Diversidade genética do gene HLA-DRA em populações mundiais e busca de polimorfismos funcionais

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Pereira, Raphaela Neto [UNESP]
• Orientador(a): Castelli, Erick da Cruz [UNESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: HLA-DRA; Variabilidade; Polimorfismos; NGS
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/235436

A molécula de HLA-DR, alvo do presente estudo, é um heterodímero de superfície celular responsável pela apresentação de peptídeos de origem exógena aos linfócitos T CD4. HLA-DR é composta por duas cadeias: α, codificada pelo gene HLA-DRA, e β, codificada principalmente pelo gene HLA-DRB1. Enquanto HLA-DRA é pouco polimórfico, HLA-DRB1 é bastante variável e influencia diretamente o perfil de peptídeos apresentados. Os genes HLA se originaram por duplicação gênica e possuem elevada similaridade entre si. Por conta disso, a análise de sequências geradas por estratégias de sequenciamento massivo paralelo se torna um grande desafio, necessitando de ferramentas especializadas que corrigem alinhamentos e detectam adequadamente as variantes genéticas e haplótipos. Este estudo utilizou uma metodologia computacional desenhada exclusivamente para os genes HLA-DRA e HLA-DRB1 e avaliou a diversidade desses genes em cerca de 5000 amostras de diferentes populações, de todos os continentes, incluindo o Brasil. O gene HLA-DRA demonstrou-se pouco variável em suas regiões exônicas, com mutações não-sinônimas apresentando apenas 3 proteínas distintas. Dessas, apenas duas são frequentes: DRA*01:01 (67%) e DRA*01:02 (29%). No entanto, há uma grande quantidade de polimorfismos em íntrons (168 SNPs), muitos deles bastante frequentes, com Minor Allele Frequence (MAF) maior do que 1%.