Variações no número de cópias genômicas submicroscópicas raras em pacientes com insuficiência ovariana primária: identificação de novos genes candidatos

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Moraes, Daniela Rodrigues de
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Array-CGH; Comparative genomic hybridization based on microarray; Deleção cromossômica submicroscópica; DNA Copy number variations; Duplicação cromossômica submicroscópica; female; Hibridação genômica comparativa baseada em microarranjos; Infertilidade feminina; Infertility; Insuficiência ovariana primária; Polimorfismo de nucleotídeo único; Polymorphism; Primary ovarian insufficiency; single nucleotide; SNP-array; Submicroscopic chromosomal deletion; Submicroscopic chromosomal duplication; Variações do número de cópias de DNA
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-01092021-111430/

Introdução: A insuficiência ovariana primária (IOP) é uma condição heterogênea com múltiplas etiologias, que acomete um grande número de mulheres e com repercussões importantes na saúde geral e psicológica, especialmente pelo estigma da infertilidade em mulheres jovens. A presença de amenorréia, hipogonadismo hipergonadotrófico e hipoestrogenismo em mulheres com menos de 40 anos caracterizam a insuficiência ovariana primária. As causas da IOP envolvem processos infecciosos, doenças metabólicas e autoimunes, fatores ambientais e iatrogênicos além das causas genéticas. Nos últimos anos, o número de genes identificados, que desempenham um papel na etiologia da IOP em humanos e em modelos animais tem crescido exponencialmente, mas apesar disso, um grande número de mulheres continua sem um diagnóstico estabelecido. As técnicas de citogenômica, Comparative Genomic Hybridization Array (array-CGH) e Single Nucleotide Polymorphism Array (SNP-array), permitem avaliar todo o genoma na detecção de variação no número de cópias (copy number variants-CNVs) genômicas, baixos níveis de mosaicismos e perda de heterozigose com rapidez e acurácia, e tem contribuído no esclarecimento das causas da IOP. O objetivo deste estudo foi pesquisar a presença de deleções ou duplicações submicroscópicas raras em pacientes portadoras de IOP sem causa etiológica estabelecida e identificar novas regiões cromossômicas e/ou novos genes possivelmente relacionados à doença. Pacientes e Métodos: Setenta e cinco pacientes portadoras de IOP de causa não determinada foram selecionadas, 53 apresentavam amenorreia primária e 22 pacientes amenorreia secundária. Todas as pacientes apresentavam cariótipo 46,XX. As técnicas de array utilizadas no estudo foram array-CGH (plataforma 180K DNA microarray, Agilent Technologies) e SNP array (CytoScan HD array 750K, Affymetrix). As CNVs identificadas foram comparadas com CNVs relatadas em bancos de dados de indivíduos normais (Database of Genomic Variants - DGV) e de dados associados a anomalias e variações cromossômicas (Decipher). Uma ampla análise do conteúdo gênico das CNVs raras foi realizada utilizando-se diferentes ferramentas de bioinformática (OMIM, Pubmed, Ovarian Kaleidoscope Database e Mouse Genome Informatics). Resultados: Dezenove CNVs raras foram identificadas em 18 pacientes, sete deleções e doze duplicações, a maioria delas localizadas em autossomos. Cinco CNVs foram categorizadas como patogênicas, duas provavelmente patogênicas e doze variantes de significado clínico incerto (VUS). As CNVs patogênicas e provavelmente patogênicas e os genes candidatos contidos nessas regiões foram respectivamente: deleção (del) de 14,5 Mb em Xq27.2q28 (genes FMR1 e FMR2); duplicação (dup) de 41,4 Mb em Xq22.1q27.1 (genes XPNPEP2, COL4A6, NXF5 e PGRMCI); dup de 2,7 Mb em 20p13; del de 1,7 Mb em15q25.2 (genes CPEB1 e BNC1); del de 1,0 Mb em Xq13.2 (gene XIST), dup de 0,55 Mb em 2q37.3 (gene PER2) e dup de 0,33 Mb em 19q13.43 (gene NLRP5). As CNVs localizadas nas regiões Xq27.2q28, Xq22.1q27.1 e 15q25.2 foram regiões genômicas previamente descritas em pacientes com IOP. Em sete CNVs, a análise do conteúdo gênico indicou potenciais candidatos associados à disfunção ovariana: PTGFR (1p31.1), XDH e EHD3 (2p23.1), PER2 (2q37.3), KDM4C (9p24.1), NLRP5 (19q13.43), ZNRF3 (22q12.1) e XIST (Xq13.2). Conclusão: A análise de microarray desta coorte de mulheres portadoras de IOP permitiu o reconhecimento de 19 CNVs raras, das quais duas regiões no cromossomo X (Xq22.1q27.1 e Xq27.2q28), e uma em autossomo (15q25.2), consistem em desequilíbrios genômicos recorrentes, já descritos previamente em IOP. Novos genes e novas vias potencialmente envolvidas na patogênese ovariana foram sugeridas pelos achados, porém o real envolvimento destes genes na etiologia da IOP deverá ser elucidado por estudos complementares.