Análise genômica de SARS-CoV-2 na cidade de São Caetano do Sul, São Paulo, Brasil

• Ano de defesa: 2023
• Autor(a) principal: Sales, Flavia Cristina da Silva
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Atenção primária; COVID-19; Doenças infecciosas; Epidemiologia genômica; Genomic epidemiology; Infectious diseases; Primary care; SARS-CoV-2
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5134/tde-02082023-153216/

O mundo testemunhou inúmeras epidemias e pandemias que afetaram milhões de vidas. Apesar de nossos avanços em medicina e pesquisa, continuamos a ser desafiados com novos patógenos que representam uma ameaça à vida humana, à segurança econômica global e ao sistema de saúde. Avanços recentes permitiram que os genomas do Coronavírus da Síndrome Respiratória Aguda Grave 2 (SARS-CoV-2) o agente causador do COVID-19 pudessem ser identificados e caracterizados rapidamente. O estudo de sequências genômicas aliadas a um conjunto de metadados robustos e análises epidemiológicas tradicionais podem contribuir para o entendimento da transmissão e controle de uma doença infecciosa. Neste estudo, utilizamos dados epidemiológicos e genômicos coletados de um detalhado banco de dados originados da Plataforma Corona São Caetano, um programa de cuidados primários desenvolvido para atender pacientes com suspeita de COVID-19, centralizando dados clínicos e amostrais. Usamos essa infraestrutura para descrever em detalhes a evolução das variantes do SARS-CoV-2 no município de São Caetano do Sul, uma cidade intensamente conurbada com a cidade de São Paulo, durante o primeiro ano da epidemia. Um total de 1063 amostras positivas para SARS-CoV-2 foram selecionadas e dessas 879 sequências genômicas com cobertura acima de 75x foram geradas. Demonstramos a persistência das linhagens B.1.1.28 e B.1.3.3, início da circulação das VOIs Zeta (P.2) e múltiplas introduções da VOC Gama (P.1) no município. Destacamos também, a incidência dos casos na comunidade, identificando as regiões do município mais afetadas e correlacionamos as informações clínicas com as variantes locais. Nossos dados sugerem que sintomas relacionados à doença mais grave, como dispnéia e febre prolongada, foram aproximadamente duas vezes mais comuns entre Gama/VOC e Zeta/VOI em comparação com as cepas ancestrais. Ageusia e anosmia foram menos comuns na linhagem Gama e as manifestações neurológicas foram mais comuns no Zeta/VOI. A taxa de letalidade e a taxa de hospitalização foram maiores durante o período da circulação da Gama/VOC. Nossos dados sugerem que Gama/VOC e Zeta/VOI causaram doença mais grave e isso pode ter contribuído para o maior nível de hospitalização e óbitos durante a segunda onda no Brasil. Além disso, destacamos como estudos de epidemiologia genômica aliados a uma amostragem representativa e dados epidemiológicos detalhados são fundamentais para oferecer insights sólidos sobre a transmissão do COVID-19