Aspectos epidemiológicos, formação de biofilme e rastreamento clonal por espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier dos surtos multicêntricos de Candida auris em Pernambuco, Brasil
| Ano de defesa: | 2026 |
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| Tipo de documento: | Tese |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
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| Instituição de defesa: |
Universidade Federal de Pernambuco
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| Programa de Pós-Graduação: |
Programa de Pos Graduacao em Medicina Tropical
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
Brasil
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/70857 |
Resumo: | Introdução: A emergência de C. auris representa uma ameaça crítica à saúde pública global devido à sua multirresistência e altas taxas de mortalidade. No Brasil, o primeiro caso foi relatado em 2020, e o estado de Pernambuco registrou, em 2022, o maior surto já documentado no país. Embora técnicas como o sequenciamento de rDNA e a espectrometria de massa (MALDI-TOF MS) sejam consideradas padrões-ouro para a identificação ao nível de espécie, elas apresentam limitações na diferenciação rápida de clados e na tipagem de linhagens em tempo real. Nesse contexto, a espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier, surge como uma alternativa inovadora e eficiente para a classificação microbiana em nível (táxon) intra-espécie e o rastreamento de surtos. Objetivo: O estudo teve como objetivos descrever o perfil epidemiológico dos primeiros pacientes colonizados, relatar o único caso de candidemia, avaliar a capacidade de formação de biofilme dos isolados e validar a espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier, como uma ferramenta rápida para a diferenciação de clados e o rastreamento de disseminação clonal entre centros hospitalares. Materiais e métodos: Inicialmente, os isolados obtidos de amostras clínicas dos pacientes internados em hospitais terciários, foram identificados em nível de espécie por metodologia MALDI-TOF MS com confirmação por sequenciamento da região Internal Transcribed Spacer do rDNA. Características epidemiológicas e a realização do teste de sensibilidade aos antifúngicos dos primeiros casos foram descritas. Para avaliar a capacidade de formação de biofilme, utilizou-se o ensaio de atividade metabólica em superfícies de poliestireno. Paralelamente, os isolados foram submetidos a análise por espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier, com protocolo ajustado para otimizar a qualidade dos espectros e avaliar possível clonalidade. Posteriormente, os resultados da tipagem por infravermelho foram validados comparativamente pela técnica de microssatélites Short Tandem Repeat, realizada em laboratório parceiro. Resultados: Todos os isolados de C. auris tiveram sua identidade confirmada, apresentaram-se sensíveis aos antifúngicos e uma alta capacidade de formação de biofilme, superando inclusive a cepa de referência de C. albicans, fator que provavelmente favoreceu a persistência do fungo no ambiente hospitalar. Os resultados revelaram que o protocolo ajustado na análise espectral melhorou a qualidade técnica dos espectros em 31,42%, permitindo a discriminação precisa entre os clados I, II, III e IV. Além disso, a análise das regiões espectrais de carboidratos e lipídeos identificou provável relação clonal entre os isolados de dois hospitais diferentes (Hospital da Restauração e Hospital Tricentenário), sugerindo a transferência de linhagens entre unidades por meio da mobilidade de pacientes, os resultados das análises espectrais foram confirmados pela análise de microssatélites. Conclusão: C. auris apresentou forte aderência às superfícies abióticas, o que favorece a colonização dos pacientes, permanência no ambiente e transmissão cruzada. A análise espectral possibilitou o rastreamento dos isolados identificando a disseminação clonal entre os hospitais, além de discriminar de forma precisa, os quatro clados da levedura. A metodologia demonstrou potencial como uma alternativa rápida e de baixo custo para laboratórios de média e alta complexidade, possibilitando o rastreamento de fontes em tempo real. O aprimoramento das análises espectrais contribuirá para o desenvolvimento de classificadores globais em que o compartilhamento de perfis espectrais entre diferentes centros será uma realidade, sendo um fator relevante para a implementação imediata de medidas de controle e prevenção de surtos. |
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MELO, Camylla Carvalho dehttp://lattes.cnpq.br/4063574192219047http://lattes.cnpq.br/9993875563206244https://orcid.org/0009-0002-5370-7037https://orcid.org/0000-0002-8846-877XLOPES, Ana Catarina de SouzaARAUJO, Renato Evangelista deJUCÁ, Moacir BatistaBASTOS, Rafael Wesleyhttp://lattes.cnpq.br/6593839354164390http://lattes.cnpq.br/6149477863429826http://lattes.cnpq.br/2851165055408789http://lattes.cnpq.br/3333946080391361https://orcid.org/0000-0003-0277-108Xhttps://orcid.org/0000-0003-2026-070Xhttps://orcid.org/0000-0003-3741-4197https://orcid.org/0000-0001-6781-9617LIMA NETO, Reginaldo Gonçalves de2026-09-10T14:52:34Z2026-09-10T14:52:34Z2026-06-02MELO, Camylla Carvalho de. Aspectos epidemiológicos, formação de biofilme e rastreamento clonal por espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier dos surtos multicêntricos de Candida auris em Pernambuco, Brasil. 2026. Tese (Doutorado em Medicina Tropical) – Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2026.https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/70857Introdução: A emergência de C. auris representa uma ameaça crítica à saúde pública global devido à sua multirresistência e altas taxas de mortalidade. No Brasil, o primeiro caso foi relatado em 2020, e o estado de Pernambuco registrou, em 2022, o maior surto já documentado no país. Embora técnicas como o sequenciamento de rDNA e a espectrometria de massa (MALDI-TOF MS) sejam consideradas padrões-ouro para a identificação ao nível de espécie, elas apresentam limitações na diferenciação rápida de clados e na tipagem de linhagens em tempo real. Nesse contexto, a espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier, surge como uma alternativa inovadora e eficiente para a classificação microbiana em nível (táxon) intra-espécie e o rastreamento de surtos. Objetivo: O estudo teve como objetivos descrever o perfil epidemiológico dos primeiros pacientes colonizados, relatar o único caso de candidemia, avaliar a capacidade de formação de biofilme dos isolados e validar a espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier, como uma ferramenta rápida para a diferenciação de clados e o rastreamento de disseminação clonal entre centros hospitalares. Materiais e métodos: Inicialmente, os isolados obtidos de amostras clínicas dos pacientes internados em hospitais terciários, foram identificados em nível de espécie por metodologia MALDI-TOF MS com confirmação por sequenciamento da região Internal Transcribed Spacer do rDNA. Características epidemiológicas e a realização do teste de sensibilidade aos antifúngicos dos primeiros casos foram descritas. Para avaliar a capacidade de formação de biofilme, utilizou-se o ensaio de atividade metabólica em superfícies de poliestireno. Paralelamente, os isolados foram submetidos a análise por espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier, com protocolo ajustado para otimizar a qualidade dos espectros e avaliar possível clonalidade. Posteriormente, os resultados da tipagem por infravermelho foram validados comparativamente pela técnica de microssatélites Short Tandem Repeat, realizada em laboratório parceiro. Resultados: Todos os isolados de C. auris tiveram sua identidade confirmada, apresentaram-se sensíveis aos antifúngicos e uma alta capacidade de formação de biofilme, superando inclusive a cepa de referência de C. albicans, fator que provavelmente favoreceu a persistência do fungo no ambiente hospitalar. Os resultados revelaram que o protocolo ajustado na análise espectral melhorou a qualidade técnica dos espectros em 31,42%, permitindo a discriminação precisa entre os clados I, II, III e IV. Além disso, a análise das regiões espectrais de carboidratos e lipídeos identificou provável relação clonal entre os isolados de dois hospitais diferentes (Hospital da Restauração e Hospital Tricentenário), sugerindo a transferência de linhagens entre unidades por meio da mobilidade de pacientes, os resultados das análises espectrais foram confirmados pela análise de microssatélites. Conclusão: C. auris apresentou forte aderência às superfícies abióticas, o que favorece a colonização dos pacientes, permanência no ambiente e transmissão cruzada. A análise espectral possibilitou o rastreamento dos isolados identificando a disseminação clonal entre os hospitais, além de discriminar de forma precisa, os quatro clados da levedura. A metodologia demonstrou potencial como uma alternativa rápida e de baixo custo para laboratórios de média e alta complexidade, possibilitando o rastreamento de fontes em tempo real. O aprimoramento das análises espectrais contribuirá para o desenvolvimento de classificadores globais em que o compartilhamento de perfis espectrais entre diferentes centros será uma realidade, sendo um fator relevante para a implementação imediata de medidas de controle e prevenção de surtos.Introduction: The emergence of C. auris represents a critical threat to global public health due to its multidrug resistance and high mortality rates. In Brazil, the first case was reported in 2020, and the state of Pernambuco recorded the largest outbreak ever documented in the country in 2022. Although techniques such as rDNA sequencing and mass spectrometry (MALDI-TOF MS) are considered gold standards for species-level identification, they have limitations in the rapid differentiation of clades and in real-time strain typing. In this context, Fourier transform infrared spectroscopy emerges as an innovative and efficient alternative for intra-species microbial classification (taxon) and outbreak tracking. Objective: This study aimed to describe the epidemiological profile of the first colonized patients, to report the single case of candidemia observed, evaluate the biofilm-forming capacity of the isolates, and validate Fourier transform infrared spectroscopy as a rapid tool for clade differentiation and tracking clonal dissemination among hospital centers. Materials and methods: Initially, isolates obtained from clinical samples of patients hospitalized in tertiary hospitals were identified to the species level using MALDI-TOF MS methodology, with confirmation by sequencing of the Internal Transcribed Spacer region of rDNA. Epidemiological characteristics and antifungal susceptibility testing of the first cases were described. To assess biofilm formation capacity, the metabolic activity assay on polystyrene surfaces was used. In parallel, the isolates were subjected to Fourier transform infrared spectroscopy analysis, with a protocol adjusted to optimize spectral quality and evaluate possible clonality. Subsequently, the infrared typing results were comparatively validated using the Short Tandem Repeat microsatellite technique, performed in a partner laboratory. Results: All C. auris isolates had their identity confirmed, showed sensitivity to antifungals, and exhibited a high capacity for biofilm formation, even surpassing the C. albicans reference strain, a factor that likely favored the fungus's persistence in the hospital environment. The results revealed that the adjusted protocol in the spectral analysis improved the technical quality of the spectra by 31.42%, allowing for precise discrimination between clades I, II, III, and IV. Furthermore, the analysis of the spectral regions of carbohydrates and lipids identified a probable clonal relationship between isolates from two different hospitals (Hospital da Restauração and Hospital Tricentenário), suggesting the transfer of lineages between units through patient mobility; the results of the spectral analyses were confirmed by microsatellite analysis. Conclusion: C. auris showed strong adherence to abiotic surfaces, which favors patient colonization, persistence in the environment, and cross-transmission. Spectral analysis enabled the tracking of isolates, identifying clonal dissemination among hospitals, and accurately discriminating the four yeast clades. The methodology demonstrated potential as a fast and low-cost alternative for medium and high-complexity laboratories, enabling real-time source tracking. The improvement of spectral analyses will contribute to the development of global classifiers where the sharing of spectral profiles between different centers will be a reality, a relevant factor for the immediate implementation of outbreak control and prevention measures.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em Medicina TropicalUFPEBrasilhttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessCandida aurisInfravermelhoBiofilmeAspectos epidemiológicos, formação de biofilme e rastreamento clonal por espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier dos surtos multicêntricos de Candida auris em Pernambuco, Brasilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdoutoradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPEORIGINALTESE Camylla Carvalho de Melo.pdfTESE Camylla Carvalho de Melo.pdfapplication/pdf7485080https://attena.ufpe.br/bitstream/123456789/70857/1/TESE%20Camylla%20Carvalho%20de%20Melo.pdf610f315e547d0b5825fc8411f948e647MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82379https://attena.ufpe.br/bitstream/123456789/70857/2/license.txtb7489d4e327029c4d04d213294bf53f2MD52123456789/708572026-09-10 11:52:35.892oai:attena.ufpe.br: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ório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufpe.br/oai/requestattena@ufpe.bropendoar:22212026-09-10T14:52:35Repositório Institucional da UFPE - Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)false |
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