Análise da dinâmica das variantes de preocupação (VOCs) de SARS-CoV-2 no Brasil e levantamento de amostras com intra-hospedeiro no estado do Paraná

• Ano de defesa: 2025
• Autor(a) principal: Souza, Raphael Luiz Lobo da Silva
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Brasil; Brazil; Intra-hospedeiro; Intra-host; Paraná; SARS-CoV-2; Variantes; Variants
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-05052025-133731/

Em dezembro de 2019, um surto de pneumonia de origem desconhecida teve início em Wuhan, localizada na província de Hubei, China, gerando preocupações globais devido à sua alta transmissibilidade. Estudos identificaram o coronavírus da síndrome respiratória aguda grave tipo 2 (SARS-CoV-2) como o agente causador da COVID-19, inicialmente referido como 2019-nCoV ou HCoV-19. A COVID-19 pode se manifestar de forma sintomática ou assintomática, com sintomas que variam de leves a moderados ou graves, podendo evoluir para óbito. O SARS-CoV-2 é um vírus de RNA de fita simples pertencente à grande família dos coronavírus. Durante o processo de replicação viral, ocorrem mutações em larga escala, e, quando essas mutações específicas se tornam frequentes, o sequenciamento do genoma torna-se essencial para os estudos iniciais. Entre as linhagens do SARS-CoV-2, algumas circularam com maior frequência e foram classificadas como Variantes de Preocupação (VOCs, do inglês Variants of Concern) durante o período da pandemia: Alfa (B.1.1.7), identificada pela primeira vez no Reino Unido em setembro de 2020; Beta (B.1.351), identificada pela primeira vez na África do Sul em maio de 2020; Gama (P.1), identificada pela primeira vez no Brasil em novembro de 2020; Delta (B.1.617.2), identificada pela primeira vez na Índia em outubro de 2020; e Ômicron (B.1.1.529), registrada pela primeira vez em Botsuana e Zâmbia. O objetivo deste estudo foi observar e analisar a dinâmica das VOCs do SARS-CoV-2 no Brasil e realizar um levantamento de amostras com transmissão intra-hospedeiro no estado do Paraná. Um total de 159 amostras foi coletado de indivíduos infectados pela COVID-19 no Paraná. O RNA dessas amostras foi meticulosamente extraído e utilizado para preparar bibliotecas, posteriormente sequenciadas em uma plataforma de sequenciamento de nova geração (NGS, do inglês Next Generation Sequencing). As sequências foram pré-processadas com ferramentas específicas para avaliação de qualidade e anotação das variantes do SARS-CoV-2. Para a análise intra-hospedeiro, foi utilizado o fluxo de trabalho ViralFlow, uma ferramenta robusta e confiável. As amostras analisadas mostraram alta positividade para transmissão intra-hospedeiro, com maior prevalência das variantes B.1.1.28/P.2 no Brasil. Os casos de transmissão intra-hospedeiro parecem ser mais comuns do que o relatado na literatura, mas não são fatores determinantes para desfechos clínicos graves. Os achados sugerem que a combinação de variantes intra-hospedeiro com comorbidades clínicas pode desempenhar um papel importante em desfechos clínicos adversos, abrindo novas perspectivas para pesquisas e intervenções potenciais.