Associação da prova genômica com o desempenho reprodutivo de programas de inseminação artificial e transferência de embrião em vacas Holandesas

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2022
Autor(a) principal: Mendes, João Padilha Gandara
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10131/tde-07072022-111326/
Resumo: Com o advento da seleção genômica foi possível estimar as características funcionais e produtivas da progênie com base na análise de milhares de marcadores moleculares, permitindo assim estimar seu potencial melhorador em relação ao rebanho. As associações dos genótipos com os fenótipos podem ser estimadas e combinadas para formar previsões. O objetivo deste estudo é avaliar os valores de predições genômicas e sua associação com o fenótipo expressado por índices reprodutivos de um rebanho de vacas de raça Holandesa Preto e Branco mantidas em clima tropical. Os dados foram coletados de programas de inseminação artificial (Experimento 1) e de transferência de embrião (Experimento 2) realizados em uma fazenda comercial localizada no município de Descalvado SP, durante os anos de 2017 a 2020. Os valores preditivos dos testes genômicos [taxa de prenhes das filhas (DPR), taxa de concepção das novilhas (HCR), taxa de concepção das vacas (CCR), índice de fertilidade (FI) e consanguinidade genômica (CG)] foram analisados utilizando painel de 12 mil marcadores (Clarifide Holandês®) e comparados com os índices de desempenho reprodutivo do rebanho: Experimento 1) Programas de inseminação artificial, compreendendo as variáveis: número de serviço por concepção das novilhas (Serv/ConcepNov); idade ao primeiro parto (IPP); número de serviço por concepção das primíparas (Serv/ConcepPrim)e intervalo entre partos (primeiro e segundo parto) (IEP); e Experimento 2) Programas de transferência de embrião, compreendendo as variáveis: número de oócitos recuperados por OPU (NOR/OPU), taxa de blastocisto (TX-BL), número de embrião por OPU (Emb/OPU) e taxa de prenhes por TE (P/TE). No Experimento 1 foi verificado associação da DPR na Serv/ConcepNov (P=0,0033), Serv/ConcepPrim (P=0,0001) e IEP (P=0,0001). Entretanto, não foi verificado efeito de DPR na IPP (P=0,353). Para HCR verificou-se efeito positivo para Serv/ConcepNov (P=0,0407), IPP (P=0,0417), Serv/ConcepPrim (P=0,0297) e IEP (P=0,0182). Quanto ao CCR, verificou-se- associação positiva para Serv/ConcepNov (P=0,0033), IPP (P=0,0347), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) e IEP (P= 0.0001). Para FI, nota-se efeito positivo para Serv/ConcepNov (P=0,0031), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) e IEP (P=0,0001). Entretanto, não foi verificado associação com IPP (P=0,241). Quanto ao CG, associação positiva foi verificada para IPP (P=0,006) e IEP (P=0,0113). Entretanto, não se verificou efeito de CG para Serv/ConcepNov (P=0,139) e Serv/ConcepPrim (P=0,524). No Experimento 2, a DPR foi positivamente associada a NOR/OPU (P<0.0001) e Emb/OPU (P= 0.0166). No entanto, o TX-BL (P=0,8834) e o P/TE (P=0,3112) não associados com a DPR. O HCR foi associado positivamente com NOR/OPU (P<0,0001). Entretanto não foi associado ao TX-BL (P=0,5228), Emb/OPU (P=0,0793) e P/TE (P=0,478). Verificou-se associação positiva entre a CCR e NOR/OPU (P<0,0001) e Emb/OPU (P=0,0211). Entretanto a TX-BL (P=0,6651) e a P/TE (P=0,2166) não foram associadas com a CCR. O FI também foi associado positivamente com o NOR/OPU (P<0,0001) e o Emb/OPU (P=0,0374). Entretanto a TX-BL (P=0,8958) e a P/TE (P=0,3470) não foram associadas com a FI. A CG foi associada positivamente somente com Emb/OPU (P<0,001) e não foram verificados efeitos para NOR/OPU (P<0,161), TX-BL (P=0,798) e P/TE (P=0,5417). Conclui- se no Experimento 1 que o Serv/ConcepNov foi associado positivamente com o DPR, HCR, CCR e FI; o IPP com HCR, CCR e CG; o Serv/ConcepPrim com DPR, HCR, CCR e FI; e o IEP com DPR, HCR, CCR, FI e CG. No Experimento 2, foi observado associação positiva entre NOR/OPU e DPR, HCR, CCR e FI; entre Emb/OPU e DPR, CCR, FI e CG. Entretanto, não se verificou associação entre TX-BL e P/TE com as variáveis genômicas estudadas.
id USP_ebffc585987d90645c9bd3e5e35b1ef5
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-07072022-111326
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling Associação da prova genômica com o desempenho reprodutivo de programas de inseminação artificial e transferência de embrião em vacas HolandesasAssociation of genomic test with reproductive performance on artificial insemination and embryo transfer programs in Holstein cowsDairy cowsFertilidadeFertilityGenomic predictionGenomic selectionPredição genômicaSeleção genômicaVacas de leiteCom o advento da seleção genômica foi possível estimar as características funcionais e produtivas da progênie com base na análise de milhares de marcadores moleculares, permitindo assim estimar seu potencial melhorador em relação ao rebanho. As associações dos genótipos com os fenótipos podem ser estimadas e combinadas para formar previsões. O objetivo deste estudo é avaliar os valores de predições genômicas e sua associação com o fenótipo expressado por índices reprodutivos de um rebanho de vacas de raça Holandesa Preto e Branco mantidas em clima tropical. Os dados foram coletados de programas de inseminação artificial (Experimento 1) e de transferência de embrião (Experimento 2) realizados em uma fazenda comercial localizada no município de Descalvado SP, durante os anos de 2017 a 2020. Os valores preditivos dos testes genômicos [taxa de prenhes das filhas (DPR), taxa de concepção das novilhas (HCR), taxa de concepção das vacas (CCR), índice de fertilidade (FI) e consanguinidade genômica (CG)] foram analisados utilizando painel de 12 mil marcadores (Clarifide Holandês®) e comparados com os índices de desempenho reprodutivo do rebanho: Experimento 1) Programas de inseminação artificial, compreendendo as variáveis: número de serviço por concepção das novilhas (Serv/ConcepNov); idade ao primeiro parto (IPP); número de serviço por concepção das primíparas (Serv/ConcepPrim)e intervalo entre partos (primeiro e segundo parto) (IEP); e Experimento 2) Programas de transferência de embrião, compreendendo as variáveis: número de oócitos recuperados por OPU (NOR/OPU), taxa de blastocisto (TX-BL), número de embrião por OPU (Emb/OPU) e taxa de prenhes por TE (P/TE). No Experimento 1 foi verificado associação da DPR na Serv/ConcepNov (P=0,0033), Serv/ConcepPrim (P=0,0001) e IEP (P=0,0001). Entretanto, não foi verificado efeito de DPR na IPP (P=0,353). Para HCR verificou-se efeito positivo para Serv/ConcepNov (P=0,0407), IPP (P=0,0417), Serv/ConcepPrim (P=0,0297) e IEP (P=0,0182). Quanto ao CCR, verificou-se- associação positiva para Serv/ConcepNov (P=0,0033), IPP (P=0,0347), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) e IEP (P= 0.0001). Para FI, nota-se efeito positivo para Serv/ConcepNov (P=0,0031), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) e IEP (P=0,0001). Entretanto, não foi verificado associação com IPP (P=0,241). Quanto ao CG, associação positiva foi verificada para IPP (P=0,006) e IEP (P=0,0113). Entretanto, não se verificou efeito de CG para Serv/ConcepNov (P=0,139) e Serv/ConcepPrim (P=0,524). No Experimento 2, a DPR foi positivamente associada a NOR/OPU (P<0.0001) e Emb/OPU (P= 0.0166). No entanto, o TX-BL (P=0,8834) e o P/TE (P=0,3112) não associados com a DPR. O HCR foi associado positivamente com NOR/OPU (P<0,0001). Entretanto não foi associado ao TX-BL (P=0,5228), Emb/OPU (P=0,0793) e P/TE (P=0,478). Verificou-se associação positiva entre a CCR e NOR/OPU (P<0,0001) e Emb/OPU (P=0,0211). Entretanto a TX-BL (P=0,6651) e a P/TE (P=0,2166) não foram associadas com a CCR. O FI também foi associado positivamente com o NOR/OPU (P<0,0001) e o Emb/OPU (P=0,0374). Entretanto a TX-BL (P=0,8958) e a P/TE (P=0,3470) não foram associadas com a FI. A CG foi associada positivamente somente com Emb/OPU (P<0,001) e não foram verificados efeitos para NOR/OPU (P<0,161), TX-BL (P=0,798) e P/TE (P=0,5417). Conclui- se no Experimento 1 que o Serv/ConcepNov foi associado positivamente com o DPR, HCR, CCR e FI; o IPP com HCR, CCR e CG; o Serv/ConcepPrim com DPR, HCR, CCR e FI; e o IEP com DPR, HCR, CCR, FI e CG. No Experimento 2, foi observado associação positiva entre NOR/OPU e DPR, HCR, CCR e FI; entre Emb/OPU e DPR, CCR, FI e CG. Entretanto, não se verificou associação entre TX-BL e P/TE com as variáveis genômicas estudadas.With the advent of genomic selection, it was possible to estimate the functional and productive characteristics of the progeny based on the analysis of thousands of molecular markers, thus allowing the estimation of their improvement potential in relation to the herd. The associations of genotypes with phenotypes can be estimated and combined to form predictions. The objective of this study is to evaluate the values of genomic predictions and their association with the phenotype expressed by reproductive indices of a herd of Black and White Holstein cows kept in a tropical climate. Data were collected from artificial insemination (Experiment 1) and embryo transfer (Experiment 2) programs carried out on a commercial farm located in Descalvado - SP, during the years 2017 to 2020. Predictive values of the genomic tests [daughter pregnancy rate (DPR), heifer conception rate (HCR), cow conception rate (CCR), fertility index (FI) and inbreeding (CG)] were analyzed using a panel of 12 thousand markers (Clarifide Holstein®) and compared with the reproductive performance indices of the herd: Experiment 1) Artificial insemination programs, comprising the variables: number of service per conception of heifers (Serv/ConcepNov); age at first calving (IPP); number of services per conception of primiparous (Serv/ConcepPrim) and interval between calving (first and second calving; IEP); and Experiment 2) Embryo transfer programs, comprising the variables: number of oocytes recovered per OPU (NOR/OPU), blastocyst rate (TX-BL), number of embryos per OPU (Emb/OPU) and pregnancy rate per ET (P/TE). In Experiment 1, association of DPR and Serv/ConcepNov (P=0.0033), Serv/ConcepPrim (P=0.0001), IEP (P=0.0001) was verified. However, there was no effect of DPR on PPI (P=0.353). For HCR, there was a positive effect for Serv/ConcepNov (P=0.0407), IPP (P=0.0417), Serv/ConcepPrim (P=0.0297) and IEP (P=0.0182). As for CCR, there was a positive association for Serv/ConcepNov (P=0.0033), PPI (P=0.0347), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) and IEP (P= 0.0001). For FI, there is a positive effect for Serv/ConcepNov (P=0.0031), Serv/ConcepPrim (P<0.0001) and IEP (P=0.0001). However, there was no association between FI and PPI (P=0.241). As for CG, a positive association was verified for PPI (P=0.006) and IEP (P=0.0113). However, there was no effect of CG for Serv/ConcepNov (P=0.139) and Serv/ConcepPrim (P=0.524). In Experiment 2, DPR was positively associated with NOR/OPU (P<0.0001) and Emb/OPU (P= 0.0166). However, TX-BL (P=0.8834) and P/TE (P=0.3112) were not associated with DPR. HCR was positively associated with NOR/OPU (P<0.0001). However, it was not associated with TX-BL (P=0.5228), Emb/OPU (P=0.0793) and P/TE (P=0.478). There was a positive association between CCR and NOR/OPU (P<0.0001) and Emb/OPU (P=0.0211). However, TX-BL (P=0.6651) and P/TE (P=0.2166) were not associated with CCR. FI was also positively associated with NOR/OPU (P<0.0001) and Emb/OPU (P=0.0374). However, TX-BL (P=0.8958) and P/TE (P=0.3470) were not associated with FI. CG was positively associated only with Emb/OPU (P<0.001) and no effects were observed for NOR/OPU (P<0.161), TX-BL (P=0.798) and P/TE (P=0.5417). It was concluded in Experiment 1 that the Serv/ConcepNov was positively associated with DPR, HCR, CCR and FI; the IPP with HCR, CCR and CG; the Serv/ConcepPrim with DPR, HCR, CCR and FI; and the IEP with DPR, HCR, CCR, FI and CG. In Experiment 2, a positive association was observed between NOR/OPU and DPR, HCR, CCR and FI; between Emb/OPU and DPR, CCR, FI and CG. However, there was no association between TX-BL and P/TE with the genomic variables studied.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPBaruselli, Pietro SampaioMendes, João Padilha Gandara2022-05-04info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10131/tde-07072022-111326/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2022-08-23T12:39:19Zoai:teses.usp.br:tde-07072022-111326Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212022-08-23T12:39:19Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Associação da prova genômica com o desempenho reprodutivo de programas de inseminação artificial e transferência de embrião em vacas Holandesas
Association of genomic test with reproductive performance on artificial insemination and embryo transfer programs in Holstein cows
title Associação da prova genômica com o desempenho reprodutivo de programas de inseminação artificial e transferência de embrião em vacas Holandesas
spellingShingle Associação da prova genômica com o desempenho reprodutivo de programas de inseminação artificial e transferência de embrião em vacas Holandesas
Mendes, João Padilha Gandara
Dairy cows
Fertilidade
Fertility
Genomic prediction
Genomic selection
Predição genômica
Seleção genômica
Vacas de leite
title_short Associação da prova genômica com o desempenho reprodutivo de programas de inseminação artificial e transferência de embrião em vacas Holandesas
title_full Associação da prova genômica com o desempenho reprodutivo de programas de inseminação artificial e transferência de embrião em vacas Holandesas
title_fullStr Associação da prova genômica com o desempenho reprodutivo de programas de inseminação artificial e transferência de embrião em vacas Holandesas
title_full_unstemmed Associação da prova genômica com o desempenho reprodutivo de programas de inseminação artificial e transferência de embrião em vacas Holandesas
title_sort Associação da prova genômica com o desempenho reprodutivo de programas de inseminação artificial e transferência de embrião em vacas Holandesas
author Mendes, João Padilha Gandara
author_facet Mendes, João Padilha Gandara
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Baruselli, Pietro Sampaio
dc.contributor.author.fl_str_mv Mendes, João Padilha Gandara
dc.subject.por.fl_str_mv Dairy cows
Fertilidade
Fertility
Genomic prediction
Genomic selection
Predição genômica
Seleção genômica
Vacas de leite
topic Dairy cows
Fertilidade
Fertility
Genomic prediction
Genomic selection
Predição genômica
Seleção genômica
Vacas de leite
description Com o advento da seleção genômica foi possível estimar as características funcionais e produtivas da progênie com base na análise de milhares de marcadores moleculares, permitindo assim estimar seu potencial melhorador em relação ao rebanho. As associações dos genótipos com os fenótipos podem ser estimadas e combinadas para formar previsões. O objetivo deste estudo é avaliar os valores de predições genômicas e sua associação com o fenótipo expressado por índices reprodutivos de um rebanho de vacas de raça Holandesa Preto e Branco mantidas em clima tropical. Os dados foram coletados de programas de inseminação artificial (Experimento 1) e de transferência de embrião (Experimento 2) realizados em uma fazenda comercial localizada no município de Descalvado SP, durante os anos de 2017 a 2020. Os valores preditivos dos testes genômicos [taxa de prenhes das filhas (DPR), taxa de concepção das novilhas (HCR), taxa de concepção das vacas (CCR), índice de fertilidade (FI) e consanguinidade genômica (CG)] foram analisados utilizando painel de 12 mil marcadores (Clarifide Holandês®) e comparados com os índices de desempenho reprodutivo do rebanho: Experimento 1) Programas de inseminação artificial, compreendendo as variáveis: número de serviço por concepção das novilhas (Serv/ConcepNov); idade ao primeiro parto (IPP); número de serviço por concepção das primíparas (Serv/ConcepPrim)e intervalo entre partos (primeiro e segundo parto) (IEP); e Experimento 2) Programas de transferência de embrião, compreendendo as variáveis: número de oócitos recuperados por OPU (NOR/OPU), taxa de blastocisto (TX-BL), número de embrião por OPU (Emb/OPU) e taxa de prenhes por TE (P/TE). No Experimento 1 foi verificado associação da DPR na Serv/ConcepNov (P=0,0033), Serv/ConcepPrim (P=0,0001) e IEP (P=0,0001). Entretanto, não foi verificado efeito de DPR na IPP (P=0,353). Para HCR verificou-se efeito positivo para Serv/ConcepNov (P=0,0407), IPP (P=0,0417), Serv/ConcepPrim (P=0,0297) e IEP (P=0,0182). Quanto ao CCR, verificou-se- associação positiva para Serv/ConcepNov (P=0,0033), IPP (P=0,0347), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) e IEP (P= 0.0001). Para FI, nota-se efeito positivo para Serv/ConcepNov (P=0,0031), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) e IEP (P=0,0001). Entretanto, não foi verificado associação com IPP (P=0,241). Quanto ao CG, associação positiva foi verificada para IPP (P=0,006) e IEP (P=0,0113). Entretanto, não se verificou efeito de CG para Serv/ConcepNov (P=0,139) e Serv/ConcepPrim (P=0,524). No Experimento 2, a DPR foi positivamente associada a NOR/OPU (P<0.0001) e Emb/OPU (P= 0.0166). No entanto, o TX-BL (P=0,8834) e o P/TE (P=0,3112) não associados com a DPR. O HCR foi associado positivamente com NOR/OPU (P<0,0001). Entretanto não foi associado ao TX-BL (P=0,5228), Emb/OPU (P=0,0793) e P/TE (P=0,478). Verificou-se associação positiva entre a CCR e NOR/OPU (P<0,0001) e Emb/OPU (P=0,0211). Entretanto a TX-BL (P=0,6651) e a P/TE (P=0,2166) não foram associadas com a CCR. O FI também foi associado positivamente com o NOR/OPU (P<0,0001) e o Emb/OPU (P=0,0374). Entretanto a TX-BL (P=0,8958) e a P/TE (P=0,3470) não foram associadas com a FI. A CG foi associada positivamente somente com Emb/OPU (P<0,001) e não foram verificados efeitos para NOR/OPU (P<0,161), TX-BL (P=0,798) e P/TE (P=0,5417). Conclui- se no Experimento 1 que o Serv/ConcepNov foi associado positivamente com o DPR, HCR, CCR e FI; o IPP com HCR, CCR e CG; o Serv/ConcepPrim com DPR, HCR, CCR e FI; e o IEP com DPR, HCR, CCR, FI e CG. No Experimento 2, foi observado associação positiva entre NOR/OPU e DPR, HCR, CCR e FI; entre Emb/OPU e DPR, CCR, FI e CG. Entretanto, não se verificou associação entre TX-BL e P/TE com as variáveis genômicas estudadas.
publishDate 2022
dc.date.none.fl_str_mv 2022-05-04
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10131/tde-07072022-111326/
url https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10131/tde-07072022-111326/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815257963026186240