Caracterização molecular das enzimas desubiquitinadoras 7 e 12 durante o ciclo de vida do parasita Schistosoma mansoni

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2005
Autor(a) principal: Andreolli, Andressa Barban do Patrocínio
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-23022026-112304/
Resumo: A via de modificação pós-traducional dependente de ubiquitina direciona a regulação de diversos processos biológicos tais como, controle do ciclo celular, ativação da transcrição, transdução de sinal e proteólise intracelular dependente do proteassoma 26S. A conjugação e a ativação da molécula de Ubiquitina (Ub) envolvem três enzimas distintas: a enzima ativadora (E1), dependente de ATP, conjugadora (E2) e a ligase (E3). Esse processo é reversível, sendo regulado pelas enzimas envolvidas na conjugação e também por enzimas chamadas desubiquitinadoras (DUBs). Essas últimas clivam a ligação isopeptídica entre as ubiquitinas que formam a cadeia poliubiquitinada, mantendo o pool livre de Ub intracelular; clivam a ligação entre a Ub e o substrato mono ou poliubiquitinado; e processam a pré-proteína, dando origem a forma madura de Ub. As enzimas desubiquitinadoras são divididas em cinco famílias: as ubiquitinas C-terminal hidrolases (UCHs), proteases específicas para ubiquitina (USPs), otubaínas, proteases ataxina3/josephim e isopeptidases do tipo JAMM. Dentro desse contexto, o nosso trabalho teve como objetivo determinar as diferentes DUBs presentes em S. mansoni, através de análises de bioinformática no banco de dados do Projeto Genoma do Schistosoma, as quais mostraram a existência de 32 clusters relacionados a essas enzimas; sequenciar, caracterizar e analisar a expressão dos genes que codificam para as enzimas DUB7 e DUB12 nesse parasita. Foram utilizados oligonucleotídeos iniciadores gene-específicos, idealizados com base nos clusters SmAE 604756 e 602388, para amplificar um produto com 800 e 736 pb, através da técnica de RT-PCR, da fase de verme adulto. Depois disso, foi extraído o RNA total das diversas fases do parasita (esporocistos mãe e filho, ovos, esquistossômulos de 3 horas, e cercárias) e procedemos à técnica de RT-PCR. Para SmDUB7 obtivemos um padrão de expressão, mas para a SmDUB12 a técnica de RT-PCR não possibilitou amplificar os cDNAs para esquistossômulos e ovos devido aos baixos níveis de transcritos. O tamanho da mensagem codificadora, bem como o perfil da população de mRNA em verme adulto foi verificado, utilizando a técnica de Northern Blot. Para SmDUB7 obtivemos uma banda de 5,46Kb e para a SmDUB12 uma banda de 1,7Kb. Para determinar o perfil genômico desses dois genes em parasitas adultos, foram utilizadas as técnicas de PCR e Southern Blot. O resultado da sequência genômica, para o fragmento do gene SmDUB7, mostrou não haver interrupções por regiões não codificadoras na região codificadora analisada. Por outro lado, a SmDUB12 mostrou que o fragmento gênico correspondente a região codificadora é interrompida por pequenas regiões não codificadoras o que é uma característica do genoma de S. mansoni, descrita anteriormente para outros genes do parasita. A técnica de Southern Blot mostrou que existe apenas uma cópia desse gene por genoma haplóide nesse parasita para a SmDUB12. Esses dados juntamente com outros resultados obtidos pelo nosso grupo, apontam para a forte evidência de que ciclos de ubiquitinação/desubiquitinação podem estar envolvidos em processos celulares críticos durante um ciclo biológico completo do S. mansoni. No entanto, podemos ressaltar que esta caracterização inicial constitui uma abordagem pioneira no estudo destas enzimas em parasitas helmintos.
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Essas últimas clivam a ligação isopeptídica entre as ubiquitinas que formam a cadeia poliubiquitinada, mantendo o pool livre de Ub intracelular; clivam a ligação entre a Ub e o substrato mono ou poliubiquitinado; e processam a pré-proteína, dando origem a forma madura de Ub. As enzimas desubiquitinadoras são divididas em cinco famílias: as ubiquitinas C-terminal hidrolases (UCHs), proteases específicas para ubiquitina (USPs), otubaínas, proteases ataxina3/josephim e isopeptidases do tipo JAMM. Dentro desse contexto, o nosso trabalho teve como objetivo determinar as diferentes DUBs presentes em S. mansoni, através de análises de bioinformática no banco de dados do Projeto Genoma do Schistosoma, as quais mostraram a existência de 32 clusters relacionados a essas enzimas; sequenciar, caracterizar e analisar a expressão dos genes que codificam para as enzimas DUB7 e DUB12 nesse parasita. Foram utilizados oligonucleotídeos iniciadores gene-específicos, idealizados com base nos clusters SmAE 604756 e 602388, para amplificar um produto com 800 e 736 pb, através da técnica de RT-PCR, da fase de verme adulto. Depois disso, foi extraído o RNA total das diversas fases do parasita (esporocistos mãe e filho, ovos, esquistossômulos de 3 horas, e cercárias) e procedemos à técnica de RT-PCR. Para SmDUB7 obtivemos um padrão de expressão, mas para a SmDUB12 a técnica de RT-PCR não possibilitou amplificar os cDNAs para esquistossômulos e ovos devido aos baixos níveis de transcritos. O tamanho da mensagem codificadora, bem como o perfil da população de mRNA em verme adulto foi verificado, utilizando a técnica de Northern Blot. Para SmDUB7 obtivemos uma banda de 5,46Kb e para a SmDUB12 uma banda de 1,7Kb. Para determinar o perfil genômico desses dois genes em parasitas adultos, foram utilizadas as técnicas de PCR e Southern Blot. O resultado da sequência genômica, para o fragmento do gene SmDUB7, mostrou não haver interrupções por regiões não codificadoras na região codificadora analisada. Por outro lado, a SmDUB12 mostrou que o fragmento gênico correspondente a região codificadora é interrompida por pequenas regiões não codificadoras o que é uma característica do genoma de S. mansoni, descrita anteriormente para outros genes do parasita. A técnica de Southern Blot mostrou que existe apenas uma cópia desse gene por genoma haplóide nesse parasita para a SmDUB12. Esses dados juntamente com outros resultados obtidos pelo nosso grupo, apontam para a forte evidência de que ciclos de ubiquitinação/desubiquitinação podem estar envolvidos em processos celulares críticos durante um ciclo biológico completo do S. mansoni. No entanto, podemos ressaltar que esta caracterização inicial constitui uma abordagem pioneira no estudo destas enzimas em parasitas helmintos.The post-translational pathway ubiquitin dependent regulates several biological processes such as cellular cycle control, transcription activation, signalling pathways and proteolysis proteasome dependent. The conjugation and activation of the ubiquitin biochemical cascade depends of 3 enzymes: the activation enzyme (E1), the conjugation enzyme E2 and finally one E3 ligase. This process is reversible and highly regulated for the conjugation enzymes on the cascade and also for deubiquitinating enzymes (DUBs). DUBs are responsible for cleaving the isopeptide ligation between ubiquitin moieties on the poliubiquitin chain in order to maintain the pool of free ubiquitin on the cell. These enzymes also process Ub to its mature form. These enzymes are grouped in 5 families such as e-terminal hydrolases (UCHs), ubiquitin specific proteases (USP), otubain , ataxin-3/josephin and JAMM isopeptidades. ln this study we have characterized DUBs using molecular and bioinformatic tools. We have searched for DUB sequences on the S. mansoni Transcriptome Project and we have found 32 related clusters on the databank. We decided to perform the sequencing and analysis for both DUB7 and DUB12 genes in the parasite. To amplify DUB7 and DUB12 cDNAs we used the oligonucleotides designed based respectivately on the clusters SmAE 604756 and 602388 and we obtained a transcript of 800 bp and 736 bp in the adult parasites. We extracted the total RNA of some stages of the parasite life cycle (sporocysts, eggs, 3 hours schistosomula and cercariae) and performed RT-PCR. The resulting expression for DUB7 was constitutive in all stages evaluated. We performed the RT-PCR for DUB12 and we have not found a expression in eggs and schistosomula. lt should be occur due low level of transcripts of DUB12 in these stages. The size of coding region as well as the mRNA population in adult worms was determined using Northern Blot. The size of SmDUB7 message was 5,46Kb and for SmDUB12 was 1,7Kb. The genomic profile of these both genes was evaluated using PCR and Southern Blot. The resulting genomic sequence for SmDUB7 was not interrupted by introns. However SmDUB12 is interrupted by small introns. Southern blot for SmDUB12 showed that has one copy for this gene per haploid genome. Finally these data joined with the others results obtained by our group indicate the evidence for ubiquitination/deubiquitination cycles controlling important cellular processes through the S. mansoni life cycle. These results are the first evidence for deubiquitinating enzymes in helminth parasites.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPRodrigues, VanderleiAndreolli, Andressa Barban do Patrocínio2005-10-11info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-23022026-112304/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2026-02-23T18:38:08Zoai:teses.usp.br:tde-23022026-112304Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212026-02-23T18:38:08Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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