Determinação das estruturas secundárias de proteínas, em estado sólido, por FTIR
| Ano de defesa: | 1996 |
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| Tipo de documento: | Dissertação |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
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Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75131/tde-30062025-141015/ |
Resumo: | A espectroscopia de Infravermelho com Transformada de Fourier (FTIR) foi usada na análise das estruturas secundárias de proteínas liofilizadas em pastilhas de KBr. Usou-se inicialmente o ajuste e a deconvolução de Fourier para aumentar a resolução da banda de amida I. A quantificação foi baseada nas atribuições dos espectros em solução e apresentam baixa correlação com as estruturas secundárias da mesma proteína calculadas a partir dos dados de raios X. Para estudar a fonte dessa baixa correlação analisou-se os métodos de aumento de resolução: derivada deconvolução de Fourier e ajuste do sinal original e deconvoluído em espectros simulados. Este estudo demonstrou que há vários problemas com esses métodos. Analisou-se também as 14 proteínas com os métodos de reconhecimento de padrões (PLS e PCR), usando a região de 1800 a 1200 cm-1 e os algoritmos de Kabsch & Sander (KS). Kabsch & Sander melhorado (KSM) e Levitt & Greer (LG) para calcular as estruturas secundárias a partir dos dados de raios X. A melhor correlação (0.82 para α-hélice e folhas-β) foi obtida com LG e KSM e com a banda de amida I, 1700-1600 cm-1. |
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Determinação das estruturas secundárias de proteínas, em estado sólido, por FTIRDetermination of protein secondary structures in the solid state by FTIRFTIRFTIRproteinproteínasA espectroscopia de Infravermelho com Transformada de Fourier (FTIR) foi usada na análise das estruturas secundárias de proteínas liofilizadas em pastilhas de KBr. Usou-se inicialmente o ajuste e a deconvolução de Fourier para aumentar a resolução da banda de amida I. A quantificação foi baseada nas atribuições dos espectros em solução e apresentam baixa correlação com as estruturas secundárias da mesma proteína calculadas a partir dos dados de raios X. Para estudar a fonte dessa baixa correlação analisou-se os métodos de aumento de resolução: derivada deconvolução de Fourier e ajuste do sinal original e deconvoluído em espectros simulados. Este estudo demonstrou que há vários problemas com esses métodos. Analisou-se também as 14 proteínas com os métodos de reconhecimento de padrões (PLS e PCR), usando a região de 1800 a 1200 cm-1 e os algoritmos de Kabsch & Sander (KS). Kabsch & Sander melhorado (KSM) e Levitt & Greer (LG) para calcular as estruturas secundárias a partir dos dados de raios X. A melhor correlação (0.82 para α-hélice e folhas-β) foi obtida com LG e KSM e com a banda de amida I, 1700-1600 cm-1.The Fourier Transform lnfrared Spectroscopy (FTIR) was applied to the analysis of the secondary structure of protein in KBr matrix. We first use fitting and deconvolution methods to enhance the resoloJtion of the amide I band. The quantification was based in the bands assignment from solution spectra and show poor correlation to the secondary structure from X rays data. To understand the source of this low correlation we analyzed the resolution enhancement methods: derivation, Fourier deconvolution and fitting of the original and deconvoluted signals applied to simulated spectra. This study shows several problems with these methods. We also analyzed 14 proteins with pattern recognition methods (PCR and PLS), using the 1800-1200 cm-1 region and Kabsch & Sander (KS), Enhanced Kabsch & Sander (KSM) and Levitt & Greer (LG) algorithm to calculate the secondary structure from X-rays data. The better correlation (0.82 for αhelix and βsheet) was obtained with LG and KSM algorithm and amide I band (1700-1600 cm-1).Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPColnago, Luiz AlbertoForato, Lucimara Aparecida1996-09-12info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75131/tde-30062025-141015/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-07-11T12:00:02Zoai:teses.usp.br:tde-30062025-141015Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-07-11T12:00:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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