Estudo in silico da proteína purina nucleosídeo fosforilase humana: Uma proposta para identificação de inibidores com potencial imunomodulador

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2025
Autor(a) principal: Giovanella, Luiza Dietrich Loch lattes
Orientador(a): Timmers, Luís Fernando Saraiva Macedo lattes
Banca de defesa: Silva, Guilherme Liberato da, Heidrich, Daiane, Caceres, Rafael Andrade
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: PPGCM;Ciências Médicas
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Biologia Molecular
Bioinformática
Triagem Virtual
Docking Molecular
Molecular Biology
Bioinformatics
Virtual Screening
Área do conhecimento CNPq:
CS
Link de acesso: http://hdl.handle.net/10737/4902
Resumo: A Purina Nucleosídeo Fosforilase (PNP) humana é uma enzima essencial no metabolismo de purinas e no funcionamento do sistema imunológico, especialmente na resposta adaptativa. Sua deficiência genética causa imunodeficiência grave, tornando-a um alvo promissor para o desenvolvimento de terapias contra leucemia, gota, malária e doenças autoimunes. Esta dissertação tem como objetivo identificar potenciais inibidores da PNP por meio de triagem virtual in silico de pequenas moléculas. Foram analisadas 36 estruturas da enzima disponíveis no PDB, das quais 18 foram selecionadas por apresentarem ligantes relevantes. As interações proteína-ligante foram avaliadas com ferramentas como CASTp, PoseView e PyMOL, e os processos de redocking e triagem foram realizados com os softwares GOLD e DockThor. Os compostos INCTTB279 (DockThor) e INCTTB269 (GOLD) apresentaram alto potencial inibitório, superando o ligante de referência IM5 em algumas métricas. Os resultados reforçam a importância do uso de múltiplas ferramentas de docking para uma análise mais robusta e apontam compostos promissores para futuras validações experimentais e desenvolvimento de novos inibidores da PNP.
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As interações proteína-ligante foram avaliadas com ferramentas como CASTp, PoseView e PyMOL, e os processos de redocking e triagem foram realizados com os softwares GOLD e DockThor. Os compostos INCTTB279 (DockThor) e INCTTB269 (GOLD) apresentaram alto potencial inibitório, superando o ligante de referência IM5 em algumas métricas. Os resultados reforçam a importância do uso de múltiplas ferramentas de docking para uma análise mais robusta e apontam compostos promissores para futuras validações experimentais e desenvolvimento de novos inibidores da PNP.Human purine nucleoside phosphorylase (PNP) is an essential enzyme in purine metabolism and immune system function, particularly in the adaptive immune response. Genetic deficiency of PNP leads to severe immunodeficiency, making it a promising target for therapies against leukemia, gout, malaria, and autoimmune diseases. This dissertation aims to identify potential PNP inhibitors through in silico virtual screening of small molecules. A total of 36 PNP structures from the PDB were analyzed, with 18 selected based on the presence of relevant ligands. Protein-ligand interactions were evaluated using CASTp, PoseView, and PyMOL, while redocking and virtual screening were performed with GOLD and DockThor software. Compounds INCTTB279 (DockThor) and INCTTB269 (GOLD) showed high inhibitory potential, outperforming the reference ligand IM5 in some metrics. The results highlight the importance of using multiple docking tools for a comprehensive analysis and identify promising compounds for future experimental validation and the development of new PNP inhibitors.-1GIOVANELLA, Luiza Dietrich Loch. Estudo in silico da proteína purina nucleosídeo fosforilase humana: Uma proposta para identificação de inibidores com potencial imunomodulador. 2025. Dissertação (Mestrado) – Curso de Ciências Médicas, Universidade do Vale do Taquari - Univates, Lajeado, 10 mar. 2025. Disponível em: http://hdl.handle.net/10737/4902. http://hdl.handle.net/10737/4902Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessCSBiologia MolecularBioinformáticaTriagem VirtualDocking MolecularMolecular BiologyBioinformaticsVirtual ScreeningEstudo in silico da proteína purina nucleosídeo fosforilase humana: Uma proposta para identificação de inibidores com potencial imunomoduladorinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisPPGCM;Ciências Médicasporreponame:Repositório Institucional da Univates (Biblioteca Digital da Univates - BD)instname:Centro Universitário Univates (UNIVATES)instacron:UNIVATESORIGINALDissertação Luiza Dietrich Loch Giovanella.docx (1) (2).pdfDissertação Luiza Dietrich Loch Giovanella.docx (1) (2).pdfapplication/pdf4875809https://www.univates.br/bdu/bitstreams/651554bf-0ec0-41b4-a096-daddddc1faf1/download67b4583e5f0bc6144e8e428fc8315bd2MD55TEXTDissertação Luiza Dietrich Loch Giovanella.docx (1) (2).pdf.txtDissertação Luiza Dietrich Loch Giovanella.docx (1) (2).pdf.txtExtracted texttext/plain103382https://www.univates.br/bdu/bitstreams/694ecb4d-9ed0-447f-830d-611c3df28412/downloadc2cc0b25620ae28ea7d6571b2b45a431MD57THUMBNAILDissertação Luiza Dietrich Loch Giovanella.docx (1) (2).pdf.jpgDissertação Luiza Dietrich Loch Giovanella.docx (1) (2).pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4321https://www.univates.br/bdu/bitstreams/5a92b098-3f3b-42c5-9d88-6aa1a0d4f176/download10674b7f29a925b8915ff53f471bacecMD58CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://www.univates.br/bdu/bitstreams/5ac15530-037b-497e-8838-2644c3457d7a/downloade39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD56LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain1083https://www.univates.br/bdu/bitstreams/aa824aac-c537-4b6b-8a51-00d06235a14b/download49bfeb64246a9ac5e8a38ccf6a7569b8MD5310737/49022025-06-18 03:03:54.768http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Braziloai:univates.br:10737/4902https://www.univates.br/bduRepositório InstitucionalPRIhttp://www.univates.br/bdu_oai/requestadmbiblio@univates.bropendoar:12025-06-18T03:03:54Repositório Institucional da Univates (Biblioteca Digital da Univates - BD) - Centro Universitário Univates (UNIVATES)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