Melhoramento do resultado final do alinhamento múltiplo de sequências por meio de métodos de rearranjo de árvores e do princípio da evolução mínima

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Oliveira, José Augusto Sabino
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: Bioinformática; Alinhamento múltiplo de sequências; Alinhamento progressivo; Rearranjo de árvores; Refinamento da árvore guia; Bioinformatics; Multiple sequence alignment; Progressive alignment; Tree rearrangement; Guide tree refinement
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/190739

Os recentes avanços científicos e tecnológicos proporcionaram um grande aumento dos dados biológicos disponíveis para análise e técnicas manuais são inviáveis para executar a análise desses dados e, assim, a Bioinformática surgiu devido a necessidade de analisar-se esse volume de dados com ferramentas computacionais e possibilitar inferências relevantes. Neste contexto, técnicas de alinhamento de sequências são ferramentas imprescindíveis. No entanto, alinhar sequências tem alto custo computacional e neste cenário, adota-se o Alinhamento Múltiplo de Sequências no qual diversas heurísticas são adotadas para amenizar o problema do custo computacional. Uma destas é o Alinhamento Progressivo que funciona basicamente em três fases: alinhamento par a par, construção da árvore guia e o alinhamento de perfis. Diversos estudos destacam a importância da árvore guia e de refiná-la para manter as sequências mais similares em ramificações próximas e assim, produzir um resultado com melhor significância biológica. Assim, no presente trabalho apresenta-se conceitos e técnicas essenciais da Bioinformática e de construção da árvore guia e, por fim apresenta-se um método de refinamento da árvore guia aplicado em ferramentas que usam o Alinhamento Progressivo e que trabalha entre as etapas de construção da árvore guia e do profile final. O método recebe como entrada uma árvore guia e sua matriz de distâncias produzida pelo Alinhamento Progressivo, promove mudanças em suas ramificações internas e avalia se a probabilidade da árvore produzida é mais próxima da árvore verdadeira. Se probabilidade da árvore produzida é maior que a da árvore guia inicial, a nova árvore é devolvida como a árvore guia para a ferramenta de alinhamento construir o profile final, o que proporciona resultados com melhor significado biológico.