Função da ADP-ribosilação em resposta à inibição do lisossomo

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2025
Autor(a) principal: Duré, Dulce María González
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-13062025-113317/
Resumo: A ADP-ribosilação é uma modificação pós-traducional caracterizada pela transferência de uma ou mais unidades de ADP-ribose, a partir de NAD+, para resíduos específicos de aminoácidos em proteínas-alvo. Essa reação é catalisada por enzimas da família das ADP-ribosiltransferases, em particular um subgrupo destas denominado PARPs. Até o momento, foram identificadas 17 PARPs envolvidas em diversos processos celulares, como reparo de DNA, sinalização celular, biossíntese proteica, morte celular e resposta antiviral. Algumas PARPs têm sido implicadas na via de autofagia, por ADP-ribosilar ou interagir com componentes essenciais dessa via. Contudo, o papel molecular exato da ADP-ribosilação de proteínas durante a autofagia permanece pouco elucidado. Nosso grupo observou que a cloroquina (CQ), um agente lisossomotrópico que bloqueia a autofagia ao neutralizar o pH lisossomal, promove um aumento significativo nos níveis de ADP-ribosilação no citoplasma de células humanas tratadas. Dessa forma, este estudo investigou o papel da ADP-ribosilação em resposta à inibição lisossomal induzida por agentes lisossomotrópicos. Utilizando abordagens como mini-screen de siRNAs direcionados às PARPs, células knockout e inibidores específicos, identificamos que essa ADP-ribosilação é mediada por PARP3. Ensaios de imunofluorescência revelaram que o sinal de ADP-ribose, de maneira geral, não co-localiza com autofagossomos ou autolisossomos, mas co-localiza amplamente com a rede mitocondrial. Além disso, uma análise cinética demonstrou que a ADP-ribosilação induzida pela CQ ocorre a partir de 2 horas de tratamento e permanece constante até 24 horas, enquanto os níveis de LC3 II e p62 aumentam gradativamente ao longo do tempo, sugerindo que a ADP-ribosilação detectada aqui não marca substratos de degradação por autofagia. Embora um dos objetivos iniciais fosse identificar as proteínas-alvo dessa ADP-ribosilação, verificou-se que o reagente α-ADP-ribose (HCA354) utilizado na maioria dos ensaios de imunofluorescência também detecta NADH crosslinkado a proteínas devido ao crosslinking promovido pelo paraformaldeío (PFA) 4% durante a fixação. Assim, parte deste estudo focou na caracterização da especificidade de diferentes reagentes α-ADP-ribose. Comparações entre fixações com PFA 4% e Metanol:acetona (MeOH:Ac) e a utilização de 5 reagentes α-ADP-ribose diferentes, que detectam ou não NADH crosslinkado, demonstraram que o sinal de ADP-ribose varia conforme o método de fixação e os reagentes utilizados. No entanto, os resultados obtidos com ambos os métodos de fixação demonstraram que o sinal de ADP-ribose observado após o tratamento com CQ de fato reflete ADP-ribosilação modulada principalmente por PARP3 e que CQ não altera a razão NAD+/NADH mitocondrial. Em conjunto, este estudo sugere uma nova função de PARP3 em resposta à inibição da autofagia, na qual proteínas mitocondriais são potenciais alvos dessa ADP-ribosilação, possivelmente como consequência da disfunção mitocondrial.
id USP_982db46683b2c74eb16b511b46a49695
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-13062025-113317
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling Função da ADP-ribosilação em resposta à inibição do lisossomoRole of ADP-ribosylation in response to lysosomal inhibitionADP-ribosilaçãoADP-ribosylationAutofagiaAutophagyChloroquineCloroquinaMitochondriaMitocôndriaPARP3PARP3A ADP-ribosilação é uma modificação pós-traducional caracterizada pela transferência de uma ou mais unidades de ADP-ribose, a partir de NAD+, para resíduos específicos de aminoácidos em proteínas-alvo. Essa reação é catalisada por enzimas da família das ADP-ribosiltransferases, em particular um subgrupo destas denominado PARPs. Até o momento, foram identificadas 17 PARPs envolvidas em diversos processos celulares, como reparo de DNA, sinalização celular, biossíntese proteica, morte celular e resposta antiviral. Algumas PARPs têm sido implicadas na via de autofagia, por ADP-ribosilar ou interagir com componentes essenciais dessa via. Contudo, o papel molecular exato da ADP-ribosilação de proteínas durante a autofagia permanece pouco elucidado. Nosso grupo observou que a cloroquina (CQ), um agente lisossomotrópico que bloqueia a autofagia ao neutralizar o pH lisossomal, promove um aumento significativo nos níveis de ADP-ribosilação no citoplasma de células humanas tratadas. Dessa forma, este estudo investigou o papel da ADP-ribosilação em resposta à inibição lisossomal induzida por agentes lisossomotrópicos. Utilizando abordagens como mini-screen de siRNAs direcionados às PARPs, células knockout e inibidores específicos, identificamos que essa ADP-ribosilação é mediada por PARP3. Ensaios de imunofluorescência revelaram que o sinal de ADP-ribose, de maneira geral, não co-localiza com autofagossomos ou autolisossomos, mas co-localiza amplamente com a rede mitocondrial. Além disso, uma análise cinética demonstrou que a ADP-ribosilação induzida pela CQ ocorre a partir de 2 horas de tratamento e permanece constante até 24 horas, enquanto os níveis de LC3 II e p62 aumentam gradativamente ao longo do tempo, sugerindo que a ADP-ribosilação detectada aqui não marca substratos de degradação por autofagia. Embora um dos objetivos iniciais fosse identificar as proteínas-alvo dessa ADP-ribosilação, verificou-se que o reagente α-ADP-ribose (HCA354) utilizado na maioria dos ensaios de imunofluorescência também detecta NADH crosslinkado a proteínas devido ao crosslinking promovido pelo paraformaldeío (PFA) 4% durante a fixação. Assim, parte deste estudo focou na caracterização da especificidade de diferentes reagentes α-ADP-ribose. Comparações entre fixações com PFA 4% e Metanol:acetona (MeOH:Ac) e a utilização de 5 reagentes α-ADP-ribose diferentes, que detectam ou não NADH crosslinkado, demonstraram que o sinal de ADP-ribose varia conforme o método de fixação e os reagentes utilizados. No entanto, os resultados obtidos com ambos os métodos de fixação demonstraram que o sinal de ADP-ribose observado após o tratamento com CQ de fato reflete ADP-ribosilação modulada principalmente por PARP3 e que CQ não altera a razão NAD+/NADH mitocondrial. Em conjunto, este estudo sugere uma nova função de PARP3 em resposta à inibição da autofagia, na qual proteínas mitocondriais são potenciais alvos dessa ADP-ribosilação, possivelmente como consequência da disfunção mitocondrial.ADP-ribosylation is a post-translational modification characterized by the transfer of one or more ADP-ribose units from NAD+ to specific amino acid residues on target proteins. This reaction is catalyzed by enzymes of the ADP-ribosyltransferase family, particularly by a subgroup of this family known as PARPs. To date, 17 PARPs have been identified, which are involved in various cellular processes such as DNA repair, cell signaling, protein biosynthesis, cell death and antiviral responses. Some PARPs have been implicated in the autophagy pathway by ADP-ribosylating or interacting with essential components of this process. However, the exact molecular role of protein ADP-ribosylation during autophagy remains poorly understood. Our group observed that chloroquine (CQ), a lysosomotropic agent that blocks autophagy by neutralizing lysosomal pH, significantly increases ADP-ribosylation levels in the cytoplasm of treated human cells. Thus, this study investigated the role of ADP-ribosylation in response to lysosomal inhibition by lysosomotropic agents. Using approaches such as siRNA mini-screens targeting different PARPs, knockout cells, and specific inhibitors, we identified that this ADPribosylation is mediated by PARP3. Immunofluorescence assays revealed that the ADP-ribose signal does not generally co-localize with autophagosomes or autolysosomes but broadly colocalizes with the mitochondrial network. Additionally, kinetic analysis demonstrated that CQinduced ADP-ribosylation occurs after 2 hours of treatment and remains constant up to 24 hours, while LC3 II and p62 levels gradually increase, suggesting that the ADP-ribosylation we detected here does not mark substrates of autophagic degradation. Although one initial objective was to identify protein targets of this ADP-ribosylation, it was found that the α-ADPribose reagent (HCA354) used in most immunofluorescence assays also detects NADH crosslinked to proteins due to paraformaldehyde (PFA) 4% crosslinking during fixation. Part of this study therefore focused on characterizing the specificity of different α-ADP-ribose reagents. Comparisons between fixation with 4% PFA and Methanol:acetone (MeOH:Ac) and the use of five different α-ADP-ribose reagents, which do or do not detect NADH crosslinking, showed that the ADP-ribose signal varies depending on the fixation method and reagents used. Nonetheless, the results obtained with both fixation methods demonstrated that the ADP-ribose signal observed upon CQ treatment indeed primarily reflects ADP-ribosylation modulated by PARP3 and that CQ does not alter the mitochondrial NAD+/NADH ratio. Altogether, this study suggests a novel role for PARP3 in response to autophagy inhibition, where mitochondrial proteins are potential targets of this ADP-ribosylation, possibly as a consequence of mitochondrial dysfunction.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPHoch, Nicolas CarlosDuré, Dulce María González2025-02-18info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-13062025-113317/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-07-16T20:34:03Zoai:teses.usp.br:tde-13062025-113317Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-07-16T20:34:03Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Função da ADP-ribosilação em resposta à inibição do lisossomo
Role of ADP-ribosylation in response to lysosomal inhibition
title Função da ADP-ribosilação em resposta à inibição do lisossomo
spellingShingle Função da ADP-ribosilação em resposta à inibição do lisossomo
Duré, Dulce María González
ADP-ribosilação
ADP-ribosylation
Autofagia
Autophagy
Chloroquine
Cloroquina
Mitochondria
Mitocôndria
PARP3
PARP3
title_short Função da ADP-ribosilação em resposta à inibição do lisossomo
title_full Função da ADP-ribosilação em resposta à inibição do lisossomo
title_fullStr Função da ADP-ribosilação em resposta à inibição do lisossomo
title_full_unstemmed Função da ADP-ribosilação em resposta à inibição do lisossomo
title_sort Função da ADP-ribosilação em resposta à inibição do lisossomo
author Duré, Dulce María González
author_facet Duré, Dulce María González
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Hoch, Nicolas Carlos
dc.contributor.author.fl_str_mv Duré, Dulce María González
dc.subject.por.fl_str_mv ADP-ribosilação
ADP-ribosylation
Autofagia
Autophagy
Chloroquine
Cloroquina
Mitochondria
Mitocôndria
PARP3
PARP3
topic ADP-ribosilação
ADP-ribosylation
Autofagia
Autophagy
Chloroquine
Cloroquina
Mitochondria
Mitocôndria
PARP3
PARP3
description A ADP-ribosilação é uma modificação pós-traducional caracterizada pela transferência de uma ou mais unidades de ADP-ribose, a partir de NAD+, para resíduos específicos de aminoácidos em proteínas-alvo. Essa reação é catalisada por enzimas da família das ADP-ribosiltransferases, em particular um subgrupo destas denominado PARPs. Até o momento, foram identificadas 17 PARPs envolvidas em diversos processos celulares, como reparo de DNA, sinalização celular, biossíntese proteica, morte celular e resposta antiviral. Algumas PARPs têm sido implicadas na via de autofagia, por ADP-ribosilar ou interagir com componentes essenciais dessa via. Contudo, o papel molecular exato da ADP-ribosilação de proteínas durante a autofagia permanece pouco elucidado. Nosso grupo observou que a cloroquina (CQ), um agente lisossomotrópico que bloqueia a autofagia ao neutralizar o pH lisossomal, promove um aumento significativo nos níveis de ADP-ribosilação no citoplasma de células humanas tratadas. Dessa forma, este estudo investigou o papel da ADP-ribosilação em resposta à inibição lisossomal induzida por agentes lisossomotrópicos. Utilizando abordagens como mini-screen de siRNAs direcionados às PARPs, células knockout e inibidores específicos, identificamos que essa ADP-ribosilação é mediada por PARP3. Ensaios de imunofluorescência revelaram que o sinal de ADP-ribose, de maneira geral, não co-localiza com autofagossomos ou autolisossomos, mas co-localiza amplamente com a rede mitocondrial. Além disso, uma análise cinética demonstrou que a ADP-ribosilação induzida pela CQ ocorre a partir de 2 horas de tratamento e permanece constante até 24 horas, enquanto os níveis de LC3 II e p62 aumentam gradativamente ao longo do tempo, sugerindo que a ADP-ribosilação detectada aqui não marca substratos de degradação por autofagia. Embora um dos objetivos iniciais fosse identificar as proteínas-alvo dessa ADP-ribosilação, verificou-se que o reagente α-ADP-ribose (HCA354) utilizado na maioria dos ensaios de imunofluorescência também detecta NADH crosslinkado a proteínas devido ao crosslinking promovido pelo paraformaldeío (PFA) 4% durante a fixação. Assim, parte deste estudo focou na caracterização da especificidade de diferentes reagentes α-ADP-ribose. Comparações entre fixações com PFA 4% e Metanol:acetona (MeOH:Ac) e a utilização de 5 reagentes α-ADP-ribose diferentes, que detectam ou não NADH crosslinkado, demonstraram que o sinal de ADP-ribose varia conforme o método de fixação e os reagentes utilizados. No entanto, os resultados obtidos com ambos os métodos de fixação demonstraram que o sinal de ADP-ribose observado após o tratamento com CQ de fato reflete ADP-ribosilação modulada principalmente por PARP3 e que CQ não altera a razão NAD+/NADH mitocondrial. Em conjunto, este estudo sugere uma nova função de PARP3 em resposta à inibição da autofagia, na qual proteínas mitocondriais são potenciais alvos dessa ADP-ribosilação, possivelmente como consequência da disfunção mitocondrial.
publishDate 2025
dc.date.none.fl_str_mv 2025-02-18
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-13062025-113317/
url https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-13062025-113317/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1865492284520267776