Soroepidemiologia e caracterização molecular do SARS-CoV-2 em idosos.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2024
Autor(a) principal: Chalup, Vanessa Maria Nascimento
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-15082025-170124/
Resumo: Os idosos, especialmente aqueles institucionalizados ou os portadores de doenças crônicas de base, são alvos de sérias complicações quando o assunto é viroses. A pandemia causada pela Síndrome Respiratória Aguda Grave do Coronavírus 2 (SARS-CoV-2) evidenciou que ao se tratar de idosos maior é a suscetibilidade, especialmente indivíduos com mais de 60 anos com comorbidades incluindo hipertensão, diabetes e doenças cardíacas, na qual, a taxa de mortalidade neste grupo foi evidenciada. Nessa conjuntura, a emergência e reemergência de doenças infecciosas virais, suscitaram muitas questões sobre o papel da vigilância epidemiológica no país e no mundo. Logo, faz-se relevante e necessário entender o cenário imuno-epidemiológico deste grupo em questão. Dessa forma, este trabalho foi dividido em dois estudos. O primeiro, propôs determinar a taxa de incidência do SARS-CoV-2 em pacientes maiores de 60 anos em uma instituição de média a longa permanência nos anos de 2020-2022, na cidade de São Paulo, e analisar sua sintomatologia em casos positivos pelo rt-PCR, além de indicar a variante presente em cada período por meio do sequenciamento de nova geração. Foram acompanhados durante o período de estudo 250 indivíduos, dos quais foram registrados 127 casos de infecção pelo patógeno da COVID-19, sendo os meses de maior incidência maio, março e junho, referente aos anos de 2020, 2021 e 2022, respectivamente. Com taxa de incidência referente a 17 idosos-ano, a sintomatologia dos 108 casos positivos (desconsiderando as reinfecções que possuíam majoritariamente uma sintomatologia respiratória branda ou assintomática) foi de 64% de casos assintomáticos e 36% de casos sintomáticos. Dentre os sintomas mais presentes foram encontrados: tosse (84.60%), febre (53.8%), mialgia (35.9%), dor de garganta (28.20%), dor de cabeça (28.20%), broncoespasmo (5.12%), vômito e saturação <95% (2.56%). Dos 127 testes positivos, 25 (~20%) foram efetivamente sequenciados, destas, obtivemos 7 diferentes sublinhagens da variante Ômicron sendo a BA.1.1.28 a mais frequente com 6 (24%) sequências e BA.1. com também 6 (24%) sequências, além de 6 (24%) sequências da variante Gama sublinhagem P.1, com maior incidência, respectivamente, em maio de 2020, fevereiro de 2022 e março de 2021. O segundo estudo, caracterizado como estudo de coorte, também observacional, objetivou-se mensurar a queda da Imunoglobulina G em diferentes tempos pré-estabelecidos, tendo como referencial a 4ª dose da vacina contra SARS-CoV-2 em idosos fisicamente ativos do CEI e idosos sedentários do HGDP II. Para tal, foi realizado um ELISA indireto, a fim de capturar a densidade óptica das Imunoglobulinas G contra os antígenos RBD e a Nucleoproteína (N) do SARS-CoV-2, ambos da linhagem ancestral (Wuhan). As coortes foram divididas em idosos fisicamente ativos (35 indivíduos) e sedentários (83 indivíduos). Para análise, os dados de densidade óptica obtidos pela técnica de ELISA foram convertidos e calculados no logaritmo (log10). O teste dos postos sinalizados de Wilcoxon para análise intra-grupo das coortes demonstrou uma significância estatística entre as medidas da IgG da N apenas entre a 1ª coleta (1 mês antes da 4ª dose) e a 2ª coleta (1 mês após a 4ª dose) tanto no grupo de idosos fisicamente ativos (W = 16.000; p = < 0,001) quanto no grupo de idosos sedentários (W = 292.000; p = <0,001). Entre as medidas da IgG no RBD, a significância estatística foi observada apenas entre a 1ª coleta e a 2ª coleta no grupo de idosos fisicamente ativos (W = 82.500; p = 0.019). Todavia, no grupo de idosos sedentários essas diferenças de medidas foram observadas entre a 1ª coleta e 2ª coleta (W = 94.500, p = <0.001) quanto entre a 1ª coleta e 3ª coleta (3 meses após a 4ª dose) (W = 388.000; p = <0.001). No teste de Mann-Whitney para análise entre sujeitos foi observado que apenas na 1ª coleta os dados referentes à presença da IgG da N no soro dos participantes sedentários tendem a possuir distribuições diferentes a esses mesmos dados no grupo de indivíduos fisicamente ativo (W = 1094.500; p < 0.043; rg = -0.237). Já quanto a presença da IgG do RBD no soro dos pacientes, foi encontrada significância estatística entre os grupos na 2ª coleta (W = 879.000; p < 0.043; rg = -0.240) e na 3ª coleta (W = 1786.500; p < 0.005; rg = 0.330). Ambos os estudos possuem informações importantes, tanto para demarcação da sazonalidade do vírus estudado e suas influências, assim como para o entendimento do efeito imunizador ao longo do tempo. Afinal, tais dados ajudam o direcionamento de ações de saúde pública pelas entidades governamentais. Estudos futuros são necessários para avaliar as mudanças na transmissibilidade do SARS-CoV-2 segundo suas variantes e aplicações da vacinação. Sua importância também é observada na necessidade de estudos mais longos, complexos e que incluam a diversidade de fatores associativos e interferentes à cinética da IgG de longo prazo.
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Dessa forma, este trabalho foi dividido em dois estudos. O primeiro, propôs determinar a taxa de incidência do SARS-CoV-2 em pacientes maiores de 60 anos em uma instituição de média a longa permanência nos anos de 2020-2022, na cidade de São Paulo, e analisar sua sintomatologia em casos positivos pelo rt-PCR, além de indicar a variante presente em cada período por meio do sequenciamento de nova geração. Foram acompanhados durante o período de estudo 250 indivíduos, dos quais foram registrados 127 casos de infecção pelo patógeno da COVID-19, sendo os meses de maior incidência maio, março e junho, referente aos anos de 2020, 2021 e 2022, respectivamente. Com taxa de incidência referente a 17 idosos-ano, a sintomatologia dos 108 casos positivos (desconsiderando as reinfecções que possuíam majoritariamente uma sintomatologia respiratória branda ou assintomática) foi de 64% de casos assintomáticos e 36% de casos sintomáticos. Dentre os sintomas mais presentes foram encontrados: tosse (84.60%), febre (53.8%), mialgia (35.9%), dor de garganta (28.20%), dor de cabeça (28.20%), broncoespasmo (5.12%), vômito e saturação <95% (2.56%). Dos 127 testes positivos, 25 (~20%) foram efetivamente sequenciados, destas, obtivemos 7 diferentes sublinhagens da variante Ômicron sendo a BA.1.1.28 a mais frequente com 6 (24%) sequências e BA.1. com também 6 (24%) sequências, além de 6 (24%) sequências da variante Gama sublinhagem P.1, com maior incidência, respectivamente, em maio de 2020, fevereiro de 2022 e março de 2021. O segundo estudo, caracterizado como estudo de coorte, também observacional, objetivou-se mensurar a queda da Imunoglobulina G em diferentes tempos pré-estabelecidos, tendo como referencial a 4ª dose da vacina contra SARS-CoV-2 em idosos fisicamente ativos do CEI e idosos sedentários do HGDP II. Para tal, foi realizado um ELISA indireto, a fim de capturar a densidade óptica das Imunoglobulinas G contra os antígenos RBD e a Nucleoproteína (N) do SARS-CoV-2, ambos da linhagem ancestral (Wuhan). As coortes foram divididas em idosos fisicamente ativos (35 indivíduos) e sedentários (83 indivíduos). Para análise, os dados de densidade óptica obtidos pela técnica de ELISA foram convertidos e calculados no logaritmo (log10). O teste dos postos sinalizados de Wilcoxon para análise intra-grupo das coortes demonstrou uma significância estatística entre as medidas da IgG da N apenas entre a 1ª coleta (1 mês antes da 4ª dose) e a 2ª coleta (1 mês após a 4ª dose) tanto no grupo de idosos fisicamente ativos (W = 16.000; p = < 0,001) quanto no grupo de idosos sedentários (W = 292.000; p = <0,001). Entre as medidas da IgG no RBD, a significância estatística foi observada apenas entre a 1ª coleta e a 2ª coleta no grupo de idosos fisicamente ativos (W = 82.500; p = 0.019). Todavia, no grupo de idosos sedentários essas diferenças de medidas foram observadas entre a 1ª coleta e 2ª coleta (W = 94.500, p = <0.001) quanto entre a 1ª coleta e 3ª coleta (3 meses após a 4ª dose) (W = 388.000; p = <0.001). No teste de Mann-Whitney para análise entre sujeitos foi observado que apenas na 1ª coleta os dados referentes à presença da IgG da N no soro dos participantes sedentários tendem a possuir distribuições diferentes a esses mesmos dados no grupo de indivíduos fisicamente ativo (W = 1094.500; p < 0.043; rg = -0.237). Já quanto a presença da IgG do RBD no soro dos pacientes, foi encontrada significância estatística entre os grupos na 2ª coleta (W = 879.000; p < 0.043; rg = -0.240) e na 3ª coleta (W = 1786.500; p < 0.005; rg = 0.330). Ambos os estudos possuem informações importantes, tanto para demarcação da sazonalidade do vírus estudado e suas influências, assim como para o entendimento do efeito imunizador ao longo do tempo. Afinal, tais dados ajudam o direcionamento de ações de saúde pública pelas entidades governamentais. Estudos futuros são necessários para avaliar as mudanças na transmissibilidade do SARS-CoV-2 segundo suas variantes e aplicações da vacinação. Sua importância também é observada na necessidade de estudos mais longos, complexos e que incluam a diversidade de fatores associativos e interferentes à cinética da IgG de longo prazo.In older people are the targets of serious complications when related to viroses diseases, especially those who are institutionalized or with chronic diseases. The pandemic caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has shown that the elderly are more susceptible, especially individuals over 60 with comorbidities including hypertension, diabetes and heart disease, in which the mortality rate was higher. In this context, the emergence and re-emergence of viral infectious diseases has raised several questions about the role of epidemiological surveillance in country and around the world. Therefore, it is relevant and necessary to understand the immuno-epidemiological scenario of this group in question. That research was divided into two studies. The first set out to determine the incidence rate of SARS-CoV-2 in patients over the age of 60 in a medium to long-stay institution in the years 2020-2022 in São Paulo and to analyze its symptomatology in positive cases by rt-PCR. To indicating the variant present in each period was used a next-generation sequencing. During that study, 250 individuals were followed up of which 127 cases of infection with the COVID-19 pathogen were recorded. The months with the highest incidence being May, March and June, referring to the years 2020, 2021 and 2022, respectively. With an incidence rate of 17 elderly people per year, the symptomatology of the 108 positive cases (disregarding reinfections which had mostly mild or asymptomatic respiratory symptoms) was 64% asymptomatic and 36% symptomatic. The most common symptoms were: cough (84.60%), fever (53.8%), myalgia (35.9%), sore throat (28.20%), headache (28.20%), bronchospasm (5.12%), vomiting and saturation <95% (2.56%). Of the 127 positive tests, 25 (~20%) were effectively sequenced which resulted in 7 different underlining of the Omicron variant, BA.1.1.28 being the most frequent with 6 (24%) sequences and BA.1. with also 6 (24%) sequences, in addition to 6 (24%) sequences of the Gamma variant underlining P.1, with the highest incidence, respectively, in May 2020, February 2022 and March 2021. The second study, characterized as a cohort study, also observational, aimed to measure the drop in Immunoglobulin G at different pre-established times, with the 4th dose of the SARS-CoV-2 vaccine as a reference both in physically active elderly from CEI and sedentary elderly from HGDP II. Thus an indirect ELISA was carried out in order to capture the optical density of Immunoglobulins G against the RBD antigens and the Nucleoprotein (N) of SARS-CoV-2, both of the ancestral lineage (Wuhan). The cohorts were divided into physically active elderly (35 individuals) and sedentary elderly (83 individuals). The optical density data obtained by the ELISA technique were converted and calculated in logarithm (log10) to analysis. The Wilcoxon signed rank test for intra-group analysis of the cohorts showed statistical significance between N IgG measurements only between the 1st collection (1 month before the 4th dose) and the 2nd collection (1 month after the 4th dose) in both the physically active elderly group (W = 16,000; p = < 0.001) and the sedentary elderly group (W = 292,000; p = < 0.001). Among the IgG measurements in the RBD, statistical significance was only observed between the 1st and 2nd samples in the physically active elderly group (W = 82,500; p = 0.019). However, in the group of sedentary elderly people, these differences in measurements were observed between the 1st and 2nd samples (W = 94.500, p = <0.001) and between the 1st and 3rd samples (3 months after the 4th dose) (W = 388.000, p = <0.001). In the Mann-Whitney test for between-subject analysis, it was observed that only in the 1st collection did the data referring to the presence of N IgG in the serum of sedentary participants tend to have different distributions to these same data in the group of physically active individuals (W = 1094.500; p < 0.043; rg = -0.237). As for the presence of RBD IgG in the patients\' serum, statistical significance was found between the groups in the 2nd collection (W = 879,000; p < 0.043; rg = -0.240) and in the 3rd collection (W = 1786,500; p < 0.005; rg = 0.330). Both studies provide important information, both for demarcating the seasonality of the virus studied and its influences, as well as for understanding the immunizing effect over time. At last, this data helps government bodies to target public health actions. Future studies are needed to assess changes in the transmissibility of SARS-CoV-2 according to its variants and vaccination applications. Its importance is also observed in the need for longer, more complex studies that include the diversity of associative and interfering factors in long-term IgG kinetics.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPDurigon, Danielle Bruna Leal de OliveiraChalup, Vanessa Maria Nascimento2024-08-14info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-15082025-170124/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPReter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-08-18T14:49:02Zoai:teses.usp.br:tde-15082025-170124Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-08-18T14:49:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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