aos sintomas inespecíficos, vários casos não são diagnosticados. Na fase crônica, os níveis do parasita circulante são baixos, e métodos sorológicos e moleculares têm sido propostos. Em países endêmicos, uma combinação de dois métodos sorológicos foi sugerida pela Organização Pan-Americana da Saúde para obter um diagnóstico conclusivo de DC. No entanto, ainda existem limitações na especificidade, sensibilidade e precisão. Devido a isso, novos marcadores são necessários para melhorar o diagnóstico atual da DC. Esta tese apresenta uma abordagem proteômica baseada em espectrometria de massa para identificar biomarcadores urinários de DC. Em particular, esta tese está dividida em dois capítulos principais: 1) a análise do proteoma da urina coletada de camundongos infectados com Trypanosoma cruzi durante as fases aguda, aguda tardia e crônica e 2) a análise do glicoproteoma da urina coletada de camundongos infectados com T. cruzi durante a fase aguda e aguda tardia. Cada capítulo é dividido em desenvolvimento e otimização do método seguido de aplicação na infecção por T. cruzi. O Capítulo I apresenta uma plataforma translacional para coletar urina de camundongos infectados e estudar o proteoma urinário. Este método foi aplicado para quantificar a abundância de proteínas urinárias de camundongos durante a infecção por T. cruzi nas fases aguda, aguda tardia e crônica. Nas fases aguda e tardia da infecção, ocorrem alterações nas proteínas do hospedeiro relacionadas à resposta inflamatória e do sistema imunológico e alterações na matriz extracelular dependente de colágeno. A ligação ao receptor, a atividade inibidora do receptor de acetilcolina e a atividade da endoprotease foram enriquecidas nas proteínas urinárias diferencialmente abundantes detectadas nas fases aguda e aguda tardia. Vários processos enriquecidos foram semelhantes na fase crônica, exceto para a ligação do receptor de partículas de HDL e ligação de esteroides/esterol. Outro resultado desse projeto foi a identificação de proteínas do T. cruzi secretadas na urina de camundongos infectados, como a proteína não caracterizada Q4E543, que passou na validação manual e poderá ser mais estudada como um potencial biomarcador. O Capítulo II apresenta a aplicação do método desenvolvido no Capítulo I e estende-o à análise do glicoproteoma urinário, olhando especificamente para os peptídeos De-N-glicosilados e N-glicopeptídeos intactos. Foram utilizados dois métodos de enriquecimento de glicopeptídeos, os métodos HILIC e TiO2. As glicoproteínas pertencentes aos componentes da matriz extracelular e de ligação aos glicosaminoglicanos foram enriquecidas conforme regulado na urina de camundongos infectados. Além disso, processos relacionados ao trato urinário, como o processo de filtração glomerular, foram identificados na análise de N-glicopeptídeos intactos, demonstrando a desregulação do rim . As tirosina quinases também foram identificadas na análise de N-glicopeptídeos intactos, destacando um importante papel dessas moléculas sinalizadoras durante a infecção por T. cruzi. Resultados anteriores mostraram que as tirosina quinases estão envolvidas no aumento da eficiência da invasão de células neuronais pelo T. cruzi. Outro achado interessante foi a identificação de duas glicoproteínas, proteína de adesão celular vascular 1 (Vcam-1) e Alfa-1-Microglobulina/Precursor da Bicunina (Ambp), respectivamente. Em particular, o Vcam-1 tem sido associado à infecção por T. cruzi na fase crônica, e o Ambp/bicunina está relacionado a processos inflamatórios associados a doenças renais e vasculares. Essas glicoproteínas foram identificadas nos conjuntos de dados de peptídeos De-N-glicosilados e N-glicopeptídeos intactos. Os resultados obtidos nesta tese ajudam a identificar processos biológicos alterados durante a infecção por T. cruzi e possíveis (glico)biomarcadores urinários da doença de Chagas.American trypanosomiasis, also known as Chagas disease (CD), remains a major public health problem in Latin America. Chagas disease is caused by the protozoan Trypanosoma cruzi (T. cruzi), and presents in two clinical phases: acute and chronic. The acute phase is characterized by the symptoms such as fever, headache, and enlargement of the liver, spleen, and lymph nodes. These symptoms are often confused with other diseases. From the acute phase, 70-80% are asymptomatic (indeterminate phase), while 20-30% develop symptoms during the chronic phase of the disease, that affect the heart and digestive system (megaesophagus and megacolon). The diagnostic tools available today for the acute phase are mainly based on parasitological methods. However, due to the non specific symptoms, several cases are not diagnosed. In the chronic phase, circulating parasite levels are low, and serological and molecular methods have been proposed. In endemic countries a combination of two serological methods has been suggested by the Pan American Health Organization to have a conclusive CD diagnosis. However, there are still limitation in specificit, sensitivity and accuracy. Due to that, novel markers are needed to improve current CD diagnosis. This thesis presents a mass spectrometry-based proteomic approach to identify urinary biomarkers of CD. In particular, this thesis is divided into two main chapters: 1) the proteome analysis of urine collected from mice infected with Trypanosoma cruzi during the acute, acute later and chronic phases and 2) the glycoproteome analysis of urine collected from mice infected with T. cruzi during the acute and acute later phase. Each chapter is divided into method development and optimization followed by application in T. cruzi infection. Chapter I presents a translational platform to collect urine from infected mice and study the urinary proteome. This method was applied to quantify the abundance of urinary mouse proteins during T. cruzi infection in acute, acute later, and chronic phases. In the acute and acute later infection phases, changes in host proteins related to inflammatory and immune system response and alterations in the collagen-dependent extracellular matrix. The receptor binding, acetylcholine receptor inhibitor activity and endoprotease activity were enriched in the differentially abundant urinary proteins detected in the acute and acute later phases. Several enriched processes were similar in the chronic phase, except for the HDL particle receptor binding and steroid/sterol binding. Another result of this project was the identification of T. cruzi proteins secreted in the urine of infected mice, such as the uncharacterized protein Q4E543, which passed in the manual validation and could be further studied as a potential biomarker. Chapter II presents the application of the method developed in Chapter I and extends it to the analysis of the urinary glycoproteome, looking specifically at the De-N-glycosylated peptides and intact N-glycopeptides. Two methods of glycopeptide enrichment were used, the HILIC and TiO2 methods. Glycoproteins belonging to the extracellular matrix components and binding to glycosaminoglycans were enriched as regulated in the urine of infected mice. Furthermore, processes related to the urinary tract, such as the glomerular filtration process, were identified in the analysis of intact N-glycopeptides, demonstrating the dysregulation of the kidney . Tyrosine kinases were also identified in the analysis of intact N-glycopeptides highlighting an important role of these signaling molecules during T. cruzi infection. Previous results have shown that tyrosine kinases are involved in increasing the efficiency of T. cruzi invasion of neuronal cells. Another interesting finding was the identification of two glycoproteins, vascular cell adhesion protein 1 (Vcam-1) and Alpha-1-Microglobulin/Bikunin Precursor (Ambp), respectively. In particular, Vcam-1 has been linked with T. cruzi infection in the chronic phase, and Ambp/bikunin is linked with inflammatory processes associated with kidney and vascular disease. These glycoproteins were identified both in the De-N-glycosylated peptides and intact N-glycopeptides datasets. The results obtained in this thesis help to identify biological processes altered during T. cruzi infection and possible urinary (glyco)biomarkers of Chagas disease.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPPalmisano, GiuseppeOliveira, Gilberto Santos de2023-05-10info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-30032026-160811/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2026-04-01T18:31:02Zoai:teses.usp.br:tde-30032026-160811Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212026-04-01T18:31:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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A tripanossomíase americana, também conhecida como doença de Chagas (DC), continua sendo um importante problema de saúde pública na América Latina. A doença de Chagas é causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi (T. cruzi), e se apresenta em duas fases clínicas: aguda e crônica. A fase aguda é caracterizada por sintomas como febre, dor de cabeça e aumento do fígado, baço e gânglios linfáticos. Esses sintomas são frequentemente confundidos com outras doenças. Da fase aguda, 70-80% são assintomáticos (fase indeterminada), enquanto 20-30% desenvolvem sintomas durante a fase crônica da doença, que afetam o coração e o aparelho digestivo (megaesôfago e megacólon). As ferramentas diagnósticas disponíveis hoje para a fase aguda são baseadas principalmente em métodos parasitológicos. No entanto, devido aos sintomas inespecíficos, vários casos não são diagnosticados. Na fase crônica, os níveis do parasita circulante são baixos, e métodos sorológicos e moleculares têm sido propostos. Em países endêmicos, uma combinação de dois métodos sorológicos foi sugerida pela Organização Pan-Americana da Saúde para obter um diagnóstico conclusivo de DC. No entanto, ainda existem limitações na especificidade, sensibilidade e precisão. Devido a isso, novos marcadores são necessários para melhorar o diagnóstico atual da DC. Esta tese apresenta uma abordagem proteômica baseada em espectrometria de massa para identificar biomarcadores urinários de DC. Em particular, esta tese está dividida em dois capítulos principais: 1) a análise do proteoma da urina coletada de camundongos infectados com Trypanosoma cruzi durante as fases aguda, aguda tardia e crônica e 2) a análise do glicoproteoma da urina coletada de camundongos infectados com T. cruzi durante a fase aguda e aguda tardia. Cada capítulo é dividido em desenvolvimento e otimização do método seguido de aplicação na infecção por T. cruzi. O Capítulo I apresenta uma plataforma translacional para coletar urina de camundongos infectados e estudar o proteoma urinário. Este método foi aplicado para quantificar a abundância de proteínas urinárias de camundongos durante a infecção por T. cruzi nas fases aguda, aguda tardia e crônica. Nas fases aguda e tardia da infecção, ocorrem alterações nas proteínas do hospedeiro relacionadas à resposta inflamatória e do sistema imunológico e alterações na matriz extracelular dependente de colágeno. A ligação ao receptor, a atividade inibidora do receptor de acetilcolina e a atividade da endoprotease foram enriquecidas nas proteínas urinárias diferencialmente abundantes detectadas nas fases aguda e aguda tardia. Vários processos enriquecidos foram semelhantes na fase crônica, exceto para a ligação do receptor de partículas de HDL e ligação de esteroides/esterol. Outro resultado desse projeto foi a identificação de proteínas do T. cruzi secretadas na urina de camundongos infectados, como a proteína não caracterizada Q4E543, que passou na validação manual e poderá ser mais estudada como um potencial biomarcador. O Capítulo II apresenta a aplicação do método desenvolvido no Capítulo I e estende-o à análise do glicoproteoma urinário, olhando especificamente para os peptídeos De-N-glicosilados e N-glicopeptídeos intactos. Foram utilizados dois métodos de enriquecimento de glicopeptídeos, os métodos HILIC e TiO2. As glicoproteínas pertencentes aos componentes da matriz extracelular e de ligação aos glicosaminoglicanos foram enriquecidas conforme regulado na urina de camundongos infectados. Além disso, processos relacionados ao trato urinário, como o processo de filtração glomerular, foram identificados na análise de N-glicopeptídeos intactos, demonstrando a desregulação do rim . As tirosina quinases também foram identificadas na análise de N-glicopeptídeos intactos, destacando um importante papel dessas moléculas sinalizadoras durante a infecção por T. cruzi. Resultados anteriores mostraram que as tirosina quinases estão envolvidas no aumento da eficiência da invasão de células neuronais pelo T. cruzi. Outro achado interessante foi a identificação de duas glicoproteínas, proteína de adesão celular vascular 1 (Vcam-1) e Alfa-1-Microglobulina/Precursor da Bicunina (Ambp), respectivamente. Em particular, o Vcam-1 tem sido associado à infecção por T. cruzi na fase crônica, e o Ambp/bicunina está relacionado a processos inflamatórios associados a doenças renais e vasculares. Essas glicoproteínas foram identificadas nos conjuntos de dados de peptídeos De-N-glicosilados e N-glicopeptídeos intactos. Os resultados obtidos nesta tese ajudam a identificar processos biológicos alterados durante a infecção por T. cruzi e possíveis (glico)biomarcadores urinários da doença de Chagas. |
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