Ritmos diários em corais sob uma abordagem integrativa
| Ano de defesa: | 2025 |
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Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-24022026-175246/ |
Resumo: | A alternância entre dia e noite é percebida por diferentes organismos e está relacionada a diversos processos fisiológicos e comportamentais, que seguem um ritmo diário. Corais (ordem Scleractinia) pertencem ao filo Cnidaria, juntamente com as anêmonas (ordem Actiniaria). Nesses organismos, diversos padrões comportamentais e fisiológicos seguem ritmos diários, como a calcificação em corais e a abertura e fechamento dos tentáculos. Além disso, foram identificadas características seguindo um período de 12 horas (i.e. ritmo tidal) nesse grupo. Esses cnidários, assim como outros organismos, apresentam um microbioma associado, que está relacionado tanto a doenças quanto ao fornecimento de nutrientes. Alguns corais e anêmonas estabelecem também relações simbióticas com dinoflagelados da família Symbiodiniaceae (popularmente conhecidas como zooxantelas). Uma vez que corais estão sujeitos a diversas ameaças, como a poluição luminosa, compreender os mecanismos que regem as diferentes funções nos corais e nos organismos associados a ele (e.g. seu microbioma e suas zooxantelas) contribuirá para guiar de modo mais acurado iniciativas de conservação dos ecossistemas coralíneos. Quanto ao microbioma dos corais, os estudos presentes identificaram pouca variação diária, estando restrita a algumas linhagens bacterianas. Contudo, até o momento, esse tema não havia sido investigado no microbioma endossimbionte de corais do Atlântico sudoeste, em especial em corais azooxantelados, que correspondem a metade da ordem Scleractinia. Com relação à variação diária em expressão gênica, o horário das diferentes funções metabólicas é, de modo geral, similar, mas há diferenças entre espécies congêneres. Ademais, há indicativos de que o simbionte fotossintetizante influencia na variação diária da expressão gênica do coral, mas espécies azooxanteladas ainda não haviam sido investigadas. Portanto, o presente estudo tem como objetivo investigar mudanças diárias em corais escleractíneos analisando a variação diária de seu microbioma e de sua expressão gênica em espécies de coral zooxanteladas e azooxanteladas (i.e. com e sem associação a Symbiodiniaceae, respectivamente). Além disso, para compreender quando os genes do relógio circadiano dos corais começam a apresentar ritmicidade durante seu ciclo de vida, o desenvolvimento embrionário de uma espécie endêmica de coral do Atlântico Sudoeste foi descrito. Para analisar ritmos diários nos corais adultos, duas espécies zooxanteladas (Madracis decactis e Mussismilia hispida) e duas azooxanteladas (Tubastraea tagusensis e T. coccinea) foram amostradas por três dias, a cada 4 horas, em ambiente natural. Quanto ao microbioma (Capítulo 1), observamos variação entre dia e noite apenas em algumas linhagens de bactéria, como esperado com base em estudos anteriores. Com relação ao desenvolvimento embrionário de M. hispida (Capítulo 2), os embriões dessa espécie apresentam blastocele, indicando que seguem o padrão da subordem Vacatina, condizente com seu posicionamento filogenético dentro de Scleractinia. Além disso, o embrião adquire capacidade natatória relativamente cedo em comparação com outras espécies da ordem e suas larvas apresentam um maior tempo de sobrevivência e capacidade de assentamento do que anteriormente pensado. Foram produzidos três transcritomas de referência, para Mu. hispida, Ma. decactis e T. tagusensis (descritos no Capítulo 3), a serem utilizados na análise de expressão gênica do coral hospedeiro. Apenas as espécies Mu. hispida e T. tagusensis foram incluídas na análise de expressão gênica (Capítulo 4). Em T. tagusensis, foram identificados transcritos com ritmicidade tanto diária quanto tidal. Essa espécie apresentou processos relacionados à transcrição gênica e à regeneração de tecidos, cicatrização e sistema imune durante o dia e sua expressão gênica parece estar mais dividida entre diferentes vias à noite, já que não foram encontrados processos enriquecidos nesse horário. Já Mu. hispida apresenta processos relacionados ao ciclo circadiano, ao metabolismo de aminoácidos e à resposta à presença de oxigênio durante o dia, enquanto à noite foram enriquecidos processos relacionados à degradação de proteínas e à formação de estruturas do sistema nervoso. Essa espécie não apresentou transcritos com ritmicidade de 12 horas. Esse resultado, em conjunto com a ausência de processos enriquecidos à noite em T. tagusensis, indica que a variação entre dia e noite é mais evidente em Mu. hispida do que em T. tagusensis, suportando que o simbionte fotossintetizante influencia os ritmos diários do coral. |
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Ritmos diários em corais sob uma abordagem integrativaDiel rhythms in corals under an integrative approachCircadian clock genesEmbriogêneseEmbryogenesisExpressão gênicaGene expressionGenes do relógio circadianoMicrobiomaMicrobiomeScleractiniaScleractiniaA alternância entre dia e noite é percebida por diferentes organismos e está relacionada a diversos processos fisiológicos e comportamentais, que seguem um ritmo diário. Corais (ordem Scleractinia) pertencem ao filo Cnidaria, juntamente com as anêmonas (ordem Actiniaria). Nesses organismos, diversos padrões comportamentais e fisiológicos seguem ritmos diários, como a calcificação em corais e a abertura e fechamento dos tentáculos. Além disso, foram identificadas características seguindo um período de 12 horas (i.e. ritmo tidal) nesse grupo. Esses cnidários, assim como outros organismos, apresentam um microbioma associado, que está relacionado tanto a doenças quanto ao fornecimento de nutrientes. Alguns corais e anêmonas estabelecem também relações simbióticas com dinoflagelados da família Symbiodiniaceae (popularmente conhecidas como zooxantelas). Uma vez que corais estão sujeitos a diversas ameaças, como a poluição luminosa, compreender os mecanismos que regem as diferentes funções nos corais e nos organismos associados a ele (e.g. seu microbioma e suas zooxantelas) contribuirá para guiar de modo mais acurado iniciativas de conservação dos ecossistemas coralíneos. Quanto ao microbioma dos corais, os estudos presentes identificaram pouca variação diária, estando restrita a algumas linhagens bacterianas. Contudo, até o momento, esse tema não havia sido investigado no microbioma endossimbionte de corais do Atlântico sudoeste, em especial em corais azooxantelados, que correspondem a metade da ordem Scleractinia. Com relação à variação diária em expressão gênica, o horário das diferentes funções metabólicas é, de modo geral, similar, mas há diferenças entre espécies congêneres. Ademais, há indicativos de que o simbionte fotossintetizante influencia na variação diária da expressão gênica do coral, mas espécies azooxanteladas ainda não haviam sido investigadas. Portanto, o presente estudo tem como objetivo investigar mudanças diárias em corais escleractíneos analisando a variação diária de seu microbioma e de sua expressão gênica em espécies de coral zooxanteladas e azooxanteladas (i.e. com e sem associação a Symbiodiniaceae, respectivamente). Além disso, para compreender quando os genes do relógio circadiano dos corais começam a apresentar ritmicidade durante seu ciclo de vida, o desenvolvimento embrionário de uma espécie endêmica de coral do Atlântico Sudoeste foi descrito. Para analisar ritmos diários nos corais adultos, duas espécies zooxanteladas (Madracis decactis e Mussismilia hispida) e duas azooxanteladas (Tubastraea tagusensis e T. coccinea) foram amostradas por três dias, a cada 4 horas, em ambiente natural. Quanto ao microbioma (Capítulo 1), observamos variação entre dia e noite apenas em algumas linhagens de bactéria, como esperado com base em estudos anteriores. Com relação ao desenvolvimento embrionário de M. hispida (Capítulo 2), os embriões dessa espécie apresentam blastocele, indicando que seguem o padrão da subordem Vacatina, condizente com seu posicionamento filogenético dentro de Scleractinia. Além disso, o embrião adquire capacidade natatória relativamente cedo em comparação com outras espécies da ordem e suas larvas apresentam um maior tempo de sobrevivência e capacidade de assentamento do que anteriormente pensado. Foram produzidos três transcritomas de referência, para Mu. hispida, Ma. decactis e T. tagusensis (descritos no Capítulo 3), a serem utilizados na análise de expressão gênica do coral hospedeiro. Apenas as espécies Mu. hispida e T. tagusensis foram incluídas na análise de expressão gênica (Capítulo 4). Em T. tagusensis, foram identificados transcritos com ritmicidade tanto diária quanto tidal. Essa espécie apresentou processos relacionados à transcrição gênica e à regeneração de tecidos, cicatrização e sistema imune durante o dia e sua expressão gênica parece estar mais dividida entre diferentes vias à noite, já que não foram encontrados processos enriquecidos nesse horário. Já Mu. hispida apresenta processos relacionados ao ciclo circadiano, ao metabolismo de aminoácidos e à resposta à presença de oxigênio durante o dia, enquanto à noite foram enriquecidos processos relacionados à degradação de proteínas e à formação de estruturas do sistema nervoso. Essa espécie não apresentou transcritos com ritmicidade de 12 horas. Esse resultado, em conjunto com a ausência de processos enriquecidos à noite em T. tagusensis, indica que a variação entre dia e noite é mais evidente em Mu. hispida do que em T. tagusensis, suportando que o simbionte fotossintetizante influencia os ritmos diários do coral.Day and night oscillation is perceived by different organisms and is related to different physiological and behavioural processes, which follow a diel rhythm. Corals (order Scleractinia) belong to phylum Cnidaria, together with anemones (order Actiniaria). In these organisms, multiple behavioural and physiological patterns follow diel rhythms, such as calcification in corals and tentacle extension and contraction. In addition, some characteristics follow 12-hour periods (i.e. tidal rhythms) in this group. These cnidarians, like other organisms, host a microbiome, which has been related to disease but also to nutrient supply. Some corals and anemones also establish symbiotic relationships with dinoflagellates of family Symbiodiniaceae (commonly known as zooxanthellae). Since corals are exposed to multiple threats (e.g. light pollution), understanding the mechanisms regulating different functions in corals and associated organisms (e.g. Symbiodiaceae and microbial community) will assist in guiding conservation initiatives more accurately. Regarding coral microbiome, little variation has been observed in previous studies and this variation was restricted to a few bacterial lineages. However, this topic had not been previously investigated in the endosymbiotic microbiome of Southwestern Atlantic corals, especially azooxanthellate corals, which correspond to approximately half of order Scleractinia. Considering the diel variation in gene expression, metabolic processes are overall similar among previously analyzed species, but there are differences between species belonging to the same genus. In addition, Symbiodiniaceae may influence coral diel variation in gene expression, but azooxanthellate species had not been previously investigated. Therefore, the present study aims to investigate diel changes in scleractinian corals analysing the diel variation in coral microbiome as well as in the gene expression of zooxanthellate and azooxanthellate coral species (i.e. those with and without Symbiodiniaceae, respectively). Moreover, in order to understand when coral circadian clock genes begin to be rhythmic during their life cycle, the embryonic development of an endemic coral species of the Southwestern Atlantic was described. In order to analyse diel rhythms in adult corals, two zooxanthellate (Mussismilia hispida and Madracis decactis) and two azooxanthellate (Tubastraea tagusensis and T. coccinea) species were sampled for three consecutive days, every four hours, in natural conditions. Regarding the microbiome (chapter 1), diel rhythmicity was present in several bacterial lineages, as expected based on previous studies. Considering the embryogenesis of Mu. hispida (chapter 2), embryos of this species have a blastocoel, indicating that they follow the pattern of suborder Vacatina, which is consistent with their phylogenetic position inside Scleractinia. Furthermore, embryos begin to swim relatively earlier than other coral species and larvae of this species survive and are able to settle for a longer period of time than previously thought. Three reference transcriptomes were generated for Mu. hispida, Ma. decactis and T. tagusensis (described in chapter 3), to be used in the coral host expression analysis. Only Mu. hispida and T. tagusensis were included in the gene expression analysis (chapter 4). In T. tagusensis, transcripts with both diel and tidal rhythmicity were identified. In this species, processes related to gene transcription as well as tissue regeneration, wound healing and the immune system were enriched during the day and its gene expression appeared to be more evenly distributed in different pathways during the night, because there were no enriched processes at this time of day. In Mu. hispida, processes related to the circadian clock, response to the presence of oxygen, and to amino acid metabolism were enriched during the day, while at night, processes related to protein degradation and the formation of nervous system structures were enriched. In this species, there were no rhythmic transcripts with a 12-hour period. This result, together with the absence of enriched processes during the night in T. tagusensis, indicates that day-night variation is more evident in Mu. hispida than in T. tagusensis, supporting that the photosynthetic symbiont has a significant influence in coral diel rhythms.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPCapel, Kátia Cristina CruzKitahara, Marcelo VisentiniSeiblitz, Isabela Galvão de Lossio e2025-12-18info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-24022026-175246/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPReter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2026-02-25T09:09:02Zoai:teses.usp.br:tde-24022026-175246Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212026-02-25T09:09:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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