Função da ADP-ribosilação em resposta à inibição do lisossomo
| Ano de defesa: | 2025 |
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| Tipo de documento: | Dissertação |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
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Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-13062025-113317/ |
Resumo: | A ADP-ribosilação é uma modificação pós-traducional caracterizada pela transferência de uma ou mais unidades de ADP-ribose, a partir de NAD+, para resíduos específicos de aminoácidos em proteínas-alvo. Essa reação é catalisada por enzimas da família das ADP-ribosiltransferases, em particular um subgrupo destas denominado PARPs. Até o momento, foram identificadas 17 PARPs envolvidas em diversos processos celulares, como reparo de DNA, sinalização celular, biossíntese proteica, morte celular e resposta antiviral. Algumas PARPs têm sido implicadas na via de autofagia, por ADP-ribosilar ou interagir com componentes essenciais dessa via. Contudo, o papel molecular exato da ADP-ribosilação de proteínas durante a autofagia permanece pouco elucidado. Nosso grupo observou que a cloroquina (CQ), um agente lisossomotrópico que bloqueia a autofagia ao neutralizar o pH lisossomal, promove um aumento significativo nos níveis de ADP-ribosilação no citoplasma de células humanas tratadas. Dessa forma, este estudo investigou o papel da ADP-ribosilação em resposta à inibição lisossomal induzida por agentes lisossomotrópicos. Utilizando abordagens como mini-screen de siRNAs direcionados às PARPs, células knockout e inibidores específicos, identificamos que essa ADP-ribosilação é mediada por PARP3. Ensaios de imunofluorescência revelaram que o sinal de ADP-ribose, de maneira geral, não co-localiza com autofagossomos ou autolisossomos, mas co-localiza amplamente com a rede mitocondrial. Além disso, uma análise cinética demonstrou que a ADP-ribosilação induzida pela CQ ocorre a partir de 2 horas de tratamento e permanece constante até 24 horas, enquanto os níveis de LC3 II e p62 aumentam gradativamente ao longo do tempo, sugerindo que a ADP-ribosilação detectada aqui não marca substratos de degradação por autofagia. Embora um dos objetivos iniciais fosse identificar as proteínas-alvo dessa ADP-ribosilação, verificou-se que o reagente α-ADP-ribose (HCA354) utilizado na maioria dos ensaios de imunofluorescência também detecta NADH crosslinkado a proteínas devido ao crosslinking promovido pelo paraformaldeío (PFA) 4% durante a fixação. Assim, parte deste estudo focou na caracterização da especificidade de diferentes reagentes α-ADP-ribose. Comparações entre fixações com PFA 4% e Metanol:acetona (MeOH:Ac) e a utilização de 5 reagentes α-ADP-ribose diferentes, que detectam ou não NADH crosslinkado, demonstraram que o sinal de ADP-ribose varia conforme o método de fixação e os reagentes utilizados. No entanto, os resultados obtidos com ambos os métodos de fixação demonstraram que o sinal de ADP-ribose observado após o tratamento com CQ de fato reflete ADP-ribosilação modulada principalmente por PARP3 e que CQ não altera a razão NAD+/NADH mitocondrial. Em conjunto, este estudo sugere uma nova função de PARP3 em resposta à inibição da autofagia, na qual proteínas mitocondriais são potenciais alvos dessa ADP-ribosilação, possivelmente como consequência da disfunção mitocondrial. |
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Função da ADP-ribosilação em resposta à inibição do lisossomoRole of ADP-ribosylation in response to lysosomal inhibitionADP-ribosilaçãoADP-ribosylationAutofagiaAutophagyChloroquineCloroquinaMitochondriaMitocôndriaPARP3PARP3A ADP-ribosilação é uma modificação pós-traducional caracterizada pela transferência de uma ou mais unidades de ADP-ribose, a partir de NAD+, para resíduos específicos de aminoácidos em proteínas-alvo. Essa reação é catalisada por enzimas da família das ADP-ribosiltransferases, em particular um subgrupo destas denominado PARPs. Até o momento, foram identificadas 17 PARPs envolvidas em diversos processos celulares, como reparo de DNA, sinalização celular, biossíntese proteica, morte celular e resposta antiviral. Algumas PARPs têm sido implicadas na via de autofagia, por ADP-ribosilar ou interagir com componentes essenciais dessa via. Contudo, o papel molecular exato da ADP-ribosilação de proteínas durante a autofagia permanece pouco elucidado. Nosso grupo observou que a cloroquina (CQ), um agente lisossomotrópico que bloqueia a autofagia ao neutralizar o pH lisossomal, promove um aumento significativo nos níveis de ADP-ribosilação no citoplasma de células humanas tratadas. Dessa forma, este estudo investigou o papel da ADP-ribosilação em resposta à inibição lisossomal induzida por agentes lisossomotrópicos. Utilizando abordagens como mini-screen de siRNAs direcionados às PARPs, células knockout e inibidores específicos, identificamos que essa ADP-ribosilação é mediada por PARP3. Ensaios de imunofluorescência revelaram que o sinal de ADP-ribose, de maneira geral, não co-localiza com autofagossomos ou autolisossomos, mas co-localiza amplamente com a rede mitocondrial. Além disso, uma análise cinética demonstrou que a ADP-ribosilação induzida pela CQ ocorre a partir de 2 horas de tratamento e permanece constante até 24 horas, enquanto os níveis de LC3 II e p62 aumentam gradativamente ao longo do tempo, sugerindo que a ADP-ribosilação detectada aqui não marca substratos de degradação por autofagia. Embora um dos objetivos iniciais fosse identificar as proteínas-alvo dessa ADP-ribosilação, verificou-se que o reagente α-ADP-ribose (HCA354) utilizado na maioria dos ensaios de imunofluorescência também detecta NADH crosslinkado a proteínas devido ao crosslinking promovido pelo paraformaldeío (PFA) 4% durante a fixação. Assim, parte deste estudo focou na caracterização da especificidade de diferentes reagentes α-ADP-ribose. Comparações entre fixações com PFA 4% e Metanol:acetona (MeOH:Ac) e a utilização de 5 reagentes α-ADP-ribose diferentes, que detectam ou não NADH crosslinkado, demonstraram que o sinal de ADP-ribose varia conforme o método de fixação e os reagentes utilizados. No entanto, os resultados obtidos com ambos os métodos de fixação demonstraram que o sinal de ADP-ribose observado após o tratamento com CQ de fato reflete ADP-ribosilação modulada principalmente por PARP3 e que CQ não altera a razão NAD+/NADH mitocondrial. Em conjunto, este estudo sugere uma nova função de PARP3 em resposta à inibição da autofagia, na qual proteínas mitocondriais são potenciais alvos dessa ADP-ribosilação, possivelmente como consequência da disfunção mitocondrial.ADP-ribosylation is a post-translational modification characterized by the transfer of one or more ADP-ribose units from NAD+ to specific amino acid residues on target proteins. This reaction is catalyzed by enzymes of the ADP-ribosyltransferase family, particularly by a subgroup of this family known as PARPs. To date, 17 PARPs have been identified, which are involved in various cellular processes such as DNA repair, cell signaling, protein biosynthesis, cell death and antiviral responses. Some PARPs have been implicated in the autophagy pathway by ADP-ribosylating or interacting with essential components of this process. However, the exact molecular role of protein ADP-ribosylation during autophagy remains poorly understood. Our group observed that chloroquine (CQ), a lysosomotropic agent that blocks autophagy by neutralizing lysosomal pH, significantly increases ADP-ribosylation levels in the cytoplasm of treated human cells. Thus, this study investigated the role of ADP-ribosylation in response to lysosomal inhibition by lysosomotropic agents. Using approaches such as siRNA mini-screens targeting different PARPs, knockout cells, and specific inhibitors, we identified that this ADPribosylation is mediated by PARP3. Immunofluorescence assays revealed that the ADP-ribose signal does not generally co-localize with autophagosomes or autolysosomes but broadly colocalizes with the mitochondrial network. Additionally, kinetic analysis demonstrated that CQinduced ADP-ribosylation occurs after 2 hours of treatment and remains constant up to 24 hours, while LC3 II and p62 levels gradually increase, suggesting that the ADP-ribosylation we detected here does not mark substrates of autophagic degradation. Although one initial objective was to identify protein targets of this ADP-ribosylation, it was found that the α-ADPribose reagent (HCA354) used in most immunofluorescence assays also detects NADH crosslinked to proteins due to paraformaldehyde (PFA) 4% crosslinking during fixation. Part of this study therefore focused on characterizing the specificity of different α-ADP-ribose reagents. Comparisons between fixation with 4% PFA and Methanol:acetone (MeOH:Ac) and the use of five different α-ADP-ribose reagents, which do or do not detect NADH crosslinking, showed that the ADP-ribose signal varies depending on the fixation method and reagents used. Nonetheless, the results obtained with both fixation methods demonstrated that the ADP-ribose signal observed upon CQ treatment indeed primarily reflects ADP-ribosylation modulated by PARP3 and that CQ does not alter the mitochondrial NAD+/NADH ratio. Altogether, this study suggests a novel role for PARP3 in response to autophagy inhibition, where mitochondrial proteins are potential targets of this ADP-ribosylation, possibly as a consequence of mitochondrial dysfunction.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPHoch, Nicolas CarlosDuré, Dulce María González2025-02-18info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-13062025-113317/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-07-16T20:34:03Zoai:teses.usp.br:tde-13062025-113317Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-07-16T20:34:03Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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A ADP-ribosilação é uma modificação pós-traducional caracterizada pela transferência de uma ou mais unidades de ADP-ribose, a partir de NAD+, para resíduos específicos de aminoácidos em proteínas-alvo. Essa reação é catalisada por enzimas da família das ADP-ribosiltransferases, em particular um subgrupo destas denominado PARPs. Até o momento, foram identificadas 17 PARPs envolvidas em diversos processos celulares, como reparo de DNA, sinalização celular, biossíntese proteica, morte celular e resposta antiviral. Algumas PARPs têm sido implicadas na via de autofagia, por ADP-ribosilar ou interagir com componentes essenciais dessa via. Contudo, o papel molecular exato da ADP-ribosilação de proteínas durante a autofagia permanece pouco elucidado. Nosso grupo observou que a cloroquina (CQ), um agente lisossomotrópico que bloqueia a autofagia ao neutralizar o pH lisossomal, promove um aumento significativo nos níveis de ADP-ribosilação no citoplasma de células humanas tratadas. Dessa forma, este estudo investigou o papel da ADP-ribosilação em resposta à inibição lisossomal induzida por agentes lisossomotrópicos. Utilizando abordagens como mini-screen de siRNAs direcionados às PARPs, células knockout e inibidores específicos, identificamos que essa ADP-ribosilação é mediada por PARP3. Ensaios de imunofluorescência revelaram que o sinal de ADP-ribose, de maneira geral, não co-localiza com autofagossomos ou autolisossomos, mas co-localiza amplamente com a rede mitocondrial. Além disso, uma análise cinética demonstrou que a ADP-ribosilação induzida pela CQ ocorre a partir de 2 horas de tratamento e permanece constante até 24 horas, enquanto os níveis de LC3 II e p62 aumentam gradativamente ao longo do tempo, sugerindo que a ADP-ribosilação detectada aqui não marca substratos de degradação por autofagia. Embora um dos objetivos iniciais fosse identificar as proteínas-alvo dessa ADP-ribosilação, verificou-se que o reagente α-ADP-ribose (HCA354) utilizado na maioria dos ensaios de imunofluorescência também detecta NADH crosslinkado a proteínas devido ao crosslinking promovido pelo paraformaldeío (PFA) 4% durante a fixação. Assim, parte deste estudo focou na caracterização da especificidade de diferentes reagentes α-ADP-ribose. Comparações entre fixações com PFA 4% e Metanol:acetona (MeOH:Ac) e a utilização de 5 reagentes α-ADP-ribose diferentes, que detectam ou não NADH crosslinkado, demonstraram que o sinal de ADP-ribose varia conforme o método de fixação e os reagentes utilizados. No entanto, os resultados obtidos com ambos os métodos de fixação demonstraram que o sinal de ADP-ribose observado após o tratamento com CQ de fato reflete ADP-ribosilação modulada principalmente por PARP3 e que CQ não altera a razão NAD+/NADH mitocondrial. Em conjunto, este estudo sugere uma nova função de PARP3 em resposta à inibição da autofagia, na qual proteínas mitocondriais são potenciais alvos dessa ADP-ribosilação, possivelmente como consequência da disfunção mitocondrial. |
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