Estrutura e atribuição populacional de Anodorhynchus hyacinthinus (Latham, 1790)
| Ano de defesa: | 2024 |
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| Tipo de documento: | Dissertação |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
| Idioma: | por |
| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Departamento: |
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| País: |
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-27012025-182351/ |
Resumo: | A arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus) é uma espécie monogâmica e conhecida por sua coloração azul e detalhes amarelos. A espécie é vulnerável, enfrentando ameaças como perda de habitat e comércio ilegal, o que reduziu sua população. Estudos genéticos anteriores, utilizando marcadores como microssatélites e SNPs, revelaram uma estruturação populacional complexa, com variações regionais significativas. Essas pesquisas indicam diferenças na variabilidade genética entre regiões: Pantanal Sul, Pantanal Norte, Norte e Nordeste, sugerindo a existência de subpopulações geneticamente diferenciadas. Com o objetivo de estudar a estrutura genética da espécie e realizar a atribuição populacional de 8 indivíduos atualmente cativos, foi realizado o sequenciamento de amostras de DNA de 54 filhotes de 7 localidades conhecidas e que abrangem a área de ocorrência da espécie e 8 indivíduos de origem desconhecida. Marcadores SNPs (3307) foram obtidos por genotype likelihood e usados em análises como PCA, Admix e FST. Adicionalmente, foi realizada a modelagem de nicho da espécie utilizando variáveis ambientais, o que permitiu prever as áreas adequadas para a espécie em diversas camadas do tempo. As análises evidenciaram a existência de 4 agrupamentos: Pantanal Sul (Aquidauana/MS + Miranda/MS), Barão de Melgaço/MT, Nordeste (São Gonçalo do Gurguéia/PI + Peixe/TO) e Canaã dos Carajás/PA. Os valores de FST indicaram que, com exceção do par composto por Nordeste (São Gonçalo do Gurguéia/PI + Peixe/TO) e Canaã dos Carajás/PA, cujo valor indica diferenciação moderada, todas os outros pares de localidades apresentaram altos valores de diferenciação. Modelos de nicho ecológico mostraram que a disponibilidade e extensão das áreas adequadas para a espécie Anodorhynchus hyacinthinus variaram com as mudanças climáticas, o que pode explicar a diferenciação genética observada. As análises de atribuição mostraram que 3 aves devem ser provenientes do Pantanal Sul, 4 do Nordeste, e 1 não pode ser atribuída. Apesar do relativamente baixo número de SNPs obtidos neste estudo, eles se mostraram informativos e os resultados obtidos podem ajudar a tomar decisões importantes para a conservação da espécie. |
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Estrutura e atribuição populacional de Anodorhynchus hyacinthinus (Latham, 1790)Population structure and assignment of Anodorhynchus hyacinthinus (Latham, 1790)Baixa coberturaConservaçãoConservationGenômicaGenomicsLow coverageModelagem de nichoNiche modellingPsittacidaePsittacidaeA arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus) é uma espécie monogâmica e conhecida por sua coloração azul e detalhes amarelos. A espécie é vulnerável, enfrentando ameaças como perda de habitat e comércio ilegal, o que reduziu sua população. Estudos genéticos anteriores, utilizando marcadores como microssatélites e SNPs, revelaram uma estruturação populacional complexa, com variações regionais significativas. Essas pesquisas indicam diferenças na variabilidade genética entre regiões: Pantanal Sul, Pantanal Norte, Norte e Nordeste, sugerindo a existência de subpopulações geneticamente diferenciadas. Com o objetivo de estudar a estrutura genética da espécie e realizar a atribuição populacional de 8 indivíduos atualmente cativos, foi realizado o sequenciamento de amostras de DNA de 54 filhotes de 7 localidades conhecidas e que abrangem a área de ocorrência da espécie e 8 indivíduos de origem desconhecida. Marcadores SNPs (3307) foram obtidos por genotype likelihood e usados em análises como PCA, Admix e FST. Adicionalmente, foi realizada a modelagem de nicho da espécie utilizando variáveis ambientais, o que permitiu prever as áreas adequadas para a espécie em diversas camadas do tempo. As análises evidenciaram a existência de 4 agrupamentos: Pantanal Sul (Aquidauana/MS + Miranda/MS), Barão de Melgaço/MT, Nordeste (São Gonçalo do Gurguéia/PI + Peixe/TO) e Canaã dos Carajás/PA. Os valores de FST indicaram que, com exceção do par composto por Nordeste (São Gonçalo do Gurguéia/PI + Peixe/TO) e Canaã dos Carajás/PA, cujo valor indica diferenciação moderada, todas os outros pares de localidades apresentaram altos valores de diferenciação. Modelos de nicho ecológico mostraram que a disponibilidade e extensão das áreas adequadas para a espécie Anodorhynchus hyacinthinus variaram com as mudanças climáticas, o que pode explicar a diferenciação genética observada. As análises de atribuição mostraram que 3 aves devem ser provenientes do Pantanal Sul, 4 do Nordeste, e 1 não pode ser atribuída. Apesar do relativamente baixo número de SNPs obtidos neste estudo, eles se mostraram informativos e os resultados obtidos podem ajudar a tomar decisões importantes para a conservação da espécie.The hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus) is a monogamous species known for its blue coloration and yellow details. Its diet varies by region, consuming different palm fruits. The species is vulnerable, facing threats such as habitat loss and illegal trade, which have reduced its population. Previous genetic studies using microsatellites and SNPs revealed a complex population structure with significant differentiation among South Pantanal, North Pantanal, North, and Northeast, suggesting the existence of genetically differentiated subpopulations. To study the species\' genetic structure and perform population assignment for 8 currently captive individuals, DNA samples from 54 individuals from 7 known localities within the species\' range and 8 individuals of unknown origin were sequenced. SNP markers (3307) were obtained through genotype likelihood, and genetic analyses such as PCA, Admix, and FST were conducted. Additionally, species niche modeling based on environmental variables predicted suitable areas for the species over time. The analyses revealed 4 main groups: South Pantanal (Aquidauana/MS + Miranda/MS), Barão de Melgaço/MT, Northeast (São Gonçalo do Gurguéia/PI + Peixe/TO), and Canaã dos Carajás/PA. FST values indicated that, except for the pair of Northeast (São Gonçalo do Gurguéia/PI + Peixe/TO) and Canaã dos Carajás/PA with moderate differentiation value, all other pairs of groups showed high levels of differentiation. Ecological niche models indicated that availability and extension of suitable areas for Anodorhynchus hyacinthinus varied with climate changes, which may explain the observed genetic differentiation. Assignment analyses showed that 3 birds may have been from South Pantanal, 4 from the Northeast, and 1 couldnt be assigned. Despite the relatively low number of SNPs obtained in this study, they were informative, and the results can help to plan conservation actions for the species.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPMiyaki, Cristina YumiSoares, Renata Regina2024-11-25info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-27012025-182351/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-01-27T23:31:02Zoai:teses.usp.br:tde-27012025-182351Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-01-27T23:31:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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A arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus) é uma espécie monogâmica e conhecida por sua coloração azul e detalhes amarelos. A espécie é vulnerável, enfrentando ameaças como perda de habitat e comércio ilegal, o que reduziu sua população. Estudos genéticos anteriores, utilizando marcadores como microssatélites e SNPs, revelaram uma estruturação populacional complexa, com variações regionais significativas. Essas pesquisas indicam diferenças na variabilidade genética entre regiões: Pantanal Sul, Pantanal Norte, Norte e Nordeste, sugerindo a existência de subpopulações geneticamente diferenciadas. Com o objetivo de estudar a estrutura genética da espécie e realizar a atribuição populacional de 8 indivíduos atualmente cativos, foi realizado o sequenciamento de amostras de DNA de 54 filhotes de 7 localidades conhecidas e que abrangem a área de ocorrência da espécie e 8 indivíduos de origem desconhecida. Marcadores SNPs (3307) foram obtidos por genotype likelihood e usados em análises como PCA, Admix e FST. Adicionalmente, foi realizada a modelagem de nicho da espécie utilizando variáveis ambientais, o que permitiu prever as áreas adequadas para a espécie em diversas camadas do tempo. As análises evidenciaram a existência de 4 agrupamentos: Pantanal Sul (Aquidauana/MS + Miranda/MS), Barão de Melgaço/MT, Nordeste (São Gonçalo do Gurguéia/PI + Peixe/TO) e Canaã dos Carajás/PA. Os valores de FST indicaram que, com exceção do par composto por Nordeste (São Gonçalo do Gurguéia/PI + Peixe/TO) e Canaã dos Carajás/PA, cujo valor indica diferenciação moderada, todas os outros pares de localidades apresentaram altos valores de diferenciação. Modelos de nicho ecológico mostraram que a disponibilidade e extensão das áreas adequadas para a espécie Anodorhynchus hyacinthinus variaram com as mudanças climáticas, o que pode explicar a diferenciação genética observada. As análises de atribuição mostraram que 3 aves devem ser provenientes do Pantanal Sul, 4 do Nordeste, e 1 não pode ser atribuída. Apesar do relativamente baixo número de SNPs obtidos neste estudo, eles se mostraram informativos e os resultados obtidos podem ajudar a tomar decisões importantes para a conservação da espécie. |
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