Associação da prova genômica com o desempenho reprodutivo de programas de inseminação artificial e transferência de embrião em vacas Holandesas
Ano de defesa: | 2022 |
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Resumo: | Com o advento da seleção genômica foi possível estimar as características funcionais e produtivas da progênie com base na análise de milhares de marcadores moleculares, permitindo assim estimar seu potencial melhorador em relação ao rebanho. As associações dos genótipos com os fenótipos podem ser estimadas e combinadas para formar previsões. O objetivo deste estudo é avaliar os valores de predições genômicas e sua associação com o fenótipo expressado por índices reprodutivos de um rebanho de vacas de raça Holandesa Preto e Branco mantidas em clima tropical. Os dados foram coletados de programas de inseminação artificial (Experimento 1) e de transferência de embrião (Experimento 2) realizados em uma fazenda comercial localizada no município de Descalvado SP, durante os anos de 2017 a 2020. Os valores preditivos dos testes genômicos [taxa de prenhes das filhas (DPR), taxa de concepção das novilhas (HCR), taxa de concepção das vacas (CCR), índice de fertilidade (FI) e consanguinidade genômica (CG)] foram analisados utilizando painel de 12 mil marcadores (Clarifide Holandês®) e comparados com os índices de desempenho reprodutivo do rebanho: Experimento 1) Programas de inseminação artificial, compreendendo as variáveis: número de serviço por concepção das novilhas (Serv/ConcepNov); idade ao primeiro parto (IPP); número de serviço por concepção das primíparas (Serv/ConcepPrim)e intervalo entre partos (primeiro e segundo parto) (IEP); e Experimento 2) Programas de transferência de embrião, compreendendo as variáveis: número de oócitos recuperados por OPU (NOR/OPU), taxa de blastocisto (TX-BL), número de embrião por OPU (Emb/OPU) e taxa de prenhes por TE (P/TE). No Experimento 1 foi verificado associação da DPR na Serv/ConcepNov (P=0,0033), Serv/ConcepPrim (P=0,0001) e IEP (P=0,0001). Entretanto, não foi verificado efeito de DPR na IPP (P=0,353). Para HCR verificou-se efeito positivo para Serv/ConcepNov (P=0,0407), IPP (P=0,0417), Serv/ConcepPrim (P=0,0297) e IEP (P=0,0182). Quanto ao CCR, verificou-se- associação positiva para Serv/ConcepNov (P=0,0033), IPP (P=0,0347), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) e IEP (P= 0.0001). Para FI, nota-se efeito positivo para Serv/ConcepNov (P=0,0031), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) e IEP (P=0,0001). Entretanto, não foi verificado associação com IPP (P=0,241). Quanto ao CG, associação positiva foi verificada para IPP (P=0,006) e IEP (P=0,0113). Entretanto, não se verificou efeito de CG para Serv/ConcepNov (P=0,139) e Serv/ConcepPrim (P=0,524). No Experimento 2, a DPR foi positivamente associada a NOR/OPU (P<0.0001) e Emb/OPU (P= 0.0166). No entanto, o TX-BL (P=0,8834) e o P/TE (P=0,3112) não associados com a DPR. O HCR foi associado positivamente com NOR/OPU (P<0,0001). Entretanto não foi associado ao TX-BL (P=0,5228), Emb/OPU (P=0,0793) e P/TE (P=0,478). Verificou-se associação positiva entre a CCR e NOR/OPU (P<0,0001) e Emb/OPU (P=0,0211). Entretanto a TX-BL (P=0,6651) e a P/TE (P=0,2166) não foram associadas com a CCR. O FI também foi associado positivamente com o NOR/OPU (P<0,0001) e o Emb/OPU (P=0,0374). Entretanto a TX-BL (P=0,8958) e a P/TE (P=0,3470) não foram associadas com a FI. A CG foi associada positivamente somente com Emb/OPU (P<0,001) e não foram verificados efeitos para NOR/OPU (P<0,161), TX-BL (P=0,798) e P/TE (P=0,5417). Conclui- se no Experimento 1 que o Serv/ConcepNov foi associado positivamente com o DPR, HCR, CCR e FI; o IPP com HCR, CCR e CG; o Serv/ConcepPrim com DPR, HCR, CCR e FI; e o IEP com DPR, HCR, CCR, FI e CG. No Experimento 2, foi observado associação positiva entre NOR/OPU e DPR, HCR, CCR e FI; entre Emb/OPU e DPR, CCR, FI e CG. Entretanto, não se verificou associação entre TX-BL e P/TE com as variáveis genômicas estudadas. |
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Associação da prova genômica com o desempenho reprodutivo de programas de inseminação artificial e transferência de embrião em vacas HolandesasAssociation of genomic test with reproductive performance on artificial insemination and embryo transfer programs in Holstein cowsDairy cowsFertilidadeFertilityGenomic predictionGenomic selectionPredição genômicaSeleção genômicaVacas de leiteCom o advento da seleção genômica foi possível estimar as características funcionais e produtivas da progênie com base na análise de milhares de marcadores moleculares, permitindo assim estimar seu potencial melhorador em relação ao rebanho. As associações dos genótipos com os fenótipos podem ser estimadas e combinadas para formar previsões. O objetivo deste estudo é avaliar os valores de predições genômicas e sua associação com o fenótipo expressado por índices reprodutivos de um rebanho de vacas de raça Holandesa Preto e Branco mantidas em clima tropical. Os dados foram coletados de programas de inseminação artificial (Experimento 1) e de transferência de embrião (Experimento 2) realizados em uma fazenda comercial localizada no município de Descalvado SP, durante os anos de 2017 a 2020. Os valores preditivos dos testes genômicos [taxa de prenhes das filhas (DPR), taxa de concepção das novilhas (HCR), taxa de concepção das vacas (CCR), índice de fertilidade (FI) e consanguinidade genômica (CG)] foram analisados utilizando painel de 12 mil marcadores (Clarifide Holandês®) e comparados com os índices de desempenho reprodutivo do rebanho: Experimento 1) Programas de inseminação artificial, compreendendo as variáveis: número de serviço por concepção das novilhas (Serv/ConcepNov); idade ao primeiro parto (IPP); número de serviço por concepção das primíparas (Serv/ConcepPrim)e intervalo entre partos (primeiro e segundo parto) (IEP); e Experimento 2) Programas de transferência de embrião, compreendendo as variáveis: número de oócitos recuperados por OPU (NOR/OPU), taxa de blastocisto (TX-BL), número de embrião por OPU (Emb/OPU) e taxa de prenhes por TE (P/TE). No Experimento 1 foi verificado associação da DPR na Serv/ConcepNov (P=0,0033), Serv/ConcepPrim (P=0,0001) e IEP (P=0,0001). Entretanto, não foi verificado efeito de DPR na IPP (P=0,353). Para HCR verificou-se efeito positivo para Serv/ConcepNov (P=0,0407), IPP (P=0,0417), Serv/ConcepPrim (P=0,0297) e IEP (P=0,0182). Quanto ao CCR, verificou-se- associação positiva para Serv/ConcepNov (P=0,0033), IPP (P=0,0347), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) e IEP (P= 0.0001). Para FI, nota-se efeito positivo para Serv/ConcepNov (P=0,0031), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) e IEP (P=0,0001). Entretanto, não foi verificado associação com IPP (P=0,241). Quanto ao CG, associação positiva foi verificada para IPP (P=0,006) e IEP (P=0,0113). Entretanto, não se verificou efeito de CG para Serv/ConcepNov (P=0,139) e Serv/ConcepPrim (P=0,524). No Experimento 2, a DPR foi positivamente associada a NOR/OPU (P<0.0001) e Emb/OPU (P= 0.0166). No entanto, o TX-BL (P=0,8834) e o P/TE (P=0,3112) não associados com a DPR. O HCR foi associado positivamente com NOR/OPU (P<0,0001). Entretanto não foi associado ao TX-BL (P=0,5228), Emb/OPU (P=0,0793) e P/TE (P=0,478). Verificou-se associação positiva entre a CCR e NOR/OPU (P<0,0001) e Emb/OPU (P=0,0211). Entretanto a TX-BL (P=0,6651) e a P/TE (P=0,2166) não foram associadas com a CCR. O FI também foi associado positivamente com o NOR/OPU (P<0,0001) e o Emb/OPU (P=0,0374). Entretanto a TX-BL (P=0,8958) e a P/TE (P=0,3470) não foram associadas com a FI. A CG foi associada positivamente somente com Emb/OPU (P<0,001) e não foram verificados efeitos para NOR/OPU (P<0,161), TX-BL (P=0,798) e P/TE (P=0,5417). Conclui- se no Experimento 1 que o Serv/ConcepNov foi associado positivamente com o DPR, HCR, CCR e FI; o IPP com HCR, CCR e CG; o Serv/ConcepPrim com DPR, HCR, CCR e FI; e o IEP com DPR, HCR, CCR, FI e CG. No Experimento 2, foi observado associação positiva entre NOR/OPU e DPR, HCR, CCR e FI; entre Emb/OPU e DPR, CCR, FI e CG. Entretanto, não se verificou associação entre TX-BL e P/TE com as variáveis genômicas estudadas.With the advent of genomic selection, it was possible to estimate the functional and productive characteristics of the progeny based on the analysis of thousands of molecular markers, thus allowing the estimation of their improvement potential in relation to the herd. The associations of genotypes with phenotypes can be estimated and combined to form predictions. The objective of this study is to evaluate the values of genomic predictions and their association with the phenotype expressed by reproductive indices of a herd of Black and White Holstein cows kept in a tropical climate. Data were collected from artificial insemination (Experiment 1) and embryo transfer (Experiment 2) programs carried out on a commercial farm located in Descalvado - SP, during the years 2017 to 2020. Predictive values of the genomic tests [daughter pregnancy rate (DPR), heifer conception rate (HCR), cow conception rate (CCR), fertility index (FI) and inbreeding (CG)] were analyzed using a panel of 12 thousand markers (Clarifide Holstein®) and compared with the reproductive performance indices of the herd: Experiment 1) Artificial insemination programs, comprising the variables: number of service per conception of heifers (Serv/ConcepNov); age at first calving (IPP); number of services per conception of primiparous (Serv/ConcepPrim) and interval between calving (first and second calving; IEP); and Experiment 2) Embryo transfer programs, comprising the variables: number of oocytes recovered per OPU (NOR/OPU), blastocyst rate (TX-BL), number of embryos per OPU (Emb/OPU) and pregnancy rate per ET (P/TE). In Experiment 1, association of DPR and Serv/ConcepNov (P=0.0033), Serv/ConcepPrim (P=0.0001), IEP (P=0.0001) was verified. However, there was no effect of DPR on PPI (P=0.353). For HCR, there was a positive effect for Serv/ConcepNov (P=0.0407), IPP (P=0.0417), Serv/ConcepPrim (P=0.0297) and IEP (P=0.0182). As for CCR, there was a positive association for Serv/ConcepNov (P=0.0033), PPI (P=0.0347), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) and IEP (P= 0.0001). For FI, there is a positive effect for Serv/ConcepNov (P=0.0031), Serv/ConcepPrim (P<0.0001) and IEP (P=0.0001). However, there was no association between FI and PPI (P=0.241). As for CG, a positive association was verified for PPI (P=0.006) and IEP (P=0.0113). However, there was no effect of CG for Serv/ConcepNov (P=0.139) and Serv/ConcepPrim (P=0.524). In Experiment 2, DPR was positively associated with NOR/OPU (P<0.0001) and Emb/OPU (P= 0.0166). However, TX-BL (P=0.8834) and P/TE (P=0.3112) were not associated with DPR. HCR was positively associated with NOR/OPU (P<0.0001). However, it was not associated with TX-BL (P=0.5228), Emb/OPU (P=0.0793) and P/TE (P=0.478). There was a positive association between CCR and NOR/OPU (P<0.0001) and Emb/OPU (P=0.0211). However, TX-BL (P=0.6651) and P/TE (P=0.2166) were not associated with CCR. FI was also positively associated with NOR/OPU (P<0.0001) and Emb/OPU (P=0.0374). However, TX-BL (P=0.8958) and P/TE (P=0.3470) were not associated with FI. CG was positively associated only with Emb/OPU (P<0.001) and no effects were observed for NOR/OPU (P<0.161), TX-BL (P=0.798) and P/TE (P=0.5417). It was concluded in Experiment 1 that the Serv/ConcepNov was positively associated with DPR, HCR, CCR and FI; the IPP with HCR, CCR and CG; the Serv/ConcepPrim with DPR, HCR, CCR and FI; and the IEP with DPR, HCR, CCR, FI and CG. In Experiment 2, a positive association was observed between NOR/OPU and DPR, HCR, CCR and FI; between Emb/OPU and DPR, CCR, FI and CG. However, there was no association between TX-BL and P/TE with the genomic variables studied.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPBaruselli, Pietro SampaioMendes, João Padilha Gandara2022-05-04info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10131/tde-07072022-111326/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2022-08-23T12:39:19Zoai:teses.usp.br:tde-07072022-111326Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212022-08-23T12:39:19Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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Com o advento da seleção genômica foi possível estimar as características funcionais e produtivas da progênie com base na análise de milhares de marcadores moleculares, permitindo assim estimar seu potencial melhorador em relação ao rebanho. As associações dos genótipos com os fenótipos podem ser estimadas e combinadas para formar previsões. O objetivo deste estudo é avaliar os valores de predições genômicas e sua associação com o fenótipo expressado por índices reprodutivos de um rebanho de vacas de raça Holandesa Preto e Branco mantidas em clima tropical. Os dados foram coletados de programas de inseminação artificial (Experimento 1) e de transferência de embrião (Experimento 2) realizados em uma fazenda comercial localizada no município de Descalvado SP, durante os anos de 2017 a 2020. Os valores preditivos dos testes genômicos [taxa de prenhes das filhas (DPR), taxa de concepção das novilhas (HCR), taxa de concepção das vacas (CCR), índice de fertilidade (FI) e consanguinidade genômica (CG)] foram analisados utilizando painel de 12 mil marcadores (Clarifide Holandês®) e comparados com os índices de desempenho reprodutivo do rebanho: Experimento 1) Programas de inseminação artificial, compreendendo as variáveis: número de serviço por concepção das novilhas (Serv/ConcepNov); idade ao primeiro parto (IPP); número de serviço por concepção das primíparas (Serv/ConcepPrim)e intervalo entre partos (primeiro e segundo parto) (IEP); e Experimento 2) Programas de transferência de embrião, compreendendo as variáveis: número de oócitos recuperados por OPU (NOR/OPU), taxa de blastocisto (TX-BL), número de embrião por OPU (Emb/OPU) e taxa de prenhes por TE (P/TE). No Experimento 1 foi verificado associação da DPR na Serv/ConcepNov (P=0,0033), Serv/ConcepPrim (P=0,0001) e IEP (P=0,0001). Entretanto, não foi verificado efeito de DPR na IPP (P=0,353). Para HCR verificou-se efeito positivo para Serv/ConcepNov (P=0,0407), IPP (P=0,0417), Serv/ConcepPrim (P=0,0297) e IEP (P=0,0182). Quanto ao CCR, verificou-se- associação positiva para Serv/ConcepNov (P=0,0033), IPP (P=0,0347), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) e IEP (P= 0.0001). Para FI, nota-se efeito positivo para Serv/ConcepNov (P=0,0031), Serv/ConcepPrim (P< 0.0001) e IEP (P=0,0001). Entretanto, não foi verificado associação com IPP (P=0,241). Quanto ao CG, associação positiva foi verificada para IPP (P=0,006) e IEP (P=0,0113). Entretanto, não se verificou efeito de CG para Serv/ConcepNov (P=0,139) e Serv/ConcepPrim (P=0,524). No Experimento 2, a DPR foi positivamente associada a NOR/OPU (P<0.0001) e Emb/OPU (P= 0.0166). No entanto, o TX-BL (P=0,8834) e o P/TE (P=0,3112) não associados com a DPR. O HCR foi associado positivamente com NOR/OPU (P<0,0001). Entretanto não foi associado ao TX-BL (P=0,5228), Emb/OPU (P=0,0793) e P/TE (P=0,478). Verificou-se associação positiva entre a CCR e NOR/OPU (P<0,0001) e Emb/OPU (P=0,0211). Entretanto a TX-BL (P=0,6651) e a P/TE (P=0,2166) não foram associadas com a CCR. O FI também foi associado positivamente com o NOR/OPU (P<0,0001) e o Emb/OPU (P=0,0374). Entretanto a TX-BL (P=0,8958) e a P/TE (P=0,3470) não foram associadas com a FI. A CG foi associada positivamente somente com Emb/OPU (P<0,001) e não foram verificados efeitos para NOR/OPU (P<0,161), TX-BL (P=0,798) e P/TE (P=0,5417). Conclui- se no Experimento 1 que o Serv/ConcepNov foi associado positivamente com o DPR, HCR, CCR e FI; o IPP com HCR, CCR e CG; o Serv/ConcepPrim com DPR, HCR, CCR e FI; e o IEP com DPR, HCR, CCR, FI e CG. No Experimento 2, foi observado associação positiva entre NOR/OPU e DPR, HCR, CCR e FI; entre Emb/OPU e DPR, CCR, FI e CG. Entretanto, não se verificou associação entre TX-BL e P/TE com as variáveis genômicas estudadas. |
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