Detecção de variantes de preocupação (VOCs) do SARS-CoV-2 no extremo sul do Brasil.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2024
Autor(a) principal: Silva, Leonardo Francisco da
Orientador(a): Pasqualim, Gabriela
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
COVID-19
SARS-CoV-2
Pandemia
Vigilância Genômica
Pandemic
Genomic Surveillance
Link de acesso: https://repositorio.furg.br/handle/123456789/13312
Resumo: Dissertação (mestrado)
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spelling Silva, Leonardo Francisco da6a192024-4b1a-413b-b8e4-a163ea3162afPasqualim, Gabriela2026-07-17T18:06:20Z2024SILVA, Leonardo Francisco da. Detecção de variantes de preocupação (VOCs) do SARS-CoV-2 no extremo sul do Brasil. 2024. 88 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, 2024.https://repositorio.furg.br/handle/123456789/13312Dissertação (mestrado)A pandemia de COVID-19 provocada pelo SARS-CoV-2 aconteceu em um período histórico de grande globalização que permitiu com que a circulação do vírus acontecesse de maneira muito mais rápida e trouxesse grandes consequências. A detecção de variantes do SARS-CoV-2 através do sequenciamento completo do genoma viral representa o padrão-ouro dentro da vigilância genômica, porém ainda inacessível a algumas regiões mais distantes como o extremo sul do país pelo seu alto custo e necessidade de mão de obra qualificada. O objetivo desse projeto foi a detecção de variantes de preocupação no extremo sul do Brasil através de metodologias de vigilância genômica mais acessíveis. Neste estudo foi realizada a análise de 363 amostras de swab nasofaríngeo provenientes de um laboratório de referência em infectologia na cidade de Rio Grande, no extremo sul do Brasil, coletadas no período de janeiro a junho de 2022. Elaboramos um pacote de ensaios para detecção de mutações-chave por genotipagem baseando-se no perfil das variantes circulantes no período do estudo no Brasil e no mundo. Algumas destas amostras (n=67) foram selecionadas aleatoriamente por semana epidemiológica para a realização do sequenciamento parcial da região RBD. Durante o período de estudo houve um grande domínio da variante Ômicron presentes nas amostras do estudo, com a BA.1 dominando o período de janeiro a março, tendo o seu domínio substituído no mês de abril pela BA.2 e a partir de junho sendo alcançado pela BA.4/5. O resultado de todas as amostras que foram sequenciadas foram compatíveis com os resultados encontrados pelos ensaios de genotipagem. As variantes BA.2 e BA.2.56 foram detectadas inicialmente nos meses de janeiro e abril, respectivamente, nas amostras do estudo, sendo detectadas um mês antes nas amostras do estudo quando comparadas as sequências depositadas no estado do Rio Grande do Sul no GISAID. Estes pontos levantados podem sugerir que há alguma diferença na circulação viral presente na cidade de Rio Grande quando comparados às demais cidades da região pelas suas características geográficas e epidemiológicas. Técnicas alternativas de vigilância como a genotipagem e o sequenciamento parcial da região RBD garante bons resultados para o monitoramento e triagem de amostras em períodos críticos como a pandemia pela COVID-19, onde não seja possível realizar o sequenciamento completo. Palavra-chave: COVID-19. SARS-CoV-2. Pandemia. Vigilância Genômicta. The COVID-19 pandemic caused by SARS-CoV-2 occurred in a historical period of great globalization that allowed the virus to circulate much faster and bring major consequences. The detection of SARS-CoV-2 variants through complete sequencing of the viral genome represents the gold standard within genomic surveillance, however it is still inaccessible to some more distant regions such as the extreme south of the country due to its high cost and need for manpower. qualified work. The objective of this project was to detect variants of concern in the extreme south of Brazil through more accessible genomic surveillance methodologies. In this study, an analysis was carried out of 363 nasopharyngeal swab samples from a reference laboratory in infectious diseases in the city of Rio Grande, in the extreme south of Brazil, collected from January to June 2022. We developed a package of tests to detect mutations -key by genotyping based on the profile of variants circulating during the study period in Brazil and around the world. Some of these samples (n=67) were randomly selected per epidemiological week to carry out partial sequencing of the RBD region. During the study period there was a great dominance of the Ômicron variant present in the study samples, with BA.1 dominating the period from January to March, having its dominance replaced in April by BA.2 and from June being carried out by BA.4/5. The results of all samples that were sequenced were compatible with the results found by genotyping assays. The BA.2 and BA.2.56 variants were initially detected in the months of January and April, respectively, in the study samples, being blocked a month earlier in the study samples respectively when comparing the sequences deposited in the state of Rio Grande do Sul in GISAID. These points raised may indicate that there is some difference in the viral circulation present in the city of Rio Grande when compared to other cities in the region due to their geographic and epidemiological characteristics. Alternative surveillance techniques such as genotyping and partial sequencing of the RBD region guarantee good results for monitoring and screening samples in critical periods such as the COVID-19 pandemic, where it is not possible to carry out complete sequencing.porCOVID-19SARS-CoV-2PandemiaVigilância GenômicaPandemicGenomic SurveillanceDetecção de variantes de preocupação (VOCs) do SARS-CoV-2 no extremo sul do Brasil.info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis-1info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FURG (RI FURG)instname:Universidade Federal do Rio Grande (FURG)instacron:FURGLICENSElicense.txtWritten by org.dspace.content.LicenseUtilstext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.furg.br/bitstreams/e8029fcc-b8af-4109-bd94-84e34900fae8/downloadbb9bdc0b3349e4284e09149f943790b4MD51falseAnonymousREADORIGINALDETECÇÃO DE VARIANTES DE PREOCUPAÇÃO (VOCs).pdfDETECÇÃO DE VARIANTES DE PREOCUPAÇÃO (VOCs).pdfapplication/pdf10010519https://repositorio.furg.br/bitstreams/f8907e27-a14f-48c7-918a-634e63966e82/download0de7ea8429e5f856a37112e988e4a55aMD53trueAnonymousREADTEXTDETECÇÃO DE VARIANTES DE PREOCUPAÇÃO (VOCs).pdf.txtWritten by FormatFilter org.dspace.app.mediafilter.TikaTextExtractionFilter on 2026-07-18T06:01:54Z (GMT).Extracted texttext/plain103252https://repositorio.furg.br/bitstreams/9be61a97-93b0-4c71-8747-2586753caf6a/downloadf2b49ae6fd0e69cb8c0cc1eda8ad497bMD54falseAnonymousREADTHUMBNAILDETECÇÃO DE VARIANTES DE PREOCUPAÇÃO (VOCs).pdf.jpgWritten by FormatFilter org.dspace.app.mediafilter.PDFBoxThumbnail on 2026-07-18T06:01:54Z (GMT).Generated Thumbnailimage/jpeg2885https://repositorio.furg.br/bitstreams/928a9ef8-277b-4783-b11c-90df378f551b/download234e83e5e25ea5aa8e93b8b0d0fd8d5bMD55falseAnonymousREAD123456789/133122026-09-01 05:51:50.421open.accessoai:repositorio.furg.br:123456789/13312https://repositorio.furg.brRepositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.furg.br/oai/request || http://200.19.254.174/oai/requestrepositorio@furg.br||sib.bdtd@furg.bropendoar:2026-09-01T08:51:50Repositório Institucional da FURG (RI FURG) - Universidade Federal do Rio Grande (FURG)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